OligoDNA的分子量和摩尔数的计算方法.doc

Oligo DNA 的分子量和摩尔数的计算方法一、Oligo DNA 的分子量和摩尔数的计算方法1、一般Oligo DNA 的分子量和摩尔数的计算方法分子量计算公式如下：MW=(A碱基数312)+(C碱基数288)+(G碱基数328)+(T碱基数303)-61OligoDNA的分子量也可以用以下近似方法计算: OligoDNA中的每个脱氧核苷酸碱基的平均分子量近似为324.5,则一条OligoDNA的分子量=碱基数324.5。例：您得到一管标为5OD260nm的20mer OligoDNA分子量=20324.5=6490质量数=533=165ug摩尔数=165/6490=0.025umol=25nmmol若加双蒸消毒水或TE buffer400ul溶解,则浓度为25nmol/400ul=62.5uM这里的 OD 值是指 DNA 制品溶解在1ml无菌水中的260nm 的吸光度值。2、含修饰的Oligo DNA的分子量和摩尔数是如何确定的？Oligo DNA非修饰的引物的Molecular Weight在随引物提供的报告单上都有明确的标示。如果需要估计一个引物的分子量按每个碱基的平均分子量为324.5，引物的分子量=碱基数 碱基的平均分子量。或按下列公式计算MW= (NA WA) + (NC WC) + (NG WG) + (NT WT) +(Nmod Wmod) （NxWx）+( Ni Wi) +16Ns 62.NA, NG, NC, NT, Ni分别为引物中碱基A或G或C或T或I的数量，WA, WC, WG, W, Wi分别为引物中碱基A或G或C或T或I的分子量，Nmod，Wmod 分别为修饰基团的数目和分子量。对于混合碱基的分子量为混合碱基的分子量总合除以混合数，例如G+A混合的分子量为（313.21+329.21）/2 = 321.21。Ns为硫代数目，硫代每个位置增加分子量16。3、常规碱基及常规修饰基团分子量BaseMolecular WeightBaseMolecular WeightBaseMolecular WeightA313.215 -Biotin405.453-TAMARA623.60C289.185-(6 FAM)537.463-Dabsyl498.49G329.215-HEX744.133-(6 FAM)569.46T304.195-TET675.243-AminoModifierC3 153.07I314.25-Cy5533.633-AminoModifierC7 209.18U290.175-Cy3507.593-ThiolModifierC3 154.12S16.005-NH2179.23-NH2209.25-ROX659.83-ROX659.85-digoxin722.93-digoxin722.95-PO4803-PO4569.55-JOE666.43-JOE666.4二、Oligo DNA的Tm值引物设计软件都可以给出Tm，与引物长度，碱基组成，引物使用缓冲的离子强度也有关。长度为25mer以下的引物，Tm计算公式为：Tm = 4(G + C)+ 2(A + T)对于更长的寡聚核苷酸，Tm计算公式为：Tm = 81.5 + 16.6 x Log10Na+ + 0.41 (%GC) 600/size 公式中，Size = 引物长度。最适退火温度（Ta Opt ）= 0.3(Tm of primer)0.