大学生物信息学课件-第2章 核酸序列分析-4.ppt

第2章 核酸序列分析,2.1 genbank数据格式 2.2 序列数据库检索 2.3 核酸序列相似性分析 2.4 核酸的多序列比对 2.5 构建进化树 2.6 核酸序列的预测与鉴定 2.7 核酸序列的酶切位点分析,2.6.4 开放读框的识别,80,orf: open reading frame 可读框：可以读出有效遗传信息的一段mrna（或cdna）顺序。 特征：有一个起始密码、一个终止密码。 （下面的例子中只有mrna-1有orf。）,mrna-1: - - - - aug - - - - - - - - - uga - - - -,mrna-2: - - - - aug - - - - - - - - - - - - - - -,mrna-3: - - - - - - - - - - - - - - - - - - uga - -,example 2-7,试分析以下dna的orf。 accession number: af111847,steps to use orf finder,1) log on /gorf/gorf.html,3) click here.,2) enter sequence number here (e.g., af111847).,result of orf finder,+1, +2, +3位读取 编码信息的结果,-1, -2, -3位读取 编码信息的结果,以读出信息的 长度排列顺序,answer to example 2-7,答：经使用orf finder应用软件分析，得出上述序列包含有18个潜在的orf编码信息。orf所在位置，从+1位读取分别有56-1608（1551bp）、1972-2079（108bp）, 从+2位读取分别有338-538（201bp）、1280-1399（120bp）、2000-2116（117bp）, 从+3位读取分别有2658-2787（131bp）、1938-2603（126bp）、3-122（120bp）, 从-1位读取分别有1859-2092（234bp）、407-586（180bp）、2213-2314（102bp），从-2位读取分别有271-441（171bp）、2641-2787（147bp）、2416-2529（114bp），从-3位读取分别有519-698（180bp）、1-170（170bp）、1821-1973（153bp）、909-1055（147bp）。,practice 2-5,试分析以下dna的orf。 ccctgcgggg caaggtacta cttatcgaga atgtggcgtc cctctgaggc accacggtcc gggactacac ccagatgaac gagctgcagc ggcgcctcgg accccggggc ctggtggtgc tcggcttccc gtgcaaccag tttgggcatc aggagaacgc caagaacgaa gagattctga attccctcaa gtacgtccgg cctggtggtg ggttcgagcc caacttcatg ctcttcgaga agtgcgaggt gaacggtgcg ggggcgcacc ctctcttcgc cttcctgcgg gaggccctgc cagctcccag cgacgacgcc accgcgctta tgaccgaccc caagctcatc acctggtctc cggtgtgtcg caacgatgtt gcctggaact ttgagaagtt cctggtgggc cctgacggtg tgcccctacg caggtacagc cgccgcttcc agaccattga catcgagcct gacatcgaag ccctgctgtc tcaagggccc agctgtgcct agggcgcccc tcctaccccg gctgcttggc,参考答案2-5,经使用orf finder应用软件分析，得出上述序列包含有5个潜在的orf编码信息。orf所在位置，从+1位读取分别有376-539（165bp）, 从+2位读取分别有2-393（393bp）, 从+3位读取分别有75-512（438bp）,从-2位读取分别有18-149（132bp），从 -3位读取分别有149 - 475（327bp）。,2.6.5 cpg岛,82,tgccggta - - - accggtgctcattcc*ggatgtactgcatgccc*gg - - - tact,active region,inactive region,hpaii,cpg岛屿,“大陆”,example 2-8,试分析以下dna的cpg岛。 accession number: ab040292。,steps to use cpgplot,1) log on www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/,2) paste your sequence here.,3) click here.,复习：用“序列号”提取核苷酸数据,2）选择nucleotide,3）输入“ab040292”,4）click,1) log on ,result of cpgplot (1/4),click here.,result of cpgplot (2/4),cpgplot islands of unusual cg composi