用比较蛋白质组学.ppt

用比较蛋白质组学技术筛选口腔黏膜上皮细胞体外癌变的相关蛋白,文生085-1 翟双,目的：探讨口腔黏膜上皮细胞在体外癌变不同阶段表达的差异蛋白质。,方法：以口腔黏膜上皮细胞体外癌变模型为对象，采用双向凝胶电泳技术和图像分析软件PDQuest分离和分析不同阶段细胞间的差异蛋白质点，采用LC-MS/MS质谱分析系统鉴定差异蛋白质点，采用Gene Ontology Annotation将已知差异蛋白质进行分类。,2-DE分离、分析HIOEC、HB56和HB96细胞之间的差异蛋白质点双向凝胶电泳结束后，2-DE胶通过银染，可以较好地显示HIOEC、HB56和HB96细胞蛋白质点的分布情况,筛选HIOEC、HB56和HB96细胞之间的差异蛋白质点,采用PDQuest分析软件对HIOEC、HB56和HB96细胞之间进行两两比较，选择蛋白质丰度差异倍数在5倍以上的蛋白质点，并与原始2-DE胶进行比对，合并重复的蛋白质点，共得到用于进一步质谱分析的差异蛋白质点54个，其中位于HIOEC细胞2-DE胶的差异蛋白质点29个，位于HB56细胞2-DE胶的差异蛋白质点3个，位于HB96细胞2-DE胶的差异蛋白质点22个,差异蛋白质点的鉴定,以1号差异蛋白质点为例，经过胶内酶解、收集、提取、浓缩和除盐后，采用LC-MS/MS鉴定肽段，其总离子流图(图3)提示具有相对高丰度的肽段，经过MS/MS分析，得到相应的肽段序列,将所有鉴定出的肽段序列，经过Bioworks软件搜索IPI hu-man蛋白质数据库，确定吻合率最高的蛋白质为候选差异蛋白质，即Calcyclin(S100A6)。其中，与Cal-cyclin蛋白质吻合的肽段数有14条，排除重复的肽段，独特性的肽段数有6条，这6条肽段与Calcyclin氨基酸序列(MACPLDQAIGLLVAIFHKYSGKEGDKNTLSKKELKELIQKELTIGPKLQDADIAKLMDDLDRNKDQVVNFQEYVTFLGALALIYNDALKG，黑色横线部分为吻合的氨基酸序列组合)吻合率达到36.67%,最终的候选差异蛋白质汇总起来有45个。在45个差异蛋白质中，位于HIOEC细胞双向凝胶电泳胶中的差异蛋白质有26个,鉴定蛋白质的分类,根据蛋白质的功能，将以上鉴定出的已知差异蛋白质进行分类，采用的分类方法是GO注释(Gene O-tology Annotation)，主要分为3大类，分别与细胞组成(cellular component)、分子功能(molecular function)和生物过程(biologic process)相关,根据蛋白质的功能，将其中的已知差异蛋白质采用GO注释(Gene Ontology Annotation)的分类方法。Gene Ontology(GO)是GeneOntology Consortium建立起来的数据库，旨在建立一个适用于各种物种、对基因和蛋白质功能进行限定和描述、并随着研究的不断深入而更新的语言词汇标准。GO是多种生物学