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文档简介
PLATON常用功能1-画图(ORTEP格式)常用的有Graphic里的ORTEP/ADP,点击此选项可以画出类似ORTEP要求的图片,但是比ORTEP-3用起来要方便的多Incl-H atoms可以让你选择是否显示H原子Probability 让您选择椭球度(10%-90%)ViewOptions 让您选择程序认为的重叠最少的几个视角,如果还是遮挡,则用RotX,RotY,RotZ来调节LablSize调节标号的大小Decoration 可以让土周围的那些字去掉(点一下您就知道了)最后画完了,点击b&w-EPS-col,点击时,偏左即选择黑白,偏右即彩色这时在您的数据所在的原文件夹中产生一个.ps各式的文件,用photoshop 等软件打开即可。Platon常用功能2-计算晶体结构及结果的读取计算起来比较方便,用calc all 功能即可结果保存在platon.lis或platon.lst文件中但是数据读起来非常麻烦为了方便大家使用,我们列出了最常见的六种结果,给大家提供了搜索词,需要计算这些结果的,只需要在用写字板或记事本打开文件后,用查找功能查找这些词就可以了1. 元素的热振动因子情况统计:搜索词:Averages per Element示例:- Non-H C H Eu N O-Average0.0502 0.0528 0.0677 0.0312 0.0410 0.0501Minimum0.0282 0.0282 0.0250 0.0312 0.0379 0.0321Maximum0.1410 0.1410 0.1692 0.0312 0.0485 0.0909Ratio 5.0000 5.0000 6.7676 1.0000 1.2797 2.8318Number 56 32 32 1 7 162. 计算3元-24元环平面搜索词:Nr示例:-Nr1 P Q R S Sigref0.003 Sigpln0.006 Chisq 8.2 Pl.Hyp. P O(3) - C(21)- C(16)- C(15)- N(3) - sp3 sp2 sp2 sp2 sp2Dev. (Ang) -0.2468 0.1930 -0.0247 -0.0898 0.0361 0.1322Cs(I)-Asym-Par (Deg) 9.47 17.77 27.11 9.47 17.77 27.11C2(I)-Asym-Par (Deg) 41.03 38.18 32.23 41.03 38.18 32.23Ring Bond Angle(Deg) 91.46 125.24 122.00 122.78 127.35 121.97Tors(I-J) (Deg) 33.15 -26.30 1.64 4.54 12.84 -26.10Cs(I-J)-Asym-Par (Deg) 38.44 28.94 35.98 38.44 28.94 35.98C2(I-J)-Asym-Par (Deg) 7.92 31.08 26.11 7.92 31.08 26.11Ring Bond Distance (Ang) 1.9005 1.3627 1.4050 1.4777 1.2575 2.0189Weighted Average Ring Bond Distance = 1.5704(999,999) Ang. - NOTE: 1st esd. Internal, 2nd esd External.Weighted Average Abs. Torsion Angl. =17.43( 41,528) Deg. see: e.g. Domenicano et al., Acta Cryst.(1975), B31, 221-234.Cremer & Pople Puckering Parameters-Q(2)= 0.2978 Ang.,Phi(2) =191.7850 DegQ(3)= -0.1922 Ang.: C & P - Puckering Analysis may be DUBIOUS since %(Bond Distance Range/Average) =48.5 25.0 %Puckering Amplitude (Q) = 0.3544 Ang, Theta = 122.84 Deg,Phi =191.7850 Deg说明:该六元环由Cu(1)- O(3) - C(21)- C(16)- C(15)- N(3)组成 计算结果为Puckering Amplitude (Q) = 0.3544 Ang, Theta = 122.84 Deg,Phi =191.7850 Deg 但有时程序不能计算Puckering,如果计算的话就会给出数值。5.pi-pi等弱相互作用搜索词:Short Ring-Interactions示例:=Analysis of Short Ring-Interactions with Cg-Cg Distances 6.0 Angstrom and Beta Cg(J) or Cg(I)-Me vector and normal to plane I (Deg)- Gamma = Angle Cg(I)-Cg(J) vector and normal to plane J (Deg)- Cg-Cg = Distance between ring Centroids (Ang.)- CgI_Perp = Perpendicular distance of Cg(I) on ring J (Ang.)- CgJ_Perp = Perpendicular distance of Cg(J) on ring I (Ang.)- Slippage = Distance between Cg(I) and Perpendicular Projection of Cg(J) on Ring I (Ang).- P,Q,R,S= J-Plane Parameters for Carth. Coord. (Xo, Yo, Zo)Cg(I) Res(I) Cg(J) Cg-Cg Transformed J-Plane P, Q, R, S Alpha Beta Gamma CgI_Perp CgJ_Perp SlippageCg(1) - Cg(1) 4.282(2)-0.9488 0.1535 0.2760 -0.0349 0.00 37.10 37.10 3.415 3.415 2.583Cg(1) - Cg(1) 4.299(2)-0.9488 0.1535 0.2760 -6.9128 0.00 36.35 36.35 3.463 3.463 2.548Cg(1) - Cg(2) 5.489(3)-0.0914-0.4701 0.8779 -1.6886 75.12 51.28 56.49 3.030 3.433Cg(1) - Cg(2) 5.099(3)-0.0914-0.4701 0.8779 -2.3511 75.12 47.51 62.33 2.368 3.445Cg(1) - Cg(3) 4.267(2)-0.9528 0.1199 0.2790 -0.4655 1.95 37.13 38.43 3.342 3.402Cg(1) - Cg(3) 5.939(2)-0.9528 0.1199 0.2790 -7.3721 1.95 54.17 53.12 3.565 3.476Cg(1) - Cg(4) 5.891(2)-0.9462 0.0999 0.3079 -0.6473 3.58 55.13 55.82 3.309 3.367Cg(1) - Cg(4) 4.357(2)-0里面的符号如Cg-Cg等在数据前面都有解释:Cg-Cg环重心间的距离CgI_Perp环I到环J的垂直距离6.氢键作用分析搜索词:Potential Hydrogen Bonds示例:=Analysis of Potential Hydrogen Bonds and Schemes with d(D.A) R(D)+R(A)+0.50, d(H.A) 100.0 Deg=Note: - ARU codes inare with reference to the Coordinates printed above (Possibly transformed, when MOVE .NE. 1.555)=Nr Typ Res Donor - H.Acceptor D - H H.A D.AD - H.A A.H.A* A.H.A Sum(XY,YZ)Sum(XZ)-1 Intra 1 O(3)-H(37).O(4) 0.91 2.24 2.6084 1042 1 O(3)-H(37).O(5) 0.91 2.11 2.9767 161 85 350.003 Intra 1 O(6)-H(38).O(7) 0.89 2.18 2.6027 1084 1 O(6)-H(38).O(10) 0.89 2.09 2.9482 163 88 359.005 1 O(5)-H(39).O(1) 0.90 2.14 2.8616 1376 1 O(5)-H(39).O(2) 0.90 2.24 3.0557 150 72 359.007 1 O(5)-H(40).O(3) 0.89 2.40 2.9767 1228 1 O(5)-H(40).O(4) 0.89 2.12 2.9481 153 70 345.009 1 O(10) -H(41).O(6) 0.89 2.52 2.9482 11010 1 O(10) -H(41).O(7) 0.89 2.08 2.9566 166 68 344.0011 1 O(10) -H(42).O(8) 0.90 2.21 2.9609 14112 1 O(10) -H(42).O(9) 0.90 2.20 2.9627 143 72 356.00 3O(15) -H(44). ? 0.9013 1 C(1)-H(1) .N(7) 0.93 2.40 3.3012 16314 Intra 1 C(36) -H(36A) .O(3) 0.97 2.50 3.3334 14415 1 C(36) -H(36B) .O(
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