PubMed资料库使用简介.doc

PubMed資料庫使用簡介PubMed資料庫使用簡介一、資料庫內容簡介PubMed為美國國家醫學圖書館的美國國家生技資訊中心(NCBI)所製作的生物醫學相關文獻的書目索引摘要資料庫，並提供部分免費及付費全文連結服務，需要收費的全文，讀者可自行與出版社接洽。較之於MEDLINE資料以生物醫學、生命科學、生化學、行為科學為主，PubMed資料庫範圍更涵蓋了如下內容：1. 對於超出學科範圍(如：資訊科學、航太科學) 的特定生命科學、醫學、化學相關之期刊文章都會收錄於本資料庫中；2. 收錄即將出版的醫學論文；3. 已由NLM審核通過並已由PubMed Central典藏的全文文獻亦收錄之。二、 資料庫操作說明主畫面Part I(五)(六)(七)(五)(一)(二)(三)(四)主畫面Part II(八)(九)(十)茲分述其功能及使用方式如下：(一)選擇資料庫美國國家生技資訊中心(NCBI)製作了一系列的生物醫學資料庫如下：1. PubMed：生物醫學文獻書目索引摘要資料庫。2. Nucleotide：包含GenBank、RefSeq、PDB資料庫中的人類基因序列資料。3. Protein：整合了SwissProt、PIR、PRF、PDB、GenBank及RefSeq資料庫中的資料，並可參照Taxonomy資料庫，瞭解特定種類的蛋白質的在資料庫中分類狀況的相關說明。4. Structure：分子構造資料庫。5. Genome：基因組合序列資料庫。6. PopSet：可查詢某族群的基因序列，瞭解該族群演進之相關資料。7. OMIM：遺傳學資料庫。8. Taxonomy：在NCBI基因資料庫中提及的微生物的核酸或蛋白質序列的分類狀況之相關說明。9. Books：收錄C. elegans II.、Introduction to Genetic Analysis. 7th ed.、Modern Genetic Analysis.、Molecular Biology of the Cell. 3rd ed.、Molecular Cell Biology. 4th ed.、Retroviruses.等六本書。10. ProbeSet：以檢索的方式使用基因學詮釋文獻資料庫。11. 3D Domains：以3D方式呈現細胞結構。使用者可點選下拉式選單中欲檢索的資料庫名稱，此外，檢索欄上方的快速功能表中則選列了常用的資料庫，如：PubMed、Nucleotide、Protein、Genome、Structure(即3D Domains)、PopSet、Taxonomy、OMIM、Books。(二)、關於Entrez檢索系統Entrez是一Web-based檢索系統，用以檢索下圖所示各資料庫，只要從其中一個資料庫出發，可在檢索結果中進行相關資料庫的檢索。(三)、輔助說明PubMed資料庫中備有詳盡的資料庫線上操作求助訊息，包括：Help、FAQ、Tutorial以便使用者自學；另有網站資料、功能異動訊息以告知使用者應注意的事項。(四)、PubMed服務項目1. Journal Browser：藉由此功能，可以從題名或ISSN或是Medline刊名縮寫查詢期刊的出版資訊。如以刊名查詢Journal of American Dental Association，可找到期刊的基本資訊如下：點選pISSN中的連結可連到出版社網站；點選MEDLINE Abbr.中的連結可找尋該PubMed收錄該期刊的文章索引。2.MeSH瀏覽：點選此功能後，在檢索欄位中輸入欲查詢的詞彙，可瀏覽PubMed資料庫中所使用控制詞彙，如查詢cancer，系統顯示畫面如下：abca.說明在PubMed中cancer一詞將以Neoplasms取代。b.可展開Neoplasms詞彙所包含的更精細的主題概念，並可勾選欲使用的主題，以布林邏輯的方式(AND、OR、NOT)加入檢索。c.可直接將Neoplasms主題概念以布林邏輯的方式(AND、OR、NOT)加入檢索。3.檢索特定文獻使用欄位化的檢索方式，找尋特定刊名、卷期、作者、篇名的文獻資料。4.批次檢索文獻(Batch Citation Matcher)以指令式的方式檢索資料庫中共有幾篇相關的文獻，只要輸入刊名、年代、卷期、起始頁、作者名、關鍵詞其中部分欄位資料即可。形式如下：Journal_Title|year|volume|first_page|AuthorName|Your_key|5.臨床病理資料(Clinical Queries)本功能提供臨床病理資料之查詢，並依Haynes RB等專家所制訂的最佳化檢索策略之機制，使用者可先行選擇檢索方向，如：治療方式(Therapy)、診斷方式(Diagnosis)、病因(Etiology)、預後狀況(Prognosis)其中的一類，並可選擇預期之檢索結果是較具相關性(sensitivity)或精確率(specificity)較高的。6.LinkOutLinkOut為生物醫學相關網路資源之功能選項，包括線上電子全文、書目資料庫清單、消費者健康資訊、研究參考資料等資訊。如有外部資源的連結，使用者可在PubMed摘要書目中看到LinkOut此一選項。此外，在個人化檢索服務中(Cubby)，使用者可選擇欲顯示的LinkOut出版商。7.個人化檢索服務-Cubby在Cubby服務頁建立個人檢索帳號/密碼，即可使用個人化檢索服務，該服務提供下列個人化服務：a.儲存/刪除檢索結果：已儲存的檢索，再次登入系統時可勾選欲追蹤檢索的項目，執行Whats New for Selected或是刪除原先儲存的檢索策略。b. All LinkOut Providers及Providers Categories：可選擇欲顯示的LinkOut出版商，及該出版商的類別，以上兩者資訊均可在My LinkOut編修設定資料。c. 文獻傳遞服務：系統列出數個文獻中心供使用者選擇。其中，Loansome Doc服務，僅限於美國地區使用者方可使用，建議院內使用者可先查詢本館是否已有館藏，如未能找到，可透過全國館際合作系統線上申購，館際合作之申請方式將於第四節介紹。(五)、檢索使用者在對話盒中輸入欲查詢的主題詞彙、作者、刊名、文獻識別號(PMID)等即可建立檢索，取得檢索結果，詳細的檢索功能將於第三節介紹。(六)、功能快捷列與檢索相關的功能快捷列，計有Limit、Preview/Index、Clipboard、Detail等項，詳細的功能將於第三節介紹。(七)、線上求助以簡潔的文句指引使用者如何查詢PubMed，連結部分可快速連結至相關的解答。(八)、相關的服務與資源茲擇其未與其它章節重複之要項介紹如下：1. NLM Gateway使用者透過此一介面即可同時檢索NLM提供的各類資訊資源（含資料庫與網路資源）；詳細的資料庫介紹可參考本館館訊53期”NLM Gateway：檢索美國國家醫學圖書館資訊資源之新介面”一文(.tw/pub/mk/mk53/mk53-07.htm)。2.Consumer Health為美國國家醫學圖書館(NLM)製作的消費者健康資訊網站，提供約500種疾病症狀、醫療資源、醫學百科全書等參考資訊供一般民眾參考使用。3.Clinical Alerts美國國家衛生研究所(NIH)提供之臨床醫學警訊及相關的臨床醫學建議資訊。4. ClinicalT由美國國家衛生研究所(NIH)提供一般民眾、病患家屬、臨床醫學研究人員有關臨床試驗方面的資料。(九)、電子書目前共收錄C. elegans II.、Introduction to Genetic Analysis. 7th ed.、Modern Genetic Analysis.、Molecular Biology of the Cell. 3rd ed.、Molecular Cell Biology. 4th ed.、Retroviruses.等六本書，PubMed已先為使用者將此六本書概分成：cell cycle control、immunodeficiency、protein evolution三大主題概念。(十)、免費電子全文PubMed Central為美國國家生技資訊中心(NCBI)所提供的免費的線上電子全文，使用者可依刊名瀏覽，或是使用檢索功能查詢資料，檢索方式同PubMed。三、檢索功能(一)、常用的檢索方式1.主題概念檢索在此對話盒中可直接輸入多個檢索詞彙，如：vitamin c common cold，系統預設使用AND將兩個檢索概念進行交集檢索，如需自行輸入布林邏輯語法時，AND、OR、NOT須大寫，形式如下：vitamin c OR zinc2.作者檢索查詢作者時輸入形式為：姓 名字的首字縮寫，例如：smith ja。如只輸入作者的姓，PubMed將以該檢索值檢索所有的欄位，例如查詢：Yang，系統將轉換成查詢：Yin-YangMeSH or YangText Word。使用者亦可用指令方式查詢作者名：lai myau；或是在limit功能中指定查詢作者名。3.刊名檢索a. PubMed檢索對話盒查詢期刊名稱時可以輸入全稱，如 molecular biology of the cell，或是MEDLINE中的刊名縮寫：mol biol cell，抑或是輸入期刊的ISSN號碼，查詢特定的期刊，此外，也可用ta或journal name指令查詢特定刊名的文章，如jcrta或jcrjournal name，可查到在Journal of cardiopulmonary rehabilitation發表被PubMed收錄的文獻。b. limit功能指定查詢刊名欄，得知該刊被PubMed收錄的文獻。c. Journal Browser直接輸入刊名全稱、簡稱、ISSN(須符合ISSN標準寫法，如0883-9212)即可瀏覽PubMed是否已收錄該刊。(二)、檢索技巧1.檢索詞的轉換在檢索詞彙方面，使用者所輸入的檢索詞都將自動被轉換對映至MeSH，但系統會同時以MeSH及Text Word方式進行檢索，例如檢索 vitamin h，系統將以 BiotinMeSH OR vitamin hText Word進行檢索。如果需要找詞彙，可在詞彙間加入引號，如：single cell 。在期刊名方面，使用者輸入刊名全稱、縮寫或是ISSN號碼時，系統將對映至刊名檢索，例如輸入：new England journal of medicine，將被轉換成 N Engl J MedJournal Name，其意義同N Engl J Medta。2.切截如英美文字的拼法或是詞尾的變化而需要模糊查詢時，可使用*作為切截符號，如：flavor*，可找到以flavor開頭的字，如：flavored、flavorful，最多可顯示150筆以此字開頭的資料。但是*是以單字詞為主要使用對象，如查詢：infection*可以找到infections，但無法找到 infection control。3. 布林邏輯PubMed接受AND、OR、NOT布林邏輯語法，如欲使用布林邏輯語法，AND、OR、NOT須大寫，如：vitamin c OR zinc，如欲同時使用兩個以上的布林語法，如：common cold AND (vitamin c OR zinc)，括弧中的主題概念之組合將先被運算後視為一個概念再與括弧外的主題概念進行布林邏輯之運算。(三)、檢索結果功能列表1234567以 vitamin c common cold為檢索例，所得檢索結果呈現方式如下圖所示，茲分述細項功能如下：1.展示：可選擇以一般格式(Summary)、簡要格式(Brief)、含摘要格式(Abstract)、XML格式、顯示是否有LinkOut(提供相關的網路資源連結)等格式顯示所有的書目記錄，如選擇各資料庫的Links，可直接連至該資料庫的檢索結果。2.排序可選擇以作者或刊名或出版日期排序。3.儲存與純文字檔使用者可勾選欲儲存的檢索結果，如未勾選，系統預設為全選，再按下Save鍵，並輸入”自訂的檔名.txt或”自訂的檔名.doc”，可將檢索結果儲存在local端的電腦中。如按下Text鍵，將以純文字檔顯示當頁檢索結果。4.加入剪貼簿可將檢索結果加入剪貼簿，剪貼簿之功能將於快捷列功能中介紹。5.線上訂購按下Order鍵將顯示Loansome Doc文獻訂購系統之畫面，因Loansome Doc僅限美國地區使用，建議院內使用者可先查詢本館是否已有館藏，如未能找到，可透過全國館際合作系統線上申購。 6.顯示筆數可選擇每頁欲顯示的檢索結果之筆數，系統預設為20筆。7.檢索結果在檢索結果中，每一筆記錄都標示著相關文獻，相關文獻以同一主題概念在不同文章中出現的頻率為計算基準，兩篇文獻有越多相近的主題概念表示越相關，PubMed據以評量提供相關文獻。如按下作者名的link，可顯示該筆的書目附摘要的詳細記錄，記錄旁尚有相關文獻、Books(從摘要中擷取主題概念並列出相關的MeSH主題詞，可連至相關的電子書全文)、LinkOut(線上電子全文、書目資料庫清單、消費者健康資訊、研究資料等外部連結資料)等選項。在檢索結果中均會標示每筆書目記錄的PMID，如：PMID: 7998669，表示這篇文獻在系統中的流水編號為7998669，申請館合文件時如填上此號碼，可加速找到該文件。(四)、快捷列功能1.Limit使用者可設定查詢的欄位、附摘要的文獻、出版品的類型、語文、Subsets(主題類別， 如：AIDS、Bioethics)、研究對象年齡層、研究對象(人類或動物)、性別、系統最近更新時間、出版時間。2.Preview/IndexPreview可預覽：a.先前檢索結果之筆數，並決定是否要修正檢索策略，如不修正亦可從筆數直接連至檢索結果。b.亦可在Add Term(s) to Query or View Index輸入詞彙預覽檢索結果之筆數，或是輸入按下Index，看各欄位中該詞出現的資料筆數，並選擇AND、OR、NOT加入原有的檢索策略中進行檢索。3.檢索歷史記錄每次檢索步驟系統都會產生一個檢索號碼，本區可看到所有的檢索步驟歷史記錄，如要運用先前檢索的策略，可直接輸入檢索步驟並以布林邏輯加以運算，如：#2 AND #3，表示將第二個及第三個檢索步驟加以交集運算。但此記錄在系統未運作一小時後將被系統消除，此外，以#標示的步驟號碼儲存的檢索策略將被系統視為無效的檢索策略，下次登入系統時，將無法以#標示的檢索策略追蹤新增的文獻資料。4.剪貼簿該資料區可暫存檢索