异构体和构象的计算--实验报告.docx

。实验三 异构体和构象的计算一、实验目的1、掌握异构体的计算；2、掌握过渡态的优化；3、学会计算单分子反应速度常数。二、实验原理1、化学上，同分异构体是一种有相同的化学式，但结构不同的化合物。同分异构体分类如图： 2、势能等值线曲线上，势能值是相等的。此图很像一幅山区地图，在两边陡峭的山间有一条小路，称为最小能途径，因为它是能量最低点的联线。在反应物区和产物区的最小能途径之间有一小的凸起区，称为势垒，势垒的顶点称为鞍点，此处的势能图呈马鞍形。沿最小能途径走向反应物区和产物区，势能均急剧下降；沿着最小能途径的垂直方向，则势能急剧上升。如图：3、反应速度常数的计算：其中C0为浓度因子，对于单分子反应，n=1,无浓度因子。单分子反应速度常数：G正=GTS-GR G逆=GTS-GPS正=STS-SR S逆=STS-SPH正=HTS-HR H逆=HTS-HPG正=GTS-GR G逆=GTS-GPS正=STS-SR S逆=STS-SPH正=HTS-HR H逆=HTS-HP三、实验内容1、C3NH5两种顺反异构体的比较项目反式顺式分子图能量E(RB+HF-LYP)/A.U.-172.04443-172.04001偶极矩（Debye）1.98791.5957振动频率183.5133 316.8863 560.7393585.1348 867.3007 927.1329963.9413 1033.8495 1112.72971118.0371 1282.1471 1307.46211414.6212 1469.0688 1680.69631727.0332 3014.7848 3154.95503187.7384 3246.4336 3452.5158113.7388 291.6176 556.1533653.8517 838.6243 920.4298983.2547 1034.2374 1081.84011115.2676 1243.0381 1329.80031429.9431 1464.4526 1680.64181729.1373 3023.7906 3162.25463175.2893 3259.6810 3462.7861前线分子轨道能量FMOHOMO-0.26263-0.25603LUMO-0.04221-0.04617G/Hartree-171.99644-171.99263H/ Hartree-171.96477-171.96034S/ Cal/Mol-Kelvin66.66867.953分析：由上述计算结果比较可以看出，顺反异构体的总能量、偶极矩、前线分子轨道能量以及振动频率都有较明显的差别。与顺式异构体相比，反式异构体的能量较低，焓、熵、自由能都较低，说明反式比顺式更稳定，但偶极矩更大。从前线分子轨道能量可以看出，反式分子的最高占据轨道能量低于顺式分子的最高占据轨道能量，最低空轨道能量高于顺式分子，HOMO与LUMO之间的能量间隙较大。从另一个角度反映了反式分子比顺式分子更加稳定。二者都具有21个正值振动频率，但数值均有差别。2、计算顺反之间转化的过渡态项目过渡态分子图能量E(RB+HF-LYP)/A.U.-172.03073偶极矩（Debye）1.9007振动频率-211.5100 323.6259 387.3265705.3501 788.1064 913.7647959.1819 1011.6500 1100.46141131.1758 1249.9626 1313.69961427.7982 1463.3372 1704.54031738.7438 2998.1218 3146.43623158.9634 3242.5300 3429.3964前线分子轨道能量FMOHOMO-0.26224LUMO-0.01087G/Hartree-171.98337H/ Hartree-171.95248S/ Cal/Mol-Kelvin65.015计算：反应速率常数及半衰期的计算GTS=-171.98337Hartree=-171.983371000627.509Cal/mol=-1.07921108 Cal/molGR=-171.99644 Hartree=-171.996441000627.509Cal/mol=-1.07929108 Cal/molGP=-171.99263 Hartree=-171.992631000627.509Cal/mol=-1.07927108 Cal/molG正=GTS-GR=-1.07921108 Cal/mol-(-1.07929108 Cal/mol)=8103 Cal/molk正=kBThexp(-GRT)=1.38110-23J/K273K6.62610-34J/Sexp(-8103Cal/mol1.987273）=2.24106s-1正反应半衰期：t12=ln2k=3.0910-7sG反=GTS-GP=-1.07921108 Cal/mol-(-1.07927108 Cal/mol)=6103 Cal/molk逆=kBThexp(-GRT)=1.38110-23J/K273K6.62610-34J/Sexp(-6103Cal/mol1.987273）=8.94107s-1逆反应反应半衰期：t12=ln2k=7.7510-9s分析：从能量上看，过渡态的能量比反式分子和顺式分子的能量都高，焓、自由能也都高，说明从顺式变成反式或从反式变成顺式要越过一个能垒。过渡态的振动频率中有一个值是负值。正反应速率常数小于逆反应速率常数，表示逆反应快于正反应，这也说明反式的分子比顺式的分子更稳定的存在。3、三种异构体的比较分子图能量E(RB+HF-LYP)/a.u.-172.41896-172.38906-172.38817偶极矩（Debye）2.16932.44912.3886振动频率188.4164 310.2257 538.0899539.3806 755.1095 798.3008948.7025 987.5001 1062.54001068.5152 1090.8939 1287.79991327.2559 1402.3730 1458.66501592.9668 1671.7793 1737.17873171.9860 3194.4704 3202.32973272.0421 3530.1811 3646.8798169.4009 299.0214 499.4955630.1473 754.2130 877.3795969.3891 1009.9568 1030.44621090.9985 1097.4083 1188.70381332.2406 1444.6262 1450.16661515.6067 1664.7687 1744.51623174.6020 3182.2506 3239.95033280.5859 3298.2550 3501.5135-142.6427 327.4659 527.4864595.5751 737.6704 873.5407972.1463 1004.1075 1035.37651078.8067 1093.5937 1195.05891348.6235 1448.2743 1462.36801527.5596 1655.1094 1748.29193181.5796 3187.1019 3251.44253281.0617 3303.9460 3519.7377前线分子轨道能量HOMO-0.49150-0.47949-0.47640LUMO-0.29153-0.29745-0.30209G/Hartree-172.35705-172.32807172.326812H/ Hartree-172.32507-172.29593-172.295892S/ Cal/Mol-Kelvin67.31167.63965.075以上三个分子的总能量、焓、熵、自由能、偶极矩、前线分子轨道能量以及振动频率之间都各有差别，显示出同分异构体之间的差别。从分子能量看，第一个分子是能量最低的，在三个分子中最稳定。但是其偶极矩是三个分子中最小的。四、注意事项1、写过渡态的命令时一定要在二面角改为90后加上空格与3，如：D1267 90.03899 32