2014年生物信息学作业.doc

2014年生物信息学作业每人必须完成所有上机练习，作业必须在2014年12月20日前提交到。作业中必须使用指定的基因和蛋白质分析（下表）。必须按照后面所附的作业模板写作。按照学号顺序每人选择一个基因进行分析序号基因名称蛋白质平均长度已知基因组数1Phenylalanine-tRNA synthetase4232102Arginyl-tRNA synthetase5482203Ribosomal protein S121372164Ribosomal protein S71822105Ribosomal protein S22402476Ribosomal protein L111542317Ribosomal protein L12302298Ribosomal protein L32882229Ribosomal protein L2215724310Ribosomal protein S324019811Ribosomal protein L1413020912Ribosomal protein L518220513Ribosomal protein S813122314Ribosomal protein L6P/L9E17723315Ribosomal protein S522027816Ribosomal protein S1313321717Ribosomal protein S1114522018Ribosomal protein L1316722219Ribosomal protein S917222020Histidyl-tRNA synthetase47220921Methionyl-tRNA synthetase64621522Seryl-tRNA synthetase44221423Ribosomal protein S15P/S13E15420924Ribosomal protein S1712221625Ribosomal protein L16/L10E17522226Ribosomal protein L1516623827Preprotein translocase subunit SecY44521528DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit32321629Ribosomal protein L1817821830Ribosomal protein S4 and related proteins19922031Metal-dependent proteases with chaperone activity37520332Predicted GTPase, probable translation factor38020133Isoleucyl-tRNA synthetase95621434Leucyl-tRNA synthetase85421535Valyl-tRNA synthetase88020636DNA-directed RNA polymerase, beta subunit1138238生物信息学报告写作模板XXX基因和蛋白质序列的生物信息学分析姓名：班级：学号：1前言根据查寻研究基因的中文（中国期刊网）和英文文献（PubMed和PubMed Central），写出对该基因研究现状的简要综述（500-800字）。(目的是考察文献和数据库查阅能力)2 数据来源和分析方法2.1序列数据来源说明分析的数据采用什么方法从哪个数据库获得的，采用了多少条序列。2.2序列分析方法2.2.1 序列比对方法将以上序列数据以fasta格式作成一个文件后，用ClustalX2进行全序列自动比对。比对过程中采取自动比对和手动比对相结合，输出格式为Clustal格式（.aln）。2.2.2遗传距离计算方法 采用MEGA6如何计算序列之间的遗传距离的。2.2.3分子系统发育分析方法采用MEGA6的邻接法（Neighbor-joining method, NJ）、最大似然法和最大简约法（Maximum parsimony method, MP）建树。NJ方法中采用XX校正的氨基酸取代模型，在MP方法中采用XX的方法搜索最简约树。在两种方法中对空位的处理都采取全部删除（Complete deletion）策略，同时采用自举检验(bootstrap test，重抽样500次)估计系统树中结点的置信值（BCL值）。2.2.4蛋白质家族和基序与结构域分析方法所研究蛋白质在PFAM、PROSITE等蛋白质次级数据库中的分类查询方法。2.2.5蛋白质三级结构与结构分类分析所研究蛋白质在蛋白质结构数据库SCOP、CATH等中的分类查询方法。3 结果3.1 序列的查询情况说明：采用基因/蛋白质名称对对NCBI非冗余核酸或蛋白质数据库进行检索的结果。采用任意一个物种的基因/蛋白质序列进行BLAST搜索的结果。3.2 序列的比对情况比对结果的说明：使用什么比对软件，采用什么比对参数进行比对的。改变参数对比对的影响等。3.3 序列之间的遗传距离所分析序列之间的p距离和校正遗传距离 (从MEGA5软件中计算输出的距离矩阵)3.4 序列/物种之间的系统发生重建结果分子系统发生分析结果中NJ法和MP法分析结果见图xx及xx。图xx：XXX蛋白分子进化树：NJ（Neighbor joining）分析，分枝上显示的数字是Bootstap检验获得的BCL (bootstrap confidence level) 值。建树结果的分析(基因树是否与物种进化关系一致)。3.5 蛋白质家族特征分析结果所分析的蛋白质属于什么家族，该家族有哪些结构域/基序特征，完成什么功能。3.6蛋白质三级结构与结构分类分析 所分析的蛋白质的3D结构是否已