EGS安装与使用.doc

1.1 Linux的安装 =-nYA EGSnrc可以在Windows和Linux下安装使用，但是对于EGS来说，Linux系统更加稳定，程序包更加完整，功能更全，而且很多人熟悉Windows下安装程序，但对在Linux下程序的安装并不熟悉，所以本文重点介绍在Linux下EGS的安装和使用。 eru.m+ 1.1.1实验电脑的硬件配置及软件要求 &B|s 首先介绍一下安装软件的本台电脑配置：AMD Sempron（tm）2200+ 1.49GHz，960MB内存，硬盘是SATA，网卡SiS 900-Based PCI Fast Ethernet Adapter。 Q /0TjD 之所以介绍这些，是因为安装软件对硬件非常严格。首先，不同的Linux系统对不同的硬件有不同的要求，比如，本文开始考虑到程序包的完整性，包括了安装EGS所需的fortran编译器和qt库，想采用Fedora Core 4（FC4）这一Linux系统来安装EGS，可是由于在安装过程中发现，FC4系统需要硬盘接口方式是IDE接口，而目前大部分（包括本机）都是SATA接口，所以不能使用，安装也不能完成。而且Feodra Core 6对网卡还有限制，只能适用两种网卡，所以本机也未能采用。 lrztM 其次，安装软件对系统的要求也比较高。在Linux的众多版本中，并不是所有版都都适合安装EGS，比如Linux系统中使用很广泛的redhat9，最开始的时候，本文采用了这一系统，但是安装完成后发现，即使EGS安装成功，它相应的程序包beam也不能用，所以继续适用其他版本的Linux。 ;iL#7NG-R 最后，本文采用Fedora Core 8（FC8）这一Linux版本下安装EGS，它是目前Fedora系统比较新的系统，功能性也更强，但市面上比较难以找到，因此在官方网站上下载其镜像文件，然后再将镜像文件刻录成光盘。这样系统选择合适后，就可以开始安装了。 Hf2_0wA3 1.1.2 Fedora Core 8的安装 lzVq1B 下面开始在上述配置下安装FC8系统。 R$vm6T? 选择OK检测CD，选择Skip跳过。这一步骤是对CD进行检测，第一次安装的时候，花了很长时间进行了检测，确定CD没有问题，后来几次的安装就可以选择跳过了。 Bn&ze.F M!D3JRm 进入Fedora页面，Next bP&!jZ B*Dza.: 选择安装语言，本文选择简体中文 v;DP a LBDjIpR6 选择键盘布局，本文选择美式键盘 +Q4Migbe 7Kxp=-k 创建分区，因为是在已有的Windows下安装Linux系统，所以不能选择默认分区，先要在Windows下确定自己要将Linux系统安装在哪个磁盘，然后将其格式化，那么Linux系统就建在这个磁盘，所以空间也要尽量大些，本文中磁盘空间大约是50G。选择下一步 ayRyA TJXT-Vk 由于很少装双系统，所以这一步骤很关键，也探索了好长时间。这一步骤是对需要安装Linux系统的磁盘进行分区，首先要明白怎么分区，分区的大小，类型等等。经过资料的搜集和向导师询问，以及自己的摸索，最后这样分区。在需要安装的磁盘上，先选择删除来格式化磁盘，然后在这个磁盘上分区。第一个区选择挂载点“/”类型ext3磁盘大小为磁盘总大小减去内存大小所得数值，这个分区是根分区，就像Windows中的Windows目录一样；第二个区选择类型swap，挂载点自动锁定，磁盘大小为内存大小对应值，这个分区相当于虚拟内存。在第一次安装的时候，swap分区大小约为1G，后来发现偏小，所以后来改成了5G。分区分好后，下一步 v #Q(g/ Q,5Neo 因为是在Windows下安装的Linux，所以开始启动的时候需要选择进入哪个系统，设置为默认进入Linux，设置口令，然后下一步 ? _h3bHH CH=k=)() 网络设置，在后面引导时进行具体设置，选择下一步 - $y/* BOW= 选择时区，亚洲/上海，并使用系统时钟，然后下一步 |qXCGei rJcZ a# 根帐号登陆时需要一个帐号口令，输入后，选择下一步 MmKztO 选择办公类型，特别注意要选择定制，在安装过程中将软件的设置也完成，减少后续麻烦，然后下一步 (m mPypL 75/(?2 LH8 fBhw B=)Ub5 选择需要安装的选项，这一过程尽量保证你安装上所有需要的程序包，因为这里有后来要用的tcl/tk，最开始的时候，本文将全部功能都选上，但是后来发现安装相当慢，几乎就是没有发现有进度，很耗时间，很多次安装都是在这里选择不合理半途而废的，所以在请教导师后，在选择了必需的一些的基础上尽量全的选择安装，这样不仅快了很多，而且程序包还是完全的，选好后，下一步 k;SXDZo %2YE 5CBEIF(NS 1| 正在所选安装包中检查依赖关系，如果选择软件包过多，这一过程将会很慢。 hM6PP7XH rLI8pA|. 2)H CkoL TY 检查完成后，选择下一步开始安装Fedora Core 8 QSszne Rld!,t D*gFV Ws NL0Vd Fedora开始安装，等待。 ToXki, #t: S.A 大约经过40分钟，装入成功，此时光盘自动退出，现在需要点击重新引导进入系统配置 W*r1Sy uZeM(3r$ 配置的欢迎界面，选择前进 M2pFXU? X+kgx!uy 许可协议选择Yes，然后前进 WYaC (I zvKjWq= 防火墙选项，前进 / Pj6A EsdA: 安全控制功能，选择默认设置，前进 N;gY5;0m 日期和时间设置，前进 cMO26bW H(?+-72KX q #8 = 显示设置，选择分辨率和色彩深度，前进 9; gy38.3 ju2 ; icDFEHn 声卡设置，然后完成 tR=1.M96Y WzIK &x.5TDB% 下面是登陆页面 pmUC4=&e 1.2 EGSnrc的安装 io_64K+K jcCXi 安装好了Fedora Core 8 系统，就在这个系统下安装EGSnrc了。下面具体介绍一下EGSnrc的安装，以及安装过程中遇到的问题和解决办法。 A1T;9E h|L;E 1.2.1第一种安装办法 D5-9 YP97D n 第一种安装方法，也是目前认为最简单的办法。 ;%9ZL- f 2f $aZ 这种安装需要在一般用户而不是根目录下，以KDE会话模式登陆。 /t P mz 8 这个是Gnome会话模式登陆后页面 TN iK*#b8l .seya 这个是KDE会话模式的登陆后页面 j9|mt vi|ASAV VNPd L L.2lQ 下面在KDE会话模式下安装EGSnrc。 & 2V6jZWab 7 5u*ZMK z=sqO Lb/_ULo6-V 许可证，选择I agree，并Next ,58WZG ,O=HBM 选择必要的安装信息，EGSnrc的安装位置，本文设置在一般用户目录下，并选中创建用户区，然后选择Next yNkga:U6 C_J:HlJ 9n(68|$ &5 y 系统信息，Fortran complier选择gfortran，其他默认并Next xN*k&!1& i(% 2t(wf+ -fHS;/ +6uf6&. 选择All完全安装，不要选择Customize，这样可以保证安装完的EGS包含所需的全部信息 Q4tzb %?gBfy VmeKe*v) dU9;sx 在最后选择install前，必须将右边的Build GUIs和Shortcuts on Desktop(KDE only)打钩，GUI文件是EGS很重要的一个程序，然后点击安装 knoRT tSB .ja Cr:jALC, rCF=m1zxT 安装过程中的图片信息 Z7bJ!?-. 0f4 y9m 73qE!( ximVha EGS_HOME=/home/youyoumomo/egsnrc_mp/ gs)&x p39$V*g( EGS_CONFIG=/home/youyoumomo/HEN_HOUSE/specs/i686-pc-linux-gnu-gfortran.conf x (?Rm, w,hm_aDq export EGS_HOME EGS_CONFIG yR/Mu6T %XR(KV . /home/youyoumomo/HEN_HOUSE/scripts/egsnrc_bashrc_additions Up Z 9g l=b4Og Q7amp:JFb -.Wwo(4 复制到文件内容的下面，并保存。 n)N!6u 2fdNiruB 然后关闭终端和安装界面，这样就把EGSnrc安装好了 PY|zN| mN-Ok0 wmpQFHh# ;8 X+H 现在第一步的EGSnrc已经安装好了，但是还不完全，因为EGSnrc的使用还需要安装Beamnrc。安装Beamnrc必须重新启动机器，而且需要在与所装的EGS在同一个用户下，KDE环境，本文中也就是在一般用户、KDE会话下安装。重新启动后，双击下载好的beam_install_Linux_self.exe，此时发现不能打开，需要选择打开方式。经过导师和师兄指导后，得知需要用/usr/bin/wish84下打开，但是发现仍然没有反应，经过很长时间的实验和摸索，最后用这种方法解决了这一问题（以上问题很多都是在Windows下安装软件没有遇到过的，所以说的尽量详细）。更改beam_install_Linux_self.exe的文件属性，使其和/usr/bin/wish84完全一致，如下图。Fh! T%5C G+QNg .pH :v WYI I7 zN8VM; -R8! o /tKGwXy EX4.h a5 这样双击beam_install_Linux_self，选择打开方式/usr/bin/wish84，进行安装。选择Next avNLV Mtp%co)f RaNeZhFM d6b.zP Beamnrc许可证，选择Accept，然后Next /bcY6b=: .Eonn? ,y.3 Fe 安装结束后，同样暂时不要关闭窗口，记录以下的安装信息，然后打开终端，输入gedit .bashrc然后回车，出现上面曾出现过的那个文件，将以下信息 = KIkS3 cjYOt*i$ ./home/youyoumomo/HEN_HOUSE/scripts/beamnrc_bashrc_additions 9sEg=C$e :9aYd! 复制进去并保存，然后关闭所有窗口。 Q X):T#V ;Jo*|pju cG(0q 随后打开beamnrc_gui和dosexyznrc_gui，打开方法是：到omega/progs/gui/beamnrc和omega/progs/gui/dosexyznrc下，然后分别找到找到beamnrc_gui.tcl和dosexyznrc_gui.tcl文件，选择打开方式/usr/bin/wish打开加速器模型的程序。 *vvm8ik ShUhPZ #kgm)| 1.2.2第二种安装办法 Dq)V Zx T)9mJYr 下面介绍EGSnrc安装的第二种方法。 *V%!pwIG -Ns = 安装条件：在同样的Linux系统和同一台电脑配置下安装，现在Fedora Core 8下新建一个一般用户，并下载所需文件：egs_install_Linux，V4_EGSgui.egszip，V4_EGSnrc.egszip， V4_manuals.egszip，V4_spinms.egszip，V4_user_codes.egszip。 SpdQ i e= 同样在KDE会话下的一般用户，安装EGSnrc。最开始需要更改egs_install_Linux.exe的文件属性（同第一种安装方法），把它更改成和/usr/bin/wish8.4一样的属性然后选择打开方式/usr/bin/wish8.4打开进行安装。 J|bGf# VE+Q Y9( +7U$qEG fcXV9Wp 程序介绍，选择Next w= |).qQ y)d 1E dZFf /BXU 2.:PM4Z4 EGSnrc许可证，选择I agree，并Next QFY12EC 5 R 系统信息，Fortran complier选择gfortran，其他默认并Next tGDsZ;3Yr 选择All完全安装，不要选择Customize，这样可以保证安装完的EGS包含所需的全部信息 UPbG_ #wZ mTkFtI 把下面三行加入到.bashrc末尾 d v9:X$ |n* Iw export EGS_HOME=/home/seudong/egsnrc/ -+c_TJ.dC JJJxl export EGS_CONFIG=/EGSnrc/specs/i686-pc-linux-gnu-g77.conf t )Zk2 qzV:N8+, ./EGSnrc/scripts/egsnrc_bashrc_additions -LQ%)J ZN Y$% Ze 这样安装就完成了，由于此种安装方法涉及到脚本安装，所以这里不再做详细介绍。第二章 EGS的初步计算 Uh ek SSL%$:l #T$.M 在EGS的应用中，主要介绍egs_inprz的使用并进行相关的一些计算。 )i .Kh(F 6 s egs_inprz是一个图形用户界面前端，最开始是用来操作（读取，创建，修改，打印和观察）EGSnrc用户编码RZ组的输入文件。EGSnrc用户编码包括DOSRZnrc，CAVRZnrc，SPRRZnrc和FLURZnrc。此外，它也可以用于编制和执行这些用户编码并创造操作系统和编译器（config文件）的组合。 UMwT 3)bGe 在RZ用户编码中主要改进的一项就是从一个长期的一系列数字的输入格式到一个输入更容易的文本文件。这个基于输入文件系统的文本文件当时是用来对所有用户编码创建一个单一的程序（获得输入）来读取几何输入。所以，现在能够剪切和粘贴整个输入存储区，从一个用户代码到另一个。这个程序现在是EGSnrc系统的一部分，并能在输入文件中用在任何一个用户编码，通过key值来解析。对所有RZ输入编码，输入文件看起来非常相似。更重要的是，在桌面上没有输入文件的时候，它们更容易准确阅读和确认这个模拟是关于什么。 Zjp5+hHV iRj x;:Vu 藏在用GUI程序和EGSnrc输入文件一起工作背后的想法是进一步扩展上述提到的改进。尽管输入文件目前非常可读，但是必须记得在输入文件中使用的key值的含义。通过使用GUI程序，用户通过工具提示能够即时地获得一个关于任何输入参量的描述。egs_input是一个很友好的用户图形界面，它提供了更大的灵活性、在线帮助，因此在亲身体验egsnrc用户编码时提高了效率。 Z#TgFQ3u Z:B Y*#B 2.1输入存储区描述和截图 YCB 3 b Kt3x+x( 下面简要描述不同的输入模块，这个模块在NRC RZ用户编码中使用过，也包括GUI的不同输入标志的画面。在上述每个制表符中，有的输入选项是所有RZ用户编码公用的。但他们中的一些是针对某一个用户编码而且当选择了不同用户编码的时候它们将不能使用。激活的文件名称总是显示在GUI的标题上。这对识别输入框中当前文件名称是否和激活的那个一样很有用。 uAxq3F XvzV lKL 请注意：底部一行的按钮对所有标签都可用。 rwOI.W l$ 0JZq:hUd TNyY60E fssLDD 2.1.1总说明 Te)Cz z2- RJe5A6_ #:+7mCF 图2.1.1 RZ EGSnrc用户编码的一般输入 LWb) #E wmcp8w. 7jg(jtQ 正如它的名字所表明的，这段标签对话的用意是：在输入文件本身如输入PEGS4数据文件名称，搜索这些文件的区域，汇编模式，执行模式及其参数，用户代码名称等的内部收集没有预期的一般信息。标题是一个例外，因为它是输入文件的一部分，但是不适合在任何不同的输入存储区。 (B/F6 X;o. (zLIv9$ GUI中一个很有用的功能是自动在HEN_HOUSE或者EGS_HOME区设定输入和PEGS4文件的位置。这样节省时间，不必浏览所有方式查找不同文件的位置，就像一条捷径。如果文件从不同位置加载，如上面提到的，将会检查其他单选按钮。 g-V s& e/% ; 请注意：一旦从HEN_HOUSE或者EGS_HOME用户编码区以外的位置载入输入文件，它将只储存在EGS_HOME用户编码区。 (b 2d h %M u/:Sf*;? dv9Pb5i 2.1.2 I/O控制表 -I-& 2qR: 图2.1.4 RZ EGSnrc用户编码的几何输入 73DnCN -xEgdY/ 这个输入区包含所有定义RZ几何（圆筒形对称）和目前不同区域的媒体的必要的输入文件。用户编码CAVEZnrc的一个选项对用一种更简单的方式定义几何是可用的，这点很重要。如果选定的输入法（左上角的标签）是腔的描述，那么输入栏的其余部分都不能用而且整个几何输入发生在下一个标签，标签腔。 /g) s: b|LtL$Y 在现有的PEGS4数据设置中只有目前的媒体能设定在媒体表格中。当用户想输入或者双击它时，可通过激活在媒体表格中的第一列的一个组合框。 mMQ!Nf. LYKm2C*d t?&ajh _) a7% 2.1.5腔 O4URr AXw|9 图2.1.5 RZ EGSnrc用户编码CAVRZnrc的腔的输入 pC5jfI zFi33Y 此标签只可以激活用户编码CAVRZnrc。图过在几何标签（左上角）中选定的输入法是群组或单个，用户可以定义区域来组成那个腔。另一方面，如果选定的输入法是腔描述，那么在几何标签中其余的输入栏将不能使用而且整个几何输入都发生在这里。腔壁和电极材料可以从现有的PEGS4数据文件中的可用媒体中选择。这个选项对早期计算是有用的，但对包含更多细节的腔是不足的。 _JMW)8 S!bvU2d 请注意：如果输入方法是腔的描述，腔内的材料名称假设为空气，通过用户编码CAVRZznrc ，即CAVRZnrc将在PEGS4数据文件搜索此媒体。2.1.6 源 I 3$dVls QlZ To 图2.1.6 RZ EGSnrc用户编码的源输入 osPD iQ AsIWrH 光束或相空间文件的最初特点相关的任何输入都进入这里。有15个不同类型的源几何。GUI直接提供了通过工具提示帮助功能。 RHY4P4B nt :N!suP3 =;L*I 2.1.7传输配置表 n.T1q|l 8y2+3NMk e&jh|f: %q 3$| Pt,ebL 7E$&2UJs 2.2 egs_inprz的使用 hf6f.Z _u0$,Y?&| 2.2.1 EGSnrc RZ输入文件的读取 A;XOT6jv? ?i;:Ay|92e HEN_HOUSE/previewRZ/previewRZ name.egsinp -ZOBAG* t iX9 无论输入的文件名有没有扩展名都可以进入。 n-3oku Rs& 4_D WyTIK9 图2.2.1 使用previewrz的3C圆柱电离室的视图 oMUQ*OtV ltI,Xt previewrz是一个以前已经被NRC使用过的只对于Unix/Linux的Tcl / Tk脚本。 #S gq8(O !7BXlS 在下载后和安装的Tcl / TK自解压后，我们现在已经成功的在Windows 2000/XP上使用previewRZ。想要知道Tcl / TK是否可在用户的系统中使用，egs_inprz试图在Windows上查找可执行的wish.exe或者在Unix/Linux上的任何在用户的PATH环境变量上确定的位置上查找wish。ActiveState集团对HP-UX, Linux, Solaris, and Windows 系统免费发布Tcl/Tk包。egs_inprz GUI的未来版本就使用它自身的预览工具，但是现在，想要拥有预览他们定义的几何学特性的用户需要安装Tcl/Tk包。 ;XZb ?hAT/1 2.2.5打印*.egsinp输入文件 iP,n8W =wu*D5 想要获得输入文件的硬盘拷贝，用户可以按位于GUI左下角按钮组的打印按钮选择打印文件。一个打印对话框体现了一个可用的打印列表、打印机和文件格式之间的其它选项的清单。 pLTY = Jhkvd)CxX 当用户编码修改时，这些需要重新编译。用户可以从GUI内通过点击位于GUI左下角的编译按钮执行此操作。对一般信息选项卡，这里有一个目标单选按钮组，在这里您能够选择想要得到的汇编类型。默认情况下设置是最优化的，对所有的EGSnrcMP GUI，在EGSnrc安装过程或配置实用程序中产生的config活动库存，它都使用了最优化定义选项。其他可用选项是没有最优化、调试和清洁的。在用户编码和输入文件后为实现运行的优化建议已经彻底进行了测试。 V% TH7y 2.2.7 RZ用户编码的执行 8QWB0E*? yI 1xyU batch_options.at JF9yVE- iBgw&Y batch_options.nqs CLD-mx|? ,-Rfq/ batch_options.pbs e3 x LBQ 0Y=!tO8 图2.2.3 执行安装程序对话框。 !#gu3 _x!R 队列名称是安装especific，同时NRC的名称短期，中期和长期已通过为PBS和NQS。要改变这些，在适当的批次定义文件中编辑名称。2.2.8创建并修改配置文件 &4iC/ -?CUm*Od 在新的EGSnrcMP多平台环境中的一个关键因素就是配置文件，它包含了重要的系统定义，这些定义允许在不同的操作系统和不同的编辑器上使用EGSnrc。 E ,O QT9NzOH% 从egs_inprz GUI内，用户可以通过点击在一般信息标志上的配置按钮修改现有的config文件并创建新文件。在出现的一个egs安装向导的精简版本中，您可以定义Fortran 和 C编辑器，并设置config文件和配置的名称。一旦所有必要的资料都已经进入，那么将在运行的操作系统上运行一系列选定Fortran和C编辑器的测试。这些测试的结果是用来创建系统/编辑器依赖文件machine.mortran和machine.macros。然后该配置实用程序通过穿在Mortran3字符串mortran3.exe和PEGS4数据前处理工具pegs4.ex