生物信息学实验教案.doc

教案Syllabus(teaching period plan)也称课时计划。教师经过备课，以课时为单位设计的具体教学方案。教案是上课的重要依据。通常包括：班级、学科、课题、上课时间、课的类型、教学方法、教学目的、教学内容、课的进程和时间分配等。有的教案还列有教具和现代教学手段（如电影、投影、录像、录音等）的使用、作业题、板书设计和课后自我分析等项目。由于学科教材的性质、教学目的和课的类型不同，教案不必有固定的形式。编写教案要依据教学大纲和教学书。从学生实际情况出发，精心设计。一般要符合以下要求：明确地制定教学目的，具体规定传授基础知识、培养基本技能、发展能力以及思想政治教育的任务。合理地组织教材，突出重点，解决难点，便于学生理解并掌握系统的知识。恰当地选择和运用教学方法，调动学生学习的积极性。要面向大多数学生，同时注意培养优秀生和提高后进生，使全体学生都得到发展。编写教案的繁简，一般有经验的教师写得简略些，而新教师写得详细些。平行班用的同一课题的教案设计，根据上课班级学生的实际差异有所区别。原定教案，在上课进程中根据具体情况做适当必要的调整，课后随时记录教学效果，进行简要的自我分析，有助于积累教学经验，不断提高教学质量。（摘自中国大百科全书教育分册143144页、1985年10月版）说 明本教案以讲授一个单元（24学时）或一次实验（实习）为单位填写。填写时要要用钢笔填写，字迹要清晰、工整，按表中项目逐一填写。教师要在授课前将本教案交教研室主任审阅，通过后方可授课。在学期结课后将教案交教研室存档。 内 蒙 古 民 族 大 学 教 案专业年级： 09 生物技术 学 科： 生物技术 课程名程： 生物信息学（实验） 授课时间： 2011年 月 日 授课教师： 教 研 室： 生物 内蒙古民族大学教务处制本次授课题目（章、节）：实验一 常用分子数据库的使用和数据格式教学目的：1、掌握常用的生物信息学数据库的类型2、掌握常用的分子数据库的使用方法3、掌握常用的分子数据的格式教学重点及难点：重点：常用的生物信息学数据库的类型难点：1.分子数据库的使用方法2.数据库的数据格式授课内容提要及时间分配：一、常用数据库的使用1.访问国际上权威的核酸序列数据库（EMBL、GenBank、DDBJ） 20min2.访问基因组数据库（GDB、AceDB等） 20min3.访问蛋白质序列数据库（SWISS-PROT、TrEMBL、UniProt） 20min4.访问蛋白质结构数据库（PDB、PDBsum、MMDB） 20min 二、数据库的格式查询（1）在Genbank中检索NM_000230，并掌握Genbank格式和FASTA格式。 20min（2）在EMBL（http:/www.ebi.ac.uk/cgi-bin/dbfetch）检索U18915，比较这个数据库格式和Genbank格式有何异同。 20min（3）将获得的SWISS-PROT id号在SWISS-PROT数据库中检索，获得Entry information相关信息。 10min（4）将获得的PDB id号在PDB数据库中检索，获得Title，Authors，Primary Citation等相关信息。查看该PDB文件，并下载用RasMol打开，观察不同的模式下的分子结构。 30min（5）将获得PDB id号在MMDB数据库检索，获得Reference，Description，MMDB id号等相关信息。下载该文件，用Cn3D打开，观察不同的模式下的分子结构。 30min三、写实验报告，答疑 10min教学方法：计算机上网操作教具（挂图、幻灯、录像、标本等）：计算机、RasMol、Cn3D软件作业或思考题：1.详细分析NM_000230（或U18915）记录号Genbank格式和FASTA格式的各项内容。2.比较分析一下，Genbank和EMBL格式有何异同。3.记录在GDB、SWISS-PROT和MMDB数据库中获得的信息。本单元教学总结（教学的主要经验效果、存在问题、措施、反馈信息等）：教研室主任意见：签 字 年 月 日院校教学管理部门抽查意见：签 字 年 月 日教案Syllabus(teaching period plan)也称课时计划。教师经过备课，以课时为单位设计的具体教学方案。教案是上课的重要依据。通常包括：班级、学科、课题、上课时间、课的类型、教学方法、教学目的、教学内容、课的进程和时间分配等。有的教案还列有教具和现代教学手段（如电影、投影、录像、录音等）的使用、作业题、板书设计和课后自我分析等项目。由于学科教材的性质、教学目的和课的类型不同，教案不必有固定的形式。编写教案要依据教学大纲和教学书。从学生实际情况出发，精心设计。一般要符合以下要求：明确地制定教学目的，具体规定传授基础知识、培养基本技能、发展能力以及思想政治教育的任务。合理地组织教材，突出重点，解决难点，便于学生理解并掌握系统的知识。恰当地选择和运用教学方法，调动学生学习的积极性。要面向大多数学生，同时注意培养优秀生和提高后进生，使全体学生都得到发展。编写教案的繁简，一般有经验的教师写得简略些，而新教师写得详细些。平行班用的同一课题的教案设计，根据上课班级学生的实际差异有所区别。原定教案，在上课进程中根据具体情况做适当必要的调整，课后随时记录教学效果，进行简要的自我分析，有助于积累教学经验，不断提高教学质量。（摘自中国大百科全书教育分册143144页、1985年10月版）说 明本教案以讲授一个单元（24学时）或一次实验（实习）为单位填写。填写时要要用钢笔填写，字迹要清晰、工整，按表中项目逐一填写。教师要在授课前将本教案交教研室主任审阅，通过后方可授课。在学期结课后将教案交教研室存档。 内 蒙 古 民 族 大 学 教 案专业年级： 09 生物技术 学 科： 生物技术 课程名程： 生物信息学（实验） 授课时间： 2011年 月 日 授课教师： 教 研 室： 生物 内蒙古民族大学教务处制本次授课题目（章、节）：实验二 数据库查询与下载教学目的：1.掌握Entrez和SRS检索分析工具的使用2.数据库搜索教学重点及难点：1.Entrez和SRS检索分析工具的使用2.数据库搜索授课内容提要及时间分配：1.SRS检索 40min（1）快速查询（2）标准查询（3）扩展查询2.Entrez检索 90min以calpain蛋白为例，利用Entrez检索系统，检索nr数据库、gene数据库、Map数据库、Conserved Domain 数据库、OMIM数据库、protein数据库、SNPs数据库、SNPs Genotype数据库、SNPs Geneview数据库、Taxonomy数据库、UniSTS数据库、 UniGene数据库中的相关信息。3.BLAST检索 40min以NM_005186为模版序列在nr/nt数据库中分别用megablast， discontiguous megablast，blastn程序进行检索。 4.写实验报告，答疑 10min教学方法：计算机上网操作教具（挂图、幻灯、录像、标本等）：计算机作业或思考题：1. 简要记录SRS检索得到的结果。2. 简要记录Entrze检索得到各个数据库的结果。3. 简要记录BLAST检索得到的结果。本单元教学总结（教学的主要经验效果、存在问题、措施、反馈信息等）：教研室主任意见：签 字 年 月 日院校教学管理部门抽查意见：签 字 年 月 日教案Syllabus(teaching period plan)也称课时计划。教师经过备课，以课时为单位设计的具体教学方案。教案是上课的重要依据。通常包括：班级、学科、课题、上课时间、课的类型、教学方法、教学目的、教学内容、课的进程和时间分配等。有的教案还列有教具和现代教学手段（如电影、投影、录像、录音等）的使用、作业题、板书设计和课后自我分析等项目。由于学科教材的性质、教学目的和课的类型不同，教案不必有固定的形式。编写教案要依据教学大纲和教学书。从学生实际情况出发，精心设计。一般要符合以下要求：明确地制定教学目的，具体规定传授基础知识、培养基本技能、发展能力以及思想政治教育的任务。合理地组织教材，突出重点，解决难点，便于学生理解并掌握系统的知识。恰当地选择和运用教学方法，调动学生学习的积极性。要面向大多数学生，同时注意培养优秀生和提高后进生，使全体学生都得到发展。编写教案的繁简，一般有经验的教师写得简略些，而新教师写得详细些。平行班用的同一课题的教案设计，根据上课班级学生的实际差异有所区别。原定教案，在上课进程中根据具体情况做适当必要的调整，课后随时记录教学效果，进行简要的自我分析，有助于积累教学经验，不断提高教学质量。（摘自中国大百科全书教育分册143144页、1985年10月版）说 明本教案以讲授一个单元（24学时）或一次实验（实习）为单位填写。填写时要要用钢笔填写，字迹要清晰、工整，按表中项目逐一填写。教师要在授课前将本教案交教研室主任审阅，通过后方可授课。在学期结课后将教案交教研室存档。 内 蒙 古 民 族 大 学 教 案专业年级： 09生物技术 学 科： 生物技术 课程名程： 生物信息学（实验） 授课时间： 2011年 月 日 授课教师： 教 研 室： 生物 内蒙古民族大学教务处制本次授课题目（章、节）：实验三 进化分析软件的使用教学目的：1.掌握双序列比对的基本方法和操作。2.熟练掌握使用Clustalx等进行序列多重比对的操作方法。3.熟练掌握使用Mega软件和Phylip软件进行系统进化树分析。熟悉构建分子系统发生树的基本过程，获得使用不同建树方法、建树材料和建树参数对建树结果影响的正确认识。教学重点及难点：重点：双序列比对的基本方法和操作。难点：1.熟练掌握使用Clustalx等进行序列多重比对的操作方法。2使用Mega软件和Phylip软件进行系统进化树分析。授课内容提要及时间分配：1.以DNAMAN及DNAStar自带的序列，进行双序列比对和Dotplot分析及多重序列比对。 50min 2、使用CLUSTALX软件对已知八条DNA序列进行多重序列比对 30min3.使用clustalX软件和treeview软件进行分子进化分析。 10min4.使用clustalX软件和mega3.1软件进行分子进化分析。 40min5.使用clustalX软件和Phylip软件进行分子进化分析。 50min教学方法：计算机操作教具（挂图、幻灯、录像、标本等）：计算机和DNAMAN、DNAStar、CLUSTAL X、Treview、Mega、Phylip软件作业或思考题：提交实验结果。本单元教学总结（教学的主要经验效果、存在问题、措施、反馈信息等）：教研室主任意见：签 字 年 月 日院校教学管理部门抽查意见：签 字 年 月 日教案Syllabus(teaching period plan)也称课时计划。教师经过备课，以课时为单位设计的具体教学方案。教案是上课的重要依据。通常包括：班级、学科、课题、上课时间、课的类型、教学方法、教学目的、教学内容、课的进程和时间分配等。有的教案还列有教具和现代教学手段（如电影、投影、录像、录音等）的使用、作业题、板书设计和课后自我分析等项目。由于学科教材的性质、教学目的和课的类型不同，教案不必有固定的形式。编写教案要依据教学大纲和教学书。从学生实际情况出发，精心设计。一般要符合以下要求：明确地制定教学目的，具体规定传授基础知识、培养基本技能、发展能力以及思想政治教育的任务。合理地组织教材，突出重点，解决难点，便于学生理解并掌握系统的知识。恰当地选择和运用教学方法，调动学生学习的积极性。要面向大多数学生，同时注意培养优秀生和提高后进生，使全体学生都得到发展。编写教案的繁简，一般有经验的教师写得简略些，而新教师写得详细些。平行班用的同一课题的教案设计，根据上课班级学生的实际差异有所区别。原定教案，在上课进程中根据具体情况做适当必要的调整，课后随时记录教学效果，进行简要的自我分析，有助于积累教学经验，不断提高教学质量。（摘自中国大百科全书教育分册143144页、1985年10月版）说 明本教案以讲授一个单元（24学时）或一次实验（实习）为单位填写。填写时要要用钢笔填写，字迹要清晰、工整，按表中项目逐一填写。教师要在授课前将本教案交教研室主任审阅，通过后方可授课。在学期结课后将教案交教研室存档。 内 蒙 古 民 族 大 学 教 案专业年级： 09生物技术 学 科： 生物技术 课程名程： 生物信息学（实验） 授课时间： 2011年 月 日 授课教师： 教 研 室： 生物 内蒙古民族大学教务处制本次授课题目（章、节）：实验四 引物设计软件的使用教学目的：1.掌握引物设计的基本要求，并熟悉使用Primer Premier5.0软件进行引物搜索。2.掌握使用软件Oligo6.0对设计的引物进行评价分析。3.掌握Primer3软件的使用。教学重点及难点：1.掌握引物设计的基本要求2. 使用Primer Premier5.0软件进行引物搜索。3.使用软件Oligo6.0对设计的引物进行评价分析。授课内容提要及时间分配：1.引物设计的原则 20min2.使用Primer premier5.0软件进行人leptin mRNA引物的设计 90min3.使用oligo6.0对引物进行评价分析。 40min4.使用Primer3软件进行引物设计。 20min5.写实验报告，答疑 10min教学方法：计算机、上网操作教具（挂图、幻灯、录像、标本等）：计算机、Primer premier5.0、oligo6.0软件作业或思考题：将三个引物设计软件设计的引物及其条件、参数写入实验报告。本单元教学总结（教学的主要经验效果、存在问题、措施、反馈信息等）：教研室主任意见：签 字 年 月 日院校教学管理部门抽查意见：签 字 年 月 日教案Syllabus(teaching period plan)也称课时计划。教师经过备课，以课时为单位设计的具体教学方案。教案是上课的重要依据。通常包括：班级、学科、课题、上课时间、课的类型、教学方法、教学目的、教学内容、课的进程和时间分配等。有的教案还列有教具和现代教学手段（如电影、投影、录像、录音等）的使用、作业题、板书设计和课后自我分析等项目。由于学科教材的性质、教学目的和课的类型不同，教案不必有固定的形式。编写教案要依据教学大纲和教学书。从学生实际情况出发，精心设计。一般要符合以下要求：明确地制定教学目的，具体规定传授基础知识、培养基本技能、发展能力以及思想政治教育的任务。合理地组织教材，突出重点，解决难点，便于学生理解并掌握系统的知识。恰当地选择和运用教学方法，调动学生学习的积极性。要面向大多数学生，同时注意培养优秀生和提高后进生，使全体学生都得到发展。编写教案的繁简，一般有经验的教师写得简略些，而新教师写得详细些。平行班用的同一课题的教案设计，根据上课班级学生的实际差异有所区别。原定教案，在上课进程中根据具体情况做适当必要的调整，课后随时记录教学效果，进行简要的自我分析，有助于积累教学经验，不断提高教学质量。（摘自中国大百科全书教育分册143144页、1985年10月版）说 明本教案以讲授一个单元（24学时）或一次实验（实习）为单位填写。填写时要要用钢笔填写，字迹要清晰、工整，按表中项目逐一填写。教师要在授课前将本教案交教研室主任审阅，通过后方可授课。在学期结课后将教案交教研室存档。 内 蒙 古 民 族 大 学 教 案专业年级： 09 生物技术 学 科： 生物技术 课程名程： 生物信息学（实验） 授课时间： 2011年 月 日 授课教师： 教 研 室： 生物 内蒙古民族大学教务处制本次授课题目（章、节）：实验五 核酸序列分析教学目的：熟练掌握运用一个综合生物软件进行核酸序列分析。教学重点及难点：运用一个综合生物软件进行核酸序列分析。授课内容提要及时间分配：以DNAMAN、DNAStar、Bioedit软件自带的序列进行如下操作1.分子质量、碱基组成、碱基分布 30min2.序列变换 30min3.限制性酶切分析 30min4.特殊序列查找 30min5.ORF查找 30min6.电子延伸 30min教学方法：计算机教具（挂图、幻灯、录像、标本等）：计算机、DNAMAN、DNAStar、Bioedit软件作业或思考题：写出核酸序列分析的结果。本单元教学总结（教学的主要经验效果、存在问题、措施、反馈信息等）：教研室主任意见：签 字 年 月 日院校教学管理部门抽查意见：签 字 年 月 日教案Syllabus(teaching period plan)也称课时计划。教师经过备课，以课时为单位设计的具体教学方案。教案是上课的重要依据。通常包括：班级、学科、课题、上课时间、课的类型、教学方法、教学目的、教学内容、课的进程和时间分配等。有的教案还列有教具和现代教学手段（如电影、投影、录像、录音等）的使用、作业题、板书设计和课后自我分析等项目。由于学科教材的性质、教学目的和课的类型不同，教案不必有固定的形式。编写教案要依据教学大纲和教学书。从学生实际情况出发，精心设计。一般要符合以下要求：明确地制定教学目的，具体规定传授基础知识、培养基本技能、发展能力以及思想政治教育的任务。合理地组织教材，突出重点，解决难点，便于学生理解并掌握系统的知识。恰当地选择和运用教学方法，调动学生学习的积极性。要面向大多数学生，同时注意培养优秀生和提高后进生，使全体学生都得到发展。编写教案的繁简，一般有经验的教师写得简略些，而新教师写得详细些。平行班用的同一课题的教案设计，根据上课班级学生的实际差异有所区别。原定教案，在上课进程中根据具体情况做适当必要的调整，课后随时记录教学效果，进行简要的自我分析，有助于积累教学经验，不断提高教