1挑战杯资料 大挑 校赛 第十一届挑战杯各学院资料汇总初赛-200812 动科学院 卢肖男

序号： 编码： 第十一届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛华南农业大学选拔赛作品申报书作品名称： 鸡的microRNA的预测与鉴定 所在学院： 动物科学学院 申报者姓名（集体名称 卢肖男 张强 余家纯 彭民毅 张璇 类别：自然科学类学术论文哲学社会科学类社会调查报告和学术论文科技发明制作A类科技发明制作B类说 明1. 申报者应在认真阅读此说明各项内容后按要求详细填写。2申报者在填写申报作品情况时只需根据个人项目或集体项目填写A1或A2表，根据作品类别（自然科学类学术论文、哲学社会科学类社会调查报告和学术论文、科技发明制作）分别填写B1、B2或B3表。所有申报者可根据情况填写C表。3表内项目填写时一律用打印，字迹要端正、清楚，此申报书可复制。4序号、编码由竞赛组委会填写。5学术论文、社会调查报告及所附的有关材料必须是中文（若是外文，请附中文本），请用4号楷体打印在A4纸上，附于申报书后，字数在8000字以内, 调查报告类每篇在15000字以内。6其他参赛事宜请向校团委咨询。联系电话：85283396，电子邮箱：A2申报者情况（集体项目）说明：1.必须由申报者本人按要求填写；2.申报者代表必须是作者中学历最高者，其余作者按学历高低排列；3.本表中的学籍管理部门签章视为对申报者情况的确认。申报者代表情况姓名卢肖男性别男出生年月88.09.24学院动物科学学院系别、专业、年级06水产养殖学历本科学制4年入学时间06.09.24作品名称鸡的MicroRNA的预测与鉴定毕业论文题目通讯地址广州天河区五山镇华南农业大学华山区24栋409邮政编码510642办公电话常住地通讯地址广州天河五山镇华南农业大学华山区24栋409邮政编码510642住宅电他作者情况姓 名性别年龄学历所在单位张强男21本科华南农业大学动物科学学院余家纯男21本科华南农业大学动物科学学院彭民毅男22本科华南农业大学动物科学学院张璇女21本科华南农业大学动物科学学院资格认定学院学籍管理部门意见以上作者是否为2009年7月1日前正式注册在校的全日制非成人教育、非在职的高等学校中国籍本科生、硕士研究生或博士研究生。是 否 （学院盖章）2008年 12月 14日院、系负责人或导师意见本作品是否为课外学术科技或社会实践活动成果。是 否负责人签名：2008年12 月 14日B1申报作品情况（自然科学类学术论文）说明：1必须由申报者本人填写；2本部分中的科研管理部门签章视为对申报者所填内容的确认；3作品分类请按作品的学术方向或所涉及的主要学科领域填写；4硕士研究生、博士研究生作品不在此列。作品全称作品分类（D）A机械与控制（包括机械、仪器仪表、自动化控制、工程、交通、建筑等）B信息技术（包括计算机、电信、通讯、电子等）C数理（包括数学、物理、地球与空间科学等）D生命科学（包括生物、农学、药学、医学、健康、卫生、食品等）E能源化工（包括能源、材料、石油、化学、化工、生态、环保等）作品撰写的目的和基本思路本研究主要基于哺乳动物如人和小鼠等microRNA的研究资料，利用生物信息学和实验技术在鸡上挖掘新的microRNA，预测与鉴定相结合。我们从miRBase数据库中（http:/microrna.sanger.ac.uk，Release 11.0）获得部分microRNA序列信息和家族信息：人（Homo sapiens）678条，恒河猴（Macaca mulatta）464条，小鼠（Mus musculus）472条，斑马鱼（Danio rerio）337条，鸡（Gallus gallus）149条。另外从GeneBank中（/）获取鸡的全基因组序列和EST序列。从而分析microRNA在进化中的保守性特征，设定好一套筛选程序，利用高同源性获取候选microRNA；进而利用荧光定量RT-PCR的方法验证预测的microRNA；在验证的基础上进一步预测其霸基因，分析基因的转录后调控功能。作品的科学性、先进性及独特之处借助于genebank平台，利用鸡和其他动物之间的保守性进行同源预测。根据microRNA的生成特点，设置筛选条件，获得候选的miRNA，准确性较高。首次在鸡上面进行以一个集团的形式即多个microRNA为一个整体来预测其靶基因，试图找到共同作用于某一个生化通路上的一整套microRNA集团。作品的实际应用价值和现实意义microRNA是基因转录后调控的一种重要的内源性调控因子，对于研究基因功能有其重要的意义，尤其是microRNA可以借助于RNA干扰技术用于治疗疾病，进行鸡的生产相关基因的改造，从而从分子水平改良鸡的品系。学术论文文摘本实验通过分析miRBase数据库中人、恒河猴、小鼠和斑马鱼四种动物已知的miRNA序列信息，获取尽可能多的成熟miRNA序列库。然后以这些成熟miRNA序列为quest，对鸡的整个基因组进行BLASTN检索，其中Word size取7，Expect value取10.0，Match/Mismatch scores为1/-1，Gapcosts为2/2,其他取默认值。然后，进行上下游各延伸80bp，利用Mfold 3.3进行二级结构预测，根据前面microRNA的属性，进行综合的过滤筛选。最后利用注释的鸡基因组信息，最后一步筛选，获得新的miRNA前体及成熟序列。在此基础上进行了部分microRNA的靶基因的预测，分析其调控网络。作品在何时、何地、何种机构举行的会议上或报刊上发表及所获奖励鉴定结果RT-RCR技术、 RACE技术、 定量PCR技术请提供对于理解、审查、评价所申报作品具有参考价值的现有技术及技术文献的检索目录主要参考文献：1. Wang, J.F., Zhou, H., Chen, Y.Q. et al., Identification of 20 microRNAs from Oryza sativa. Nucleic Acids Res. 2004（32）： 16881695.2. Altuvia Y, Landgraf P, Lithwick G et al.， Clustering and conservation patterns of human microRNAs. Nucl Acids Res, 2005,33(8):2697-27063. Baskerville S, Bartel DP. Microarray profiling of microRNAs reveals frequent coexpression with neighboring miRNAs and host genes. RNA, 2005,11:241-2474. 李永庆，染色体上聚集的 microRNAs具有更多共同的靶基因，生物物理学报2007，23(6):470-4745. Brown, W.R., Hubbard, S.J., Tickle, C. et al., The chicken as a model for large-scale analysis of vertebrate gene function. Nat.Rev.Genet.（2003）4：8798.申报材料清单（申报论文一篇，相关资料名称及数量）申报论文：利用同源性预测鸡的microRNA基因科研管理部门签章情况属实2008年 12 月 10 日C.当前国内外同类课题研究水平概述说明：1.申报者可根据作品类别和情况填写；2.填写此栏有助于评审。微小RNAs(microRNA ) 是一类长度在22 nt 左右的非编码RNA,最初在线虫体内被发现, 它们广泛存在于真核生物体内, 有着重要的生物学功能,在进化上保守,在数量、序列、结构、表达和功能上具有多样性。微小RNA s 作用机制尚不完全清楚, 但已知其能通过与mRNA s 的3非翻译区结合而影响翻译水平。人们通过获取、检测和验证等方法来研究miRNA及其靶基因。尽管人们已经在各种生物中预测并证实了数百种miRNA,但是miRNA及其靶基因的明确作用机制和功能尚不是完全明了。1993 年Lee 等报道在秀丽线虫(C. elegans) 体内发现了一种呈时间特异性表达的小分子RNA ,即可调节线虫生长发育的lin24 。2000 年Reinhart 等又在秀丽线虫发现另一个新的重要的小分子RNA -let27 ,它与lin24 同样呈现时间特异性表达,并调节线虫的生长发育,只是表达的时间不同。由于它们的长度很短,并且在特定的时间出现和发挥作用,称为小时限性RNA (small temporal RNA,stRNA)。随着对lin24 和let27 在线虫个体发育过程中作用的认识以及新的结构类似小分子RNA 的不断发现,并对它们的功能进行研究,发现它们是一种可调节基因表达、调节生长发育、维持机体正常生理功能的一类重要的小分子RNA ,被称为微小RNA(microRNA) 。随着新的miRNA 的不断发现及许多miRNA 功能的不断发现,使得miRNA 的研究倍受关注,成为当前研究的热点问题。到目前为止，已有不少计算机程式被报道，如MiRscan，SRNAloop，miRseeker和miRAlign等，上述这些程序都只能用于对pre-miRNA的预测，不能用于对成熟区的预测2005年，Nam等 开发的ProMIR通过HMM在人pre-miRNA上预测成熟区，正确率达75，但对于应用ProMIR在其他物种的pre-miRNA上预测成熟区的效率如何却并没报道。应用这种低识别率的程序将会对后面实验工作带来很大的困难。本文利用鸡和其他动物之间的保守性进行同源预测，获取新的microRNA。建立了一套有效的筛选microRNA的程序，同时利用并优化targetScan等软件，对microRNA的靶向基因进行有效的预测，从而进一步研究基因的调控机制，为分子育种提供理论基础，有很高的应用价值。D.推荐者情况及对作品的说明说明：1由推荐者本人填写；2推荐者必须具有高级专业技术职称，并是与申报作品相同或相关领域的专家学者或专业技术人员（教研组集体推荐亦可）；3推荐者填写此部分，即视为同意推荐；4推荐者所在单位签章仅被视为对推荐者身份的确认。推荐者情况姓 名张细权性别男年龄45职称教授工作单位华南农业大学动物科学学院通讯地址广州天河五山邮政编码510642单位电话85285703住宅电话推荐者所在单位签章张细权老师是华南农业大学动物科学学院教授，情况属实。（签章） 2008年 12月 14日请对申报者申报情况的真实性作出阐述申报情况属实。请对作品的意义、技术水平、适用范围及推广前景作出您的评价作品对鸡功能基因组研究有重要意义，技术先进，使用范围广泛，有一定的推广前景。其它说明无推荐者情况姓 名罗庆斌性别男年龄39职称副教