Biochemistry Test(part I 中文)参考答案.doc

Biochemistry Test （part one） Name Student ID Score IIIIIIIVTotalI Write the Structures and state their applications respectively in Biochemistry. (5 x 4 = 20)NumberStructureApplications1phenyl isothiocyanate蛋白质测序（Edman降解）用荧光试剂。2E.coli plasmid基因克隆、基因表达的载体3DIPF组特异性抑制剂，专门修饰表面丝氨酸（与丝氨酸形成共价连接）4eukaryotic mRNAs蛋白质合成的模板5cystine（1） 蛋白质水解的产物（2）多肽链内或链间交联II Matching Questions (30 x 1 = 30) Use the items listed in the table to answer questions 1-30. Not all of the answers will be used.ABCDE1RTNCK2noncompetitivecompetitiveuncompetitivefeedbackB3ZwitterionsepitopesynonymsanonymsE4zeropositivenegative355catalytic triadoxyanion holeretrovirusesprokaryoteseukaryotes6apoenzymesholoenzymesallostericgene expressiongene transcription7expressioncloningmRNAstRNAsrRNAs8evolutionary treethalassemiasickle-cellconvergentDivegernt9conservative alignmentidentity searchBLASTgla domainP-loop10total activityspecific activityaffinityion exchangegel filtration11elongation factorrelease factorthemselvesitselfothers12cysteinehistidinearginineaspartatevaline13asparaginetyrosinelysineserinehydroxyproline14stopped-flowDNA ligaseCirce effecthomotropicheterotropic15Isozymes or IsoenzymesGTPATPc-AMPcGMP16superoxideBohr effectSD sequenceRFLPfingerprint17bicarbonate ionorthologsparalogsLDHACDH18NMP kinaseszymogensinsulinpyrimidinespurine1. 催化DNA分子断裂位点形成磷酸二酯键的酶是 _14B_.2. 固相合成寡核苷酸，2 deoxyribonucleoside-3-phosphoramidite 添加到合成寡核苷酸链的 _4E_ 末端。3. 将蛋白质序列与 _11C_能够寻找蛋白质分子重复的motifs, 或 domains。4. pH对血红蛋白氧结合能力的影响称为 _16B_。 5. 1 Asp 94 和 1链C-端_12B_ 形成盐键稳定血红蛋白的T态结构。 6. 2,3-Bisphosphoglycerate只与 _1B_ 态血红蛋白结合。7. 与底物结构类似，能可逆结合于酶活性位点，这样的抑制剂属于 _2B_抑制剂。 8. 胰凝乳蛋白酶催化反应转化态是四面体碳原子，稳定这种结构的酶蛋白结构域是“_5B_” 。9. NMP kinases的特征性结构序列Gly-X-X-X-X-Gly-Lys 称为_9E_。10. Aspartyl transcarbamylase 催化_18D_合成途径的第一步反应。11. 分析血清 _17D_ 同功酶能够诊断心肌损伤。 12. 组蛋白乙酰化的氨基酸残基是 _13C_。 13. 蛋白激酶A因 _15D_ 与调节亚基特异性结合受到活化。14. 能自动发生的化学反应，其 DG 值肯定是 _4C_。15. 酶制剂活性总量与酶制剂总质量的比值称为 _10B_。16. antigenic determinant的另一个名称是 _3B_。 17. 遗传信息从DNA向蛋白质的流动称为_6D_。18. 能够进行 RNADNA的生物称为 _5C_。19. 能够阅读终止密码子的因子是 _11B_。20. 基因工程中用于蛋白质制造的vectors 称为 _7A_vectors。21. 同一生物体内执行不同功能的同源蛋白质称为_17C_。22. 普遍使用的搜寻蛋白质同源序列的方法是 _9C_。23. 表示序列进化历史相关性的图谱是 _8A_。24. 活性氧如 _16A_ 能损伤生物物质。25. 没有必需的辅助因子，这类酶是 _6A_。 26. 利用吸引力将底物分子诱导至酶分子的活性位点，这种效应称为 _14C_。27. 迅速检测酶促反应动力学的技术称为 _14A_。28. 活化 _18B_必需断裂肽键。29. 凝血途径需要 vitamin _1E_。 30. Collagen 含有修饰氨基酸 _13E_。III Fill in the Blanks (10 x 2 = 20)1. 吸烟导致肺气肿，原因是_ a1-抗胰蛋白酶_ 在烟熏条件下发生甲硫氨酸氧化。. 2. 碳酸脱水酶利用 质子穿梭 系统加速质子从活性中心外运到缓冲液的碱性组分。 3. 催化抗体是 _具有催化活性的抗体_。 4. 生物体利用_AHSP_蛋白，阻止血红蛋白a链沉淀。5. 氧气与血红素结合，导致血红蛋白结构变化。启动这种结构变化的原因在于_铁离子变小，掉进吡咯环中央洞，拉动近端组氨酸位移_。6. Sau 3A的识别和酶切序列是G/ATC（“/”表示限制性酶切位点）。利用Sau 3A酶切细菌基因组，企图分离出一个长度达到500氨基酸残基的编码基因。Sau 3A酶切基因组必须 部分酶切 。7. 质量相似的球状蛋白质A, B, C，其等电点分别是4, 6, 9。最好用 离子交换层析 分离。8. 除了球棒模型外，表示蛋白质结构的还有 绸缎、骨架、填充 三种模型。9. 胰凝乳蛋白酶能够水解多种氨基酸构成的肽键，利用 kcat/Km 数据确定该蛋白酶的底物特异性。10. 双链DNA溶液加热至95，溶液的A260nm数值将 增加 。IV Short-Answer Questions （5 x 6 = 30）图1 PALA对ATCase酶促反应得影响。1. PALA是ATCase的双底物类似物。在ATCase催化反应中，加入不同分子比例的PALA，测定酶促反应初速度。速度对PALA/ATCase（mole ratio）作图，获得图1的结果。结合酶促反应机理，解释PALA影响ATCase酶促反应的曲线。2. TPCK（图2）与His57形成共价键、特异性抑制胰凝乳蛋白酶活性。（1）提出TPCK抑制chymotrypsin的机理。（2）据此设计一种化合物抑制trypsin活性。图2 TPCK的结构3. 如果你想研究X基因两侧的核苷酸序列，但是我们只知道X基因的核苷酸序列，两侧的核苷酸序列不清楚。怎么办？4. 母体外周血有胎儿的有核红细胞。设计一种方案从母体外周血分离胎儿的有核红细胞。5. 胰岛素既有链间二硫键，又有链内二硫键。设计一种方案鉴定这些二硫键的位置。III Fill in the Blanks1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. IV Short-answer questions1. PALA是ATCase的双底物类似物。ATCase有六个活性位点的变构酶，具有正协同性。PALA与ATCase结合，导致酶分子内部其余活性位点变成R态。因此当PALA与ATCase比例高于2、小于3时，每个酶分子都至少结合了一个PALA，酶分子处于R态，且空余的活性位点最多。但是进一步增加PALA/ATCase比值，PALA将占据更多的活性位点，导致空余的活性位点少，催化功能降低。如果PALA/ATCase比值达到6，则所有活性位点都被PALA占据，没有活性位点结合底物。催化活性为零。另一方面也反映出PALA与ATCase 结合活性超过每自身的真正底物。2. （1）TPCK苯丙氨酸侧链适合胰凝乳蛋白酶口袋，亲和力高，导致TPCK与胰凝乳蛋白酶底物结合口袋结合；His57亲核攻击酰基旁边的氯甲基碳原子，并共价连接。共价连接产物不断裂，无法再生出活性酶，酶蛋白失活。（2）将TPCK苯丙氨酸换成赖氨酸或精氨酸，产物能够抑制胰蛋白酶。3. 因为中间的一段，即x基因的核苷酸序列已知，可以用来设计PCR引物。另一PCR引物用随机序列。PCR产物就是X基因两侧的DNA片段。能够进行序列测定或其它分子生物学研究。4. 母体外周血液胎儿有核红细胞表面有特定的表面抗原。利用这些