BrainNet Viewer使用.doc

BrainNet Viewer工作流程： 可分成四部分：读入文件、设置绘图格式、网络显示和结果导出。BrainNet Viewer定义4中可读入的文件：1)脑曲面文件（Brain surface files）：ASCII文件，后缀名为“nv”，包含了脑曲面的上的顶点和三角面片信息。2)节点文件（node files）：ASCII文件，后缀名为“node”，为n6的矩阵，包含了节点的坐标、颜色、大小和标签信息3)边文件（edge files）：ASCII文件，后缀名为“edge”，为nn的矩阵，即节点间的相关矩阵4)三维图像文件（volume files）：NIFTI或Analyze格式，后缀名为配对的“hdr”和“img”该文件仅用于体素到曲面的映射绘制.主要功能：（1）脑网络的多视角显示（2） 显示多种由脑曲面，节点和边构成的不同组合（3） 多种方式调节节点的颜色和大小（4） 多种方式调整边的颜色和大小（5） 自定阀值来提取相关矩阵中的边信息（6） 实现体素图像到曲面的映射（7） 支持输出常用的包括TIFF、BMP、JPEG、PNS和EPS五种格式图片（8） 支持输出图片尺寸和分辨率的调整（9） 可进行放大和缩小，旋转等交互式操作功能和使用：(1)Installation 打开matlab，把BrainNet Viewer添加当前路径（注意全是英文路径，否则出现读取错误），在matlab 工作区内输入BrainNet即打开如下图片： Fig 1.BrainNet Viewer界面（2）picture：产生的组合图片。（提供参考） Fig.2 各种组合（3）Load Files点击File-Load File出现以下图片： Fig.3 加载界面1.点击Browse（Surface file）选择.DataSurfTemplateBrainMesh_ICBM152.nv(BrainNet Viewer提供2中不同类型的大脑模板CH2ICBM152,根据自己所需，选择不同模板)2. 点击Browse（node）选择.DataExampleFilesAAL90Node_AAL90.node(可以选择不同节点模板，一共提供ALL90、Brodmann82、Custom、Dos160、Fair34、HOA112、LPBA40，在这其中进行选择)3. 点击Browse（edge）选择.DataExampleFileAAL90Edge_AAL90_Binary.edge4. 点击Browse（volume）选择双样本t检验结果。点击OK：（4） Visualize option1Layoutpanel（如下图） Fig4.BrainNet选择 Fig5.不同选择产生不同结果2. Global panel Fig6全脑控制面板和各种全脑样本3. Surface panel Fig 7表面面板和双脑模型4. Node panel Fig8 节点控制面板5. Edge panel Fig.9边控制面板和边、节点表面的组合6. Volume panel Fig.10 三维控制面板和三维脑表面现象表示7. Image panel Fig.11 图像控制面板操作实例：（1）Brain Surface Fig.12大脑表面直接在Browse（Surface）中输入.DateSurTemplateBrainMesh_ICBM152.nv,其他默认设置，点OK。（2） Nodes在Browse（node）中输入.DateExampleFilesAAL90Node_ALL90.node在Node选项中Label选Above Threshold设置大小为1.94,；在color中选取Colormap，点OK。图像如下： Fig.13节点（3） Surface&Nodes1. Browse（Surface）加入.DateSurTemplateBrainMesh_ICBM152.nv。2. .Browse(Node)中加入.DataExampleFilesAAL90Node_AAL90.node。3. 在Node选项中Color选取中选取Modular选项，其他不变点OK，图像产生如下： Fig14.节点和表面（4） Nodes&Edges1. Browse(Node）中加入.DataExampleFilesAAL90Node_AAL90.node。2. Browse（edge）中加入.DataExampleFilesAAL90Edge_AAL90_Binary.edge。 在Node选项中选取Color的Modular；在Edge中选取Node module。图像如下： Fig15.节点和边（5） Surface mapping1点击Browse（Surface）加入.DateSurTemplateBrainMesh_ICBM152.nv,2. 1选择Browse（Voluse）加入mark_user_ReslicedResliced_FG.nill(此为双样本t检验产生的结果（55-56区）) Fig.16感兴趣区3. 在Global中的Object Material选择Shiny；在Surface中选取0.70，其他不变。 2.2选择Browse（Voluse）加入t-twospm_0001.img(此为注意和非注意实验下产生双样本检验的结果： Fig.17注意区2.3选择Browse（Voluse）加入ma