Diamond软件问题集锦.pdf

小木虫 Diamond 软件问题集锦 小木虫Diamond软件问题集锦 晶体版版主yanhualover 2010 年 6 月 13 日 第 1 页 共 13 页 小木虫 Diamond 软件问题集锦 1 Diamond出图时怎么设置出图时怎么设置dpi数目数目 我在使用Diamond出图时分辨率并不算小 可是编辑说我的图只有 96dpi 但杂志要求 至少 600dpi 请问我该怎么设置 答 在picture layout 对话框的Targets中选择Bitmap 然后就可以自己输入需要的分辨 率了 要保存为位图格式才可以 如果是JPG格式 还是 96dpi 答 呵呵 发现在 tools 下拉菜单的 option 里 2 Diamond椭球图阴影画图椭球图阴影画图 如图中所示 怎么画出每个椭球中的阴影部分 我用的是 3 1d版本 答 这个是在 diamond 中的 原子设置中 中选的 具体如下 picture atoms design style and colors style 中选择 octant 即可 3 怎样建立氢键怎样建立氢键 我这儿有一个 cif 文件 一个 tab 文件和两个已经用 diamond 作好的图 但不知道这两 个图是怎么画出来的 想知道作图过程 请 diamond 高手用 word 或 pdf 写出作图过程 第 2 页 共 13 页 小木虫 Diamond 软件问题集锦 答 没什么技术含量的吧 堆积一下 删掉多余的原子 创建氢键就好 4 怎样建立单个分子怎样建立单个分子 diamond 一打开 cif 就是堆积图 怎么才能显示一个分子 答 好像最新的更新包已经改过这个 bug 了 但是因为没有对应的破解程序 所以俺还 是用以前的 3 0 经常遇到这个问题 如果你的分子间没有作用 即 没有乱七八糟的 键连在一起 选中一个原子 然后 ctrol M 选中一个分子 然后 反选 即选中除该 分子之外的所有分子 然后一键 delete 就 ok 了 如果分子连成片 就删吧 对于非中心分子 即含反离子的分子结构要小心 不要把反离子漏掉了 当然 如果不 用画就没问题了 以上拙见 仅供参考 答 diamond 打开 cif 时选 建立单个分子 然后点完成 不要点下一步 5 请教请教diamond画画C60 遇到的问题遇到的问题 1 我这个 C60 在画多面体的时候 中间 inset 的 atom 的半径 在每个面上都要自己 一个一个去设定 radium 有没有同类原子半径一起设置的 里面没有找到 2 当我把中间的 dummy 原子 就是为了画多面体的时候新加入的 的半径设为 0 后 如果想改 C60 的每个面的颜色的画 这个怎么改的 3 最后问一下 我保存的图片中背景的 diamond demonstrator 如何去掉 另献上我第一幅 diamond 图 如下 答 1 可以在 atom 设置里找到假原子直接设置 2 以假原子为中心画多面体 3 你用的 应该是未破解版本 6 diamond中如何在螺旋链中插入一根棒中如何在螺旋链中插入一根棒 diamond 中如何在螺旋链中插入一根棒 以及如何看结构是单螺旋还是双螺旋结构 如 何画出单 双螺旋结构 答 插入几个哑原子 然后连键 进行一些设置就可以了 前段时间有人传了一些 Diamond 的说明 其中有一个文件就是详细说明这个棒怎么画的 找到了这个文件 感谢原作者 Crystalsnet 我把它上传到纳米盘 你自己下载下来看看 就知道怎么做了 答 在孔道两侧虚拟两个原子 然后在这两个原子间成建 设置一下键参数就可以了 答 具体说 选择两端的几个院子 再找这几个的中心位置 分别 insert atoms 再 连 接心连接 insert bond 在按你的意思 edit the bond 7 如何去掉如何去掉 M C M H 连接连接 打开一个晶体数据后 在 connectivity 中把 M C M H 去掉后 再点 complete fragments 第 3 页 共 13 页 小木虫 Diamond 软件问题集锦 后 这些 M C M H 又连上了 求助高手 答 点下 connect now 再确定试试 8 diamond里面如何定义元素化合价里面如何定义元素化合价 怎么样定义元素的化合价 然后使半径比例随之改变 默认设置好像都是原子半径 答 问题解决了 在 atomic parameter 里面 9 diamond画配位环境时到一定程度原子就长不出来了 是怎么回事画配位环境时到一定程度原子就长不出来了 是怎么回事 今天用 diamond 画配位环境时画到一定程度 配位环境没画完 原子就长不出来了 不 知是怎么回事 请高手指点 谢谢 答 试试在 Type of sphere 中把 Rmax 值设大一些 答 或者试试用小太阳符号 Fill coordination directly 10 修改修改 Diamond 的默认单胞数的默认单胞数 我不知道动了什么参数让 Diamond 的默认单胞数为 2 了 也就是说每次一打开就是两 个单胞里的不对称结构单元 在哪改回去吖 答 菜单栏的 picture guidance picture creation assistant destroy all atoms bonds 项 选勾 下一步 在 fill cell range with 项里选择需要的单胞数 按完成 OK 每次用 diamond 打开 cif 文件时 在引导项中注意选择单胞数 就可以控制显示的单胞数了 11 在在 diamond 里怎么让所有一定键长的原子连起来呢里怎么让所有一定键长的原子连起来呢 如题 我怎么选 connectivity 设上 DMAX 按 OK 不管用呢 答 我这么做也不管用 后来就在读入 cif 之后先不生成图 先在 connectivity 里设定要 的健长范围就可以了 答 那是没有设上 该了之后要再点一下需设原子才行 答 管用的 应该是你操作有问题 12 怎么取消透视图怎么取消透视图 我用的是 3 0 读完 cif 之后出现的直接是透视图 怎么取消啊 答 应该是用 Representation Settings 答 用 central projection 命令 13 绘制黄色和蓝色矩形绘制黄色和蓝色矩形 请高手帮忙看一下图中的黄色和蓝色矩形区域如何画 通过原子建立平面时 所得的矩 形太大 不知道如何调整到所要的大小 答 好像 Diamond 里没法加这样的矩形框 这个图好像中的矩形框应该是在其它软件中 加的 或者不是用 Diamond 绘制的 比如 可以在 Word 里加矩形框 然后设置透明度 或许可以 答 在 Diamond 里加平面是很大 因为平面是无限延伸的 像这种有限的平面实际是些 多面体 通过共面的点建立的 像拓扑图里经常出现一些表示两个面夹角的情况 就是 这么做出来的 你可以尝试一下 答 不错 用加多面体的方法 借助哑原子可以做的 第 4 页 共 13 页 小木虫 Diamond 软件问题集锦 14 Diamond 结构图寻求完美的颜色对比结构图寻求完美的颜色对比 见识一下各位高手所作的 MS 或 Diamond 做晶体的结构图 主要想参照一下颜色搭配 答 在 polyhedra designs 和 atom designs 里面改成你想要的颜色就行了呀 第 5 页 共 13 页 小木虫 Diamond 软件问题集锦 15 如何去掉如何去掉 Diamond 中画的图中画的图 Diamond 背景字样背景字样 求助Diamond 中画的图copy到word中总有Diamond 背景字样 如何去掉呀 答 你用的那个版本没有破解 16 溶剂水没加氢如何画氢键溶剂水没加氢如何画氢键 我最近想画个氢键堆积图 可是溶剂水没加氢 用 diamond 画时溶剂水和羧酸氧上的氢 键显示不出来 求助高手我应该怎么办啊 答 先加上氢了 或者你把所有的氢都删掉 直接把 O O 之间用虚线连起来就可以了 答 不加 H 直接连接 O O 键容易被审稿人质疑的 最好还是想办法加加 H 答 给溶剂水加氢 先要从残余峰里面找到和氧的距离比较合适的 然后再去固定住一 般就可以的 答 我都是参照文献的氢键数值 直接在 Diamond 里设定 D A 距离然后连接 实在想做的完美 可以在解析结构时 使用 envi X 2 找出原子 X 周围较为合理的 H 然后将其固定 后者先在 Diamond 里找出形成氢键 D A 的原子对 然后在解析结构时 在这两个原子之间加入 Dummy 并将 Dummy 定义为 H 然后对 H 进行固定 这样可能就 合适了 答 具体的情况很复杂 加 H 的技巧很多 实在一言难尽 17 diamond 中怎么画堆积图中怎么画堆积图 diamond 中怎么画堆积图啊 有机配体要怎么删除啊 答 啥样的堆积图 把原子半径改大一点不行吗 答 估计是你填充单胞不够 18 原子坐标原子坐标 图中的错误是怎么回事 怎样避免 谢谢 答 你那个弹出的错误提示正好把后面的挡住了 不能移开一点再贴上来吗 只能帮你 猜谜了 估计是原子坐标没给 因为其它地方不会提示这个错误的 答 他好像不是从文件读入的结构信息 而是自己手动输入的 一般绘图软件都可以手 动输入的 19 如想构造多面体如想构造多面体 请问如想构造多面体 中心原子有两个如 CeVO4 中心原子为 Ce 和 V 以配位原子为 第 6 页 共 13 页 小木虫 Diamond 软件问题集锦 O 来构造两套多面体用什么办法 答 先选中中心原子 然后在 object 里选 polyhedra 然后选 ligand 做边 如此重复 两次就能得到两个多面体 答 一般 XP 都是画配位环境图 基本上所有的图都能用 Diamond 做 答 CeVO4 多面体骨架图 20 怎样美化怎样美化 diamond 图图 实在没办法 自己对照着说明第一次画图 是 LiYF4 晶体 白钨矿型四方晶系 空间点群 C6 4h I4 1 a 晶胞参数 a 5 167 c 10 794 我自己画得不知道是什么 求哪位帮帮忙啊 第 7 页 共 13 页 小木虫 Diamond 软件问题集锦 答 原子比例不太合适 原子小些棍粗些会比较美观 还有坐标上的箭头最好去掉然后 把 abc 字体改大点 不然这样的图放到文章上字会看不清楚 画拓扑重在选择节点 看你选择什么作为结构单元 如果是选某种原子那很方便 在 diamond 菜单中改变这种原子之间的默认键长 如果选择的是两个原子的中心或者多个 原子的中心 那就需要在 shelx 程序中添加原子 cent x 命令 然后再在 diamond 中 改变默认键长 首先自己要了解清楚你的结构 然后选择合适的节点 有的时候从不同 角度理解结构 可能会选择不同的节点 答 画拓扑的话 做好用一下 olex 可以自动简化节点 21 diamond保存图片时可以设置分辨率吗保存图片时可以设置分辨率吗 用 diamond 画图 保存图片选择 tif 格式直接保存后 像素很低 感觉不清楚 diamond 里可以设置 像素 分辨率 再保存吗 答 当然可以 在 layout 里设置一下 600 最好 答 一般 300 就可以了 答 当然可以 在 layout 里设置一下 600 最好 这个好象是对 bmp 起作用 22 关于关于diamond中氢键粗线设置问题中氢键粗线设置问题 如题 在 diamond 中 由 build create h bond 产生的氢键为较细的虚线 如何把氢键设 置得粗一点 我试了一下 如果在 picture bond design 设置粗细 则氢键也会变成实线 与其他的化学键分不开 麻烦大家指导如何把氢键设粗又还是保持虚线的形式 答 首先进入 edit 选 edit bonds 然后选中你要设置的氢键类型 比如 键 选中 通过调节 可以调节键的粗细 然后在 里输入大于 的数字线就成虚线了 我一般选 你可以自己调节 答 你可以全选键然后加粗 点应用 不点确定 23 控制晶体的层状结构数目控制晶体的层状结构数目 Diamond 画单晶的结构图 把 CIF 文件导入后 用 grow 命令的话 晶体的层状结构会 一下长很多层 用什么命令才能实现我让它长两层就长两层 我想让它长三层就长三 层 答 用对称操作一个一个加 对称操作码在 platon 里面 答 structure fill cell range 里面可以控制大小 24 使用使用 diamond 生成氢键生成氢键 在使用 diamond 画图时 craete H bonds 总是不成功 没有氢键产生 实际上存在氢键 有哪位虫友也遇到过类似问题 帮小弟一把 答 你设置供体和受体之间的距离了吗 先设置好氢键的距离 答 必须有氢 否则无法 craete H bonds 25 Diamond里面如何选择一个分子里面如何选择一个分子 请问在 Diamond 里面有没有简单的方法直接选择一个分子 除了 destroy 的时候选中 分子中的一个原子就可以删除全部之外 就像 xp 里面的 uniq 命令那样 谢谢 答 右键有一个 select molecule 26 如何用如何用 diamond 画画 C H pai 和和 pai pai 堆积堆积 如何用 diamond 画 C H pai 和 pai pai 堆积 请多指教 答 用假原子 可以完成 答 用 picture 中的 bond designs 出现复选框 在 Atom groups 中选择对象 在 style and colors 中有一个 fragmetation 选项 在它的旁边有一个可供选择的小箭头 按向 上的箭头 选择你想要的虚线度 数字越大 虚线的长度越小 先选定原子 在 Diamond 一般是左下角 的 picture 工具栏里有一个图标 中间是个 第 8 页 共 13 页 小木虫 Diamond 软件问题集锦 棕黄色的小圆球 外面有一圈虚线 按一下那个图标试试看 应该可以 或者在 build 中的 fix spere 即可 或者 click built fill Rectangular Area 27 怎么插入假原子怎么插入假原子 请教 DIAMOND 里 怎么在两原子中心插入一个假原子 谢谢 答 选定两个原子 insert 就好啦 呵呵 28 如何看两个原子间的距离如何看两个原子间的距离 请问用 DIAMOND 画图时 如何看两个原子间的距离 期待高手指点 答 在 build 功能里 连及 INSERT bond 两个原子 右键点击即可察看 答 tool measure distance 然后在分别点击你所测的两个原子 将鼠标放到一 个原子上就会出现距离 29 怎样在怎样在diamond里测面与面之间的距离里测面与面之间的距离 想通过测面面之间的距离来说明 堆积 可是在 diamond 里面怎样测啊 答 Diamond 的帮助文件里都有详细说明 自己查一下 平行平面之间的距离实际上就 是点到面的距离 Diamond 可以非常方便的测出 用 Tools Measure Planes etc 命令 答 先选中一个平面中所需原子 Objects planes creat plane from atoms 同样 建立第二个平面 tools calculate distance from planes 30 Diamond里面原子符号的上标怎么弄里面原子符号的上标怎么弄 想标原子名称 而且有对称符号 如i ii iii之类的 请问在Diamond里面怎么把他们弄 成上标啊 谢谢 答 可 object text 然后打 i 加入后移动到某原子那 比如 Cd1i i 为上标 答 要标某原子 点到那原子 right click add label 答 画完图后在 photoshop 中处理就行 答 点右键 add atom label 点右键 edit atom label 中 content 的下拉菜单 找到 individual type 然后在下面 ndividual 对话中输入你要表达的内容 点 OK 就行 了 答 我一般在微软的画图工具中进行标记 31 如何用如何用diamond画纳米空心管画纳米空心管 最近看到了一篇关于纳米管的文献 很好奇里面的空心管是如何画出来的 我用diamond 画出了那种圆柱管 但不知道怎样把它弄成空心的 因此在这里请教一下高手了 答 可以参考 photoshop 画空心圆 第 9 页 共 13 页 小木虫 Diamond 软件问题集锦 用椭圆选择工具画圆 然后 描边 选择好描边的宽度 颜色 位置就可以了 其中 描边的位置有居内 居中 局外三种 我们把描边宽度设的宽点就可以清楚的看到这三 种位置有什么区别 但是描边的宽度大到一定像素 比如 就不圆了 这时候的方法是 新建图层上做 圆形选区 填充一个颜色 然后变换选区 删掉多余的 具体做法 Alt Delete 填充前景色 右键 变换选区 Shift Alt 鼠标拖动角 部控制块 以中心为固定点等比缩小合适大小 按下 Enter 键确定 按下 Delete 键删除移动后的选区内容 变换选区也可以通过按键 Alt s t Alt s 是键盘打开 选择 菜单的方式 是选 择菜单下的 变换选区 实现 如果使用快捷键 Ctrl T 这是 自由变换 快捷键 它是对被选中的对象进行变换 不针对选区自身 如果使用 Ctrl Alt T 则是对选中对象的复制并进行自由变换 这个当它出现和变 换选区一样的手柄框时 可以用鼠标拖动来看到是复制了一个出来了 而且是对复制的 对象进行变换 也不是对该选区进行变换 32 怎样去掉不合理的键怎样去掉不合理的键 有些键是不合理的键连 怎样才能去掉这些键 答 build connectivity 可以改吧 答 如果你要删除的是一类键 可以在右侧下拉框找到 table of bond group 上面会 有键的列表 找到你要删的一类键 右键 select by group 发现图片上所有的这类键 的会被选中 然后再图片上对准选中的其中一个键 右键选删除便可 答 在 buil connectivity 里 上面是键的类型 下面的框是键长 在上面把你不 想要的键的类型前面的框里的对勾去掉 下面的键长可以输入你认为合适的范围 33 怎样在怎样在grow的时候添加上非键的原子的时候添加上非键的原子 我在用diamond 的时候 在使用grow 的时候不知道为什么非键的原子未被增加 请问 这个问题怎么解决啊 答 grow 只会将已经存在的并且成键的原子向外延伸 非键的原子当然就不会增加了 如果要非键原子一同产生的话可以用 fill 功能 34 diamond画图如何只长几个分子画图如何只长几个分子 我用diamond画图 是多核的配合物 我想只长出几个分子 怎样可以实现呢 如果把 一个晶胞都填充了再删好像很麻烦啊 答 用 GET MOLECULES 命令就可以做到 答 你的如果不是多核应该很好画的 选中任意一个原子 按住 ctrl alt S 就可以长 出该原子附件的所有原子 叙述不大清楚 楼主试试就可以吧 答 选中一原子 build fixed spheres 设置数值 35 如何改变背景颜色如何改变背景颜色 背景色是黑色怎么变成白色啊 答 在 picture layout background 里 也可以刚进去软件时设置 36 用用diamond输出黑白图输出黑白图 因为投稿彩图收费的问题 所以我打算用黑白图画晶体 可是我只会画彩图 不知道怎 么弄成黑白的 请高手指点 不胜感激 答 这个问题很好解决 你将 Diamond 图片贴到 Word 里后 在设置对象格式里将图片 颜色设为灰度就可以了 答 你也可以在用 Diamond 绘图时就把它绘成灰白的 因为原子的颜色等在 Diamond 第 10 页 共 13 页 小木虫 Diamond 软件问题集锦 里是可以调整的 37 用用diamond计算计算MOF微孔微孔 得到一个MOF 但不知道怎么算孔有多大 答 孔隙率还是孔直径 孔隙率的话用 PLATON 算 孔直径的话就直接量距离再减范德 华半径 38 diamond的的legend问题问题 在diamond中如何把右下角legend中图中没有的原子隐藏起来 而只显示图中有的原子 答 这个没法隐藏的 不过你可以在 Structure Atomic Parameters 对话框里将你不需 要的原子删除 然后再绘图就可以了 还有一个办法就是做好图后在 Build Atom Groups 对话框中将你计划要隐藏的原子 Assign 给其它原子就可以了 答 可以隐藏 在编辑 legend 里面最下面的 Select 里 将需要隐藏的原子勾掉就可以 了 答 把鼠标放在 legend 上面 点右键 弹出对话框 在 display 前的筐子里的钩子去 掉即可 第 11 页 共 13 页 小木虫 Diamond 软件问题集锦 39 请问怎样在请问怎样在diamond里面看配位数里面看配位数 我的理解是这样的 把某目标原子的配位多面体做出来 查顶点个数就行了 但是在 diamond 里面 做配位多面体的自由度很大 我可以设定配位多面体顶点与目标原子的最 大距离 这样一来配位多面体就很主观了 我不知道这个问题怎么办 答 你应该现在 Build Connectivity 调整键长 然后再做多面体就可以了 答 这就要依据你的金属原子和配位原子之间的键长了 一般的金属 如主族金属 过 渡金属 稀土金属 与常见的配位原子 O 和 N 之间的键长都不超过 3 0 有的文章 即使报道超过 3 0 的也不称之为键长 而是叫做弱作用 这种弱作用也可以参与多面体 的形成 个人意见 仅供参考 40 Diamond 3 里面如何画示意箭头里面如何画示意箭头 Diamond 3 里面如何画示意箭头 答 我都是先画好图再在 PPT 里加的 答 画好后 转为 tif 文件后用画图软件添加 41 Diamond 中晶胞的白线如何去除中晶胞的白线如何去除 Diamond 中晶胞的白线如何去除 答 Build Destroy All Cell Edges 答 可以在快截菜单栏点那个 X 然后选择 cell edge 42 求助求助