用PhyML构建系统发育树.ppt

PhyML系统发育树构建 2012 11 28 PhyML简介 PhyML是采用最大似然法估计核苷酸或氨基酸序列系统发生分析的软件 PhyML3 0 newalgorithms methodsandutilities http www atgc montpellier fr phyml PhyML可以在线使用了 PhyML分析序列步骤 一 输入的序列格式要求二 PhyML中各项参数的设置及程序的运行三 结果解释 一 输入的序列格式要求 要求为phylip格式 扩展名为 phy 序列可通过软件ClusterX或网页直接生成 将fasta格式的文件直接拷贝到网页上 即能形成 网址为 http www ebi ac uk cgi bin readseq cgi 有两种序列展示方式 一种为交互式的 即interleaved 另一种为顺序式的 即sequential 如下图 一定要注意 因为后面的PhyML设置中 需要这一项参数设置 二 PhyML中各项参数的设置及程序的运行 有四大步 进行参数的设置 如下 其中InputData的格式要求见上一页 下面几步以张延明做的为参考 自己做时 先用jModelTest算出最佳替代模型 如GTR I 其它的参数设置见下 并做相应的调整 只是其中的alpha不知道是怎么得来的 jModelTest中 相应的GTR I中没有alpha值 对于其中的各参数的设置意义 见说明书 数据输入 进入Menu InputData界面 此选项为序列信息 包括DNA或蛋白序列以有序列为交互或连续 不用设置 输入 进入下一个menu 进入Menu Substitutionmodel界面 这一步设置进化模型 phyML3 0可直接提供数种模型 每一个模型均代表一种碱基替代类型 除GTR外 其它模型均可设置其中的具体参数 同时还可以自已订置替代模型 其中自己订置替代模型一般为通过modeltest3 7获得的最佳模型 Ts tvratio fixed estimated 只在K80 HKY85orTN93models中选择才有意义 Proportionofinvariablesites fixed estimated 默认为0 Thegammashapeparametercanbefixedbytheuserorestimatedviamaximum likelihood 根据modeltest3 7软件选择出的最佳模型 需要自己定制进化模型 键入M多次将选项改为custom Custom详细设置说明 这个选项为是否优化各碱基的比率 可以选是也可选否 影响不大 这个选项为自己设置或让程序自己估计碱基的比率 一般可以自己根据modeltest3 7获得的最佳模型修改 以下为自己设置的方法及结果 先键入E 然后根据AIC标准选择模型提供的碱基比例依次键入 四个碱基比例键入后 E选项变为userdefined 键入K 设置进化模型 为自己定制的模型起名字 根据modeltest结果依次键入碱基替代模型 自定义碱基替代模型成功 这一步设置可变位点的比例 这一步设置碱基替代的类别数 默认为4 最佳一般为6 这一步为设置是否优化替代参数 自己订置一定要选为no 否则最终替代参数会与设置的有差异 根据modeltest3 7获得的最佳模型中的数据修改 Substitutionmodel最终设置好示意图 进入Menu TreeSearching界面 是否优化树的结构 选Yes 起始树的类型 有三种 选默认 最优树的寻找方法的设置 有三种 NNI 最省时 SPR 最费时 但最能反应种的关系 BEST 上面两者的平衡 这个设置我们选SPR S选项设置为SPR后出现R选项 更改为Yes 进入Menu BranchSupport界面 对构建的系统发育树进行统计分析 也相当重要 A 表示用本软件自已的3个方法对结果进行统计分析 速度较快 但应用不广 不推荐用 B bootstrap分析 应用最广 相当费时 但可以接受 一般设置为100次 Menu BranchSupport选项设置完成 设置好后 输入Y 开始构建系统发育树 系统发育树构建完成后文件夹内会多出以下文件 用TreeView软件打开trees文件查看系统发育树 我自己的运行结果