聚类分析图解.docx_第1页
聚类分析图解.docx_第2页
聚类分析图解.docx_第3页
聚类分析图解.docx_第4页
免费预览已结束，剩余1页可下载查看

下载本文档

版权说明：本文档由用户提供并上传，收益归属内容提供方，若内容存在侵权，请进行举报或认领

文档简介

聚类分析服务 修改时间2010-6-16 13:50:40 点击2126次 目前，我们根据您的需要提供以下聚类分析服务：1.非监督层次聚类目的：用挑选的差异基因的表达情况来计算样品直接的相关性。一般来说，同一类样品能通过聚类出现在同一个簇（cluster）中，聚在同一个簇的基因可能具有类似的生物学功能。 要求：至少提供3组数据进行聚类分析。 备注：双通道芯片产生的数据是Cy3通道和Cy5通道的荧光信号比值，即ratio值，Cy3通道信号和Cy5通道信号在常规实验设计中不能独立分开作为两组单通道信号值进行数据分析，因此，类似：肿瘤1vs癌旁1，肿瘤2vs癌旁2，肿瘤3vs癌旁3，这样的三次生物学重复双通道实验设计无法进行有意义的聚类分析。 单因素聚类图，聚类图下方的红绿色阶表示基因表达量的从高（红色）到低（绿色）变化2.自组织映射聚类SOM目的：按照一个固定的顺序对若干个样品进行SOM聚类分析，寻找在四个组织内表达模式类似的基因群。 要求：具有序列实验设计样品的实验数据。 备注：双通道芯片产生的数据是Cy3通道和Cy5通道的荧光信号比值，ratio值，Cy3通道 信号和Cy5通道信号在常规实验设计中不能独立分开作为两组单通道信号值进行数据分析。 自组织映射聚类SOM结果图。每个趋势用蓝色的折线表示。每个趋势可以通过一个六边形同另外一个趋势连接。六边形的灰度表示相关性系数（correlation）的大小，白色：correlation=1，黑色：correlation=0，灰度表示不同的相关性系数。通过连接相邻两个趋势的六边形的灰度可以了解它们之间的相关性系数。自组织聚类SOM趋势图，每个小图表示一种表达趋势，折线代表这类表达模式的主趋势3.样本主成分分析（PCA）目的：考察样品的分布情况，验证实验设计的合理性，生物学重复样品的均一性。 要求：至少2组数据。 备注：双通道芯片产生的数据是Cy3通道和Cy5通道的荧光信号比值，ratio值，Cy3通道信号和Cy5通道信号在常规实验设计中不能独立分开作为两组单通道信号值进行数据分析。 样品主成份分析的结果。从该图中我们可以看到，处理组（红色）和对照组（蓝色）分布在三维空间的不同区域。说明处理组和对照组在整体上存在差异，但是生物学重复的相关性不高，同色小球在空间分布较分散。4.样本相关性（correlation）目的：检测各个样品间的相关性，验证生物学重复之间的均一性。要求：设有生物学重复实验的样品组数据。 样本相关性分布图。图形是一个由纵横两列相同顺序的样品构成的矩阵，生物学重复样品在纵列用同颜色（蓝，灰，粉，红，棕，绿）表示。右侧的黑-蓝渐变色阶表示了相关性的高低0.7-1.0，从图中可以看到，处于同一个生物学重复组内的样
人人文库> 全部分类> 专业文献 > 建筑水利

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明，都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等，如果需要附件，请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸，网页内容里面会有图纸预览，若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑，并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容，请与我们联系，我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论