超螺旋L=T+W.doc

2.3.1 超螺旋(superhelix or supercoil)的发现1965年Vinograd等用电镜发现SV40和多瘤病毒的环形DNA的超螺旋。绝大多数原核生物DNA都是共价封闭环(covalently closed circle, CCC)分子， 双螺旋环状分子螺旋化成为超螺旋结构。超螺旋是双螺旋DNA进一步扭曲盘绕形成的高级结构。有些单链环形染色体(如x174)或双链线形染色体(如噬菌体l)，在其生活周期的某一阶段，染色体也变为超螺旋结构。真核生物的染色体多为线形分子，但DNA均与蛋白质相结合，同样具有超螺旋形式。2.3.2 超螺旋的形成DNA双螺旋结构中，一般每转一圈有10个核苷酸对，平时双螺旋总处于能量最低状态。若正常DNA双螺旋额外地多转或少转几圈，使每一圈的核苷酸数目大于或小于10，就会出现双螺旋空间结构的改变，在DNA分子中产生额外张力。若此时双螺旋的末端是固定的或是环状分子，双链不能自由转动，额外的张力不能释放，导致DNA分子内部原子空位置的重排，造成扭曲，出现超螺旋。超螺旋是有方向的。绳子的两股以右旋方向缠绕，如果在一端使绳子向缠紧的方向旋转，再将绳子两端连接起来，会产生一个左旋的超螺旋，以解除外加的旋转造成的胁变，这样的超螺旋叫正超螺旋。如果在绳子一端向松缠方向旋转，再将绳子两端连接起来，会产生一个右旋的超螺旋，以解除外加的旋转所造成的胁变，这样的超螺旋称负超螺旋。负超螺旋：形成超螺旋时，旋转方向与DNA双螺旋方向相反，旋转结果使DNA分子内部张力减小，称为松旋效应。在自然条件下共价封闭环状DNA呈负超螺旋结构。正超螺旋：与负超螺旋相反，形成超螺旋时的旋转方向与DNA双螺旋方向相同，结果加大了DNA分子内部张力，有紧旋效应。White在1969年建立了White方程来对超螺旋进行定量描叙，说明环绕数和超螺旋的关系。L=T+WL（linking number）：链环数或称拓扑环绕数，指DNA中一条链绕另一条链的总次数。L是整数，在不发生链断裂时其值为常数，右手螺旋对L取正值。T（twisting number）：缠绕数，即双螺旋的圈数。 T为变量，可以是非整数，右手螺旋时T为正值。W（writhing number）：扭曲数，即超数旋数。W为变量，可以是非整数，右手螺旋时，W取负值。DNA的超螺旋密度 =（L-L0）/L0L0是指松驰环形DNA的L值天然DNA的超螺旋密度一般为-0.03-0.09，平均每100个螺旋出现3-9个负超螺旋。天然的DNA都呈负超螺旋，但体外可得到正超螺旋。由于双链DNA是动态变化的，其负超螺旋的链环数也会有所波动。负超螺旋会部分地转变为单链泡状结构，这种单链泡状结构也是解除松缠作用造成的胁变的一种途径。当然蛋白质会与这些单链泡状结构结合参与复制活转录。这也许就是为什么在生物内DNA总是采取负超螺旋形式的主要原因。溴化乙锭（ethidium bromide）能与DNA紧密结合，使DNA的密度降低。它插入DNA分子碱基对之间，引起DNA分子松旋，随着EB量的增加，负超螺旋DNA就转变为松弛态；EB的进一步增加，DNA就转变为正超螺旋。超螺旋使环状DNA分子变得更致密，在超速离心和在凝胶电泳中的迁移速度都增加。琼脂糖凝胶电泳可将超螺旋仅差一圈的DNA分离开。真核生物中，DNA与组蛋白八聚体形成核小体结构时，存在着负超螺旋。DNA超螺旋是由DNA拓扑异构酶产生的。不同类型DNA的高级结构及性质坍缩DNA(collapsed DNA)：当闭合环超螺旋变成闭合环松弛形DNA时，经碱变性或热变性使其氢键断裂，但两条链无法分离，结果生成两条链紧密缠结的分子。坍缩DNA具有很高的沉降常数，相对沉降常数约3.0。单链环状DNA：相对沉降常数大约为1.14。线性单链DNA：相对沉降常数为1.30。环连DNA (catenated DNA)：在DNA复制过程中的产物或由拓扑异构酶催化生成，由两个以上环形DNA分子环连而成。闭合环超螺旋DNA对于温度和碱性pH有较强的抵抗力，不容易发生变性。这样，可以寻找一个临界条件，使闭合环松弛形和开环松弛形DNA发生变性而闭合环超螺旋DNA不变性或很少变性。很多分离或鉴定闭合环超螺旋形DNA的方法都是依据其特性而设计的。2.3.3 超螺旋的意义超螺旋形式是DNA分子复制和转录的需要；生物体内DNA结构是处于动态之中。超螺旋的引入就提高了DNA的能量水平，而超螺旋程度的改变介导了DNA结构的变化。即超螺旋多余的能量可能使DNA双股链分开，或局部熔解。这种结构上的变化对DNA分子复制和