7-分子结构？？？？.doc

unit_structure这节示范的是分子的结构，这里我们以 H2O、H2、CO 做例子先开启一个新的 Project，取名为 structure在 3D model 窗口中画一个氧原子然后上去点箭头，这个快捷图示再来按下 Adjuest Hydrogen 这个图示，这会帮我们自动加氢键。这样便建好了 H2O 分子然后 Build Crystal 接下来选取 H2O 分子，并按住 Crtl + 中键，将 H2O 分子移到 Crystal 中央然后此时因为空间对称性的关系，在 Crystal 外，还会看到一个 H2O，这时只要 Rebuild Crystal 就可以了。接下来我们可以先看未进行能量计算的键长，这里显示的是 Materials Studio 数据库中的数据接下来看键角在进行计算前，要记得先将晶胞固定边长和角度，选择最上方的 Modify - Constrains 然后将以下几项勾选起来这里介绍另一种同等的方式，我们也可以在 CASTEP 计算套件中，选择 Geometry Optimization 然后再进入 More 选单下方可以看见一个 Optimize cell 的选项，这选项要是勾起来，表示晶胞是会动的，所以若将这选项去掉，就等同于固定住晶胞 接着就可以计算 CASTEP 了，这里我们要注意的是，由于是分子所以我们在选择 k-point 的数目时，要选择 Gamma 点计算接着便可以 RUN 了这是计算完能量之后的键长键角，可以发现和数据库的数据相同再来我们做一个 CO 分子，一样我们先画一个碳原子，然后再换一个氧原子在 3D model 窗口中，先点最先画的碳原子，然后就可以向外拉出一个氧原子，这时碳氧原子的键长也是由数据库决定然后就像之前的方式，便可以完成一个 CO 原子的计算，算完之后接着做 Election density 的分析然后再加载 potential 进来接下来让进入 Display Style 中的 Isosurface 选项，在 Mapped field 的选项中，选择 CASTEP SCF local potential 在这里 Election density 的范围，就是 CO 分子的实体大小，而做 potantial 的贴图，便可以看到 CO 分子的极性。下图中，为了将元素符号显现出来，有稍微提高了透明度。接着做 Orbitals 的分析，分别画出 CO 分子各个轨域，选择想要画的轨域并画出来，这里我们选择第3个轨域 (轨域) 和第四个轨域 (轨域)，以及未占据态的反键 轨域。画完第一个之后，先将 Volumetric Selection 窗口中的 Isosurface 先关闭，在继续画下一个。轨域 (bonding orbital)轨域 (bonding orbital)反键 轨域 (anti-bonding orbital)现在再做一个 H2 分子，并做能量计算之后再分析 Orbitals选择第一个轨域画出来这个轨域就是 bonding 然后将 Isosurfac