miRN目标位点预测工具介绍.ppt

miRNA目标位点预测工具介绍 徐辉 用于预测miRNA目标位点的工具TargetScanmiRandaPicTarMicrocosmmicroT ANNmiRDBMirgen 一 TargetScan介绍 2种运行模式 本地运行1 程序用Perl语言编写2 程序和相关数据下载地址 http www targetscan org cgi bin targetscan data download cgi db vert 50网页接口http www targetscan org TargetScan本地运行版本介绍 1 需要2个输入文件1 包含了miRNAseedsequences的tab delimited文件该文件包含了3列数据 NameofthemiRNAfamilyThe7nucleotidelongseedregionsequenceSpeciesIDofthismiRNAfamily 例子 let 7 98GAGGUAG10090let 7 98GAGGUAG10116let 7 98GAGGUAG9031let 7 98GAGGUAG9606let 7 98GAGGUAG9615 2 包含了所需基因3 UTRs多重比对结果的tab delimited文件该文件包含了3列数据 GenesymbolortranscriptIDSpecies taxonomyIDSequence 例子 CDC2L610090CCCACUCCCU CU CDC2L69615CCG CCACGG LPHN110090GGGGC CUCAUGGACCCGA ZNF1979606A AGACACCACGAGAAACAG 2 运行命令行targetscan 50 plmiR Family info sample txtUTR Sequences sample txtTargetScan 50 output txt 3 输出文件包含以下13列数据 GeneID miRNA family ID species ID MSA start MSA end UTR start UTR end Group ID Site type miRNAinthisspecies Group type Species in this group Species in this group with this site type实例如下 TargetScan网页接口界面 TargetScan网页接口运行结果 在UCSC上显示TargetScan运行结果 二 miRandaTargetDetection介绍 2种运行模式 本地运行1 运行在linux环境下2 程序和相关数据下载地址 http www microrna org microrna getDownloads do网页接口http www microrna org microrna getGeneForm do miRandaTargetDetection本地运行版本介绍 1 需要2个输入文件包含了miRNA序列的fasta文件包含了目标基因3 UTR序列的fasta文件 2 运行miRandamirandafile1file2 options 常用参数 scscore enenergy goX geY outfileout quiet trimT miRandaTargetDetection本地运行结果实例 miRandaTargetDetection网页接口界面 miRNAsearch TargetmRNAsearch miRandaTargetDetection查询结果界面 miRandaTargetDetection结果详情界面 三 PicTar介绍http pictar mdc berlin de PicTar用户界面一 PicTar搜索结果界面一 PicTar搜索结果界面二 PicTar用户界面二 PicTar搜索结果界面三 PicTar结果在UCSC上的数据展示 从UCSC批量下载PicTar结果 四 Microcosm http www ebi ac uk enright srv microcosm htdocs targets v5 MicrocosmSearch界面 MicrocosmEnter界面 MicrocosmDownload界面 五 microT ANN http diana cslab ece ntua gr microT v4 index php microT ANN结果界面 TarBase miRNA目标基因的可靠数据库 数据有实验支持 http diana cslab ece ntua gr tarbase 六 miRDB http mirdb org miRDB miRDB结果界