用Polyphen2和SIFT进行突变预测

用Polyphen2和SIFT进行突变 SNP功能预测 三个网址 Polyphen2 http genetics bwh harvard edu pph2 SIFT http sift jcvi org 以上两个在线应用的软件 主要对SNP以及点突变进行功能预测 但预测限于错义突变 其他无义突变 突变为终止密码 碱基缺失 插入所造成的框移突变 以及起始密码子的突变均不可以预测 Uniportdatabase 数据准备 两个网站均为在线提交数据 提交的数据文件格式可有以下两种 第一种为蛋白质的氨基酸序列 按照FASTA格式编写第二种为蛋白质在Uniportdatabase中的ID 获取蛋白质序列或ID 可以在NCBI中查找 也可以直接在Uniportdatabase中查找 此处填写蛋白质名称 查询结果 仔细核对以上数据 ID就是所在polyphen2中需要号码 以humanDAX 1为例 ID为P51843 ID 蛋白质名称 种属 点击所需要的蛋白质ID链接 在出现的页面中可以详细查看DAX 1的信息 再次核对是否正确 注意右上角的几列标签 如图 点击 获取FASTA格式数据 此数据可能会被下载 下载后可以用记事本程序打开 或者有时会在浏览器中直接打开 可以将其中数据全部复制备用 下方即是打开的FASTA数据 最上面是蛋白质的信息 含ID 名称 种属 下方是氨基酸序列 sp P51843 NR0B1 HUMANNuclearreceptorsubfamily0groupBmember1OS HomosapiensGN NR0B1PE 1SV 2MAGENHQWQGSILYNMLMSAKQTRAAPEAPETRLVDQCWGCSCGDEPGVGREGLLGGRNVALLYRCCFCGKDHPRQGSILYSMLTSAKQTYAAPKAPEATLGPCWGCSCGSDPGVGRAGLPGGRPVALLYRCCFCGEDHPRQGSILYSLLTSSKQTHVAPAAPEARPGGAWWDRSYFAQRPGGKEALPGGRATALLYRCCFCGEDHPQQGSTLYCVPTSTNQAQAAPEERPRAPWWDTSSGALRPVALKSPQVVCEAASAGLLKTLRFVKYLPCFQVLPLDQQLVLVRNCWASLLMLELAQDRLQFETVEVSEPSMLQKILTTRRRETGGNEPLPVPTLQHHLAPPAEARKVPSASQVQAIKCFLSKCWSLNISTKEYAYLKGTVLFNPDVPGLQCVKYIQGLQWGTQQILSEHTRMTHQGPHDRFIELNSTLFLLRFINANVIAELFFRPIIGTVSMDDMMLEMLCTKI 成都家教 成都家教网 Polyphen2应用 进入网站 http genetics bwh harvard edu pph2 在这里以我们以前发现的DAX 1L262P这个突变举例 在红框出填入已经查到的ID 下方FASTA数据可以不用输 绿框中输入突变氨基酸位置 在AA1中选择L AA2中选择突变后的P 最后点Submit 运行画面 每隔5 10秒点refresh刷新页面 直至Results中出现View 然后点击View 结果 一般突变预测看第二条图HumVar的结果 分数越接近1 0 损害可能越大 越接近0 损害可能性越小 结果分为benign possiblydamaging以及probablydamaging注 possibly为有可能 probably为很可能 成都家教 成都家教网 练习 小常所发现的SF 1基因一处SNP G146A 请用Polyphen2进行预测 蛋白质功能是否受到影响 最后结果 SIFT 进入网站 http sift jcvi org 在singleproteintools中找到SIFTsequence 点击打开进入数据提交新页面 填入自己email SIFT运算时间在20min左右 你可以等 也可以让他把邮件发送过来 蛋白质FASTA数据 将下载好的蛋白质Fasta数据上传即可 或者将用记事本或浏览器打开的Fasta数据copy至此数据框中 蛋白质序列可以截选 但必须有第一行的蛋白质信息数据 此处填蛋白质突变或SNP位点信息 如S578N L262P G146A等 成都家教 成都家教网 SIFT预测ARS578N功能变化 在Uniport中搜索AndrogenReceptor 下载FASTA数据 如下图为浏览器打开后的结果 sp P10275 ANDR HUMANAndrogenreceptorOS HomosapiensGN ARPE 1SV 2MEVQLGLGRVYPRPPSKTYRGAFQNLFQSVREVIQNPGPRHPEAASAAPPGASLLLLQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQETSPRQQQQQQGEDGSPQAHRRGPTGYLVLDEEQQPSQPQSALECHPERGCVPEPGAAVAASKGLPQQLPAPPDEDDSAAPSTLSLLGPTFPGLSSCSADLKDILSEASTMQLLQQQQQEAVSEGSSSGRAREASGAPTSSKDNYLGGTSTISDNAKELCKAVSVSMGLGVEALEHLSPGEQLRGDCMYAPLLGVPPAVRPTPCAPLAECKGSLLDDSAGKSTEDTAEYSPFKGGYTKGLEGESLGCSGSAAAGSSGTLELPSTLSLYKSGALDEAAAYQSRDYYNFPLALAGPPPPPPPPHPHARIKLENPLDYGSAWAAAAAQCRYGDLASLHGAGAAGPGSGSPSAAASSSWHTLFTAEEGQLYGPCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGEAGAVAPYGYTRPPQGLAGQESDFTAPDVWYPGGMVSRVPYPSPTCVKSEMGPWMDSYSGPYGDMRLETARDHVLPIDYYFPPQKTCLICGDEASGCHYGALTCGSCKVFFKRAAEGKQKYLCASRNDCTIDKFRRKNCPSCRLRKCYEAGMTLGARKLKKLGNLKLQEEGEASSTTSPTEETTQKLTVSHIEGYECQPIFLNVLEAIEPGVVCAGHDNNQPDSFAALLSSLNELGERQLVHVVKWAKALPGFRNLHVDDQMAVIQYSWMGLMVFAMGWRSFTNVNSRMLYFAPDLVFNEYRMHKSRMYSQCVRMRHLSQEFGWLQITPQEFLCMKALLLFSIIPVDGLKNQKFFDELRMNYIKELDRIIACKRKNPTSCSRRFYQLTKLLDSVQPIARELHQFTFDLLIKSHMVSVDFPEMMAEIISVQVPKILSGKVKPIYFHTQ 此为第一行蛋白质信息 如果采用copy至数据输入框 而不是采用文件上传方法 红框中数据必须黏贴进输入框 而后面的蛋白质序列只需黏贴需要部分 注意 一般来说用文件上传方法比较简单 但SIFT对氨基酸序列有要求 大于500的氨基酸序列不能分析 故像AR这种有919个AA的就不能采用直接上传模式 而要将氨基酸序列裁剪过后按Fasta格式黏贴至数据框中 成都家教 成都家教网 sp P10275 ANDR HUMANAndrogenreceptorOS HomosapiensGN ARPE 1SV 2MEVQLGLGRVYPRPPSKTYRGAFQNLFQSVREVIQNPGPRHPEAASAAPPGASLLLLQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQETSPRQQQQQQGEDGSPQAHRRGPTGYLVLDEEQQPSQPQSALECHPERGCVPEPGAAVAASKGLPQQLPAPPDEDDSAAPSTLSLLGPTFPGLSSCSADLKDILSEASTMQLLQQQQQEAVSEGSSSGRAREASGAPTSSKDNYLGGTSTISDNAKELCKAVSVSMGLGVEALEHLSPGEQLRGDCMYAPLLGVPPAVRPTPCAPLAECKGSLLDDSAGKSTEDTAEYSPFKGGYTKGLEGESLGCSGSAAAGSSGTLELPSTLSLYKSGALDEAAAYQSRDYYNFPLALAGPPPPPPPPHPHARIKLENPLDYGSAWAAAAAQCRYGDLASLHGAGAAGPGSGSPSAAASSSWHTLFTAEEGQLYGPCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGEAGAVAPYGYTRPPQGLAGQESDFTAPDVWYPGGMVSRVPYPSPTCVKSEMGPWMDSYSGPYGDMRLETARDHVLPIDYYFPPQKTCLICGDEASGCHYGALTCGSCKVFFKRAAEGKQKYLCASRNDCTIDKFRRKNCPSCRLRKCYEAGMTLGARKLKKLGNLKLQEEGEASSTTSPTEETTQKLTVSHIEGYECQPIFLNVLEAIEPGVVCAGHDNNQPDSFAALLSSLNELGERQLVHVVKWAKALPGFRNLHVDDQMAVIQYSWMGLMVFAMGWRSFTNVNSRMLYFAPDLVFNEYRMHKSRMYSQCVRMRHLSQEFGWLQITPQEFLCMKALLLFSIIPVDGLKNQKFFDELRMNYIKELDRIIACKRKNPTSCSRRFYQLTKLLDSVQPIARELHQFTFDLLIKSHMVSVDFPEMMAEIISVQVPKILSGKVKPIYFHTQ 我们需要先编辑FASTA数据 在记事本中打开 首先找到第578位的S 红色标出 因为SIFT最佳预测大小为300 400左右的氨基酸序列 那么我们将之前的400个氨基酸删除 蓝色部分 那么我们的突变位点就从S578N变为S178N 最后将末尾的139个氨基酸也一并删除 咖啡色 保留中间389个氨基酸 加上第一行的蛋白质信息 这就是我们需要提交的数据 成都家教 成都家教网 将刚才编辑好的数据填入这个框中 之前介绍过这个数据输入框 此框中填入突变信息S178N 页面中其他选项保持默认就可以 一般不需要更改 最后提交就可以 成都家教 成都家教网 OK 现在大家可以泡杯咖啡或茶 聊聊天 过个5 10分钟就可以出结果 一般不超过20分钟 如果出错 会有错误信息提示给你 如果你填好了邮箱 也可以不必等 过一会收邮件就可以 结果会有一堆英文 看了头痛 直接找到ScaledProbabilitiesforEntireProtein和Predictionsofsubstitutionsentered两处链接 分别点击进去 ScaledProbabilitiesforEntireProtein给出了所提交氨基酸每个位点发生突变后的计算分数 只要分数小于0 05就认为可能影响到蛋白质功能而Predictionsofsub