R第一章R语言的下载及安装.ppt

R语言 课程简介 R是一个有着统计分析功能及强大作图功能的软件系统 是由奥克兰大学统计学系的Ross和Robert共同创立 R是主要用于统计分析 绘图的语言 通过对R语言的学习 将有助于未来的生物信息领域的学习 注意 R语言适合统计分析 不适合做文本分析 太慢 R语言与生物信息学 生物信息学 运用计算机技术和信息技术开发新的算法和统计方法 对生物实验数据进行分析 确定数据所含的生物学意义 并开发新的数据分析工具以实现对各种信息的获取和管理的学科 目前R语言是生物信息学常用的统计分析与绘图软件 课程特点与考核 特点 应用性较强理论 R语言的基本命令授课方式 理论讲解 实例分析及操作课堂纪律 认真听讲 积极讨论 动手操作 参考教材 书籍R的官方网页拥有大量英文学习资源 百度上也拥有大量资源 课程内容 第一章 R语言的下载及安装第二章 R语言的向量操作第三章 R语言的数值计算第四章 R语言的绘图第五章 R语言的基本统计学分析 第一章 R语言的安装及调用 1 1R语言的下载及安装 1 2R语言的界面介绍 1 3R语言的简单操作 1 1R语言的下载及安装 首先R语言是免费的 下载地址为https www r project org R语言界面 R语言命令提示符 在后面直接输入命令 R界面虽然支持中文 但是不建议使用中文 因为R语言为英语开发 所以不会太支持中文 示例 下表为某中学6个同学的体重 请计算其体重均值直接输入命令行 x1ave mean x1 结果 1 45 83333 注意 R的一切操作符都必须为英文格式 在中文格式下输入会出错 如果该变量大家不想用了 想删掉 那么可以输入rm x1 程序说明 为注释符号 一切 后面的命令均不执行 其作用是为了增强程序的可读性 方便反复使用时观看 为赋值符号 相当于 R语言中常用 而不是 c 为连接函数 其内部数据表示向量 x1 c 表示用一组数据为变量赋值 mean表示均值函数 简单绘图 x1 c 20 30 40 50 21 32 54 11 22 45 x2 c 10 15 23 45 67 42 32 12 34 21 plot x1 x2 hist x1 菜单栏介绍 1 新建R脚本文件 1 可用于输入R代码2 直接执行代码2 打开R脚本文件 1 打开后缀为 R的文件3 显示文件内容 1 显示文件的内容 但是不可以进行编辑 4 加载 保存 工作空间 RData格式文件 可以保存自己电脑正在运行中的环境 数据 代码 参数 5 改变工作目录 为参数 图片 文件等默认保存地址 修改方式 1 直接通过菜单栏进行修改 2 setwd D space 或者setwd D space 获取工作目录方式 getwd R包的安装 R包是R语言的功能之根本 我们常用的函数均源于基础R包 而且R包还可以自行编写 功能强大 如果自己做出一个功能十分强大 而且适用范围广泛的R包 还可以发文章 供大家使用 安装方法 1 命令行 install packages R包名字 R包识别大小写 切勿写错 2 使用快捷菜单安装 程序包 安装程序包 选择镜像 随便选 只是下载站点 选择安装的R包 3 从网站下载R包 程序包 从本地zip文件安装程序包 如果没有找到R包怎么办呢 这可能是由于R包不存在于默认包库中 默认库为CRAN 所以我们可以将库设置为BioCsoftware 设置位置在程序包菜单栏下面 Windows下升级R 但不想重装packages 在其他目录下安装R 再将旧版本保留的library目录下的文件拷贝至新版本library目录下 然后update packages 或卸载R 把R装到旧的目录下 然后update packages 包的调用 通常情况下 R包在安装完以后不能直接调用其函数 需要使用命令library 包名 进行调用 然后在使用其中的命令 示例 library mgcv y c rep 1 10 rep 0 20 rep 1 40 rep 0 10 rep 1 40 rep 0 40 x 1 160b glm y x family binomial par mfrow c 2 2 qq gam b qq gam b rep 50 level 1 R函数帮助 help qq gam help qq gam qq gam输入以上任意一条命令均可以出现对该函数的介绍 其中有示例 我们可以通过示例进行简单的函数操作 如何知道目前加载了哪些包 search 如何知道目前安装了哪些包 packages all available TRUE 课堂练习 1 下载R3 2 2以及2 15 3并且安装2 建立R脚本文件 将代码x1 c 50 49 45 40 45 46 ave mean x1 写入文本 并保存成exam1 R并运行 3 尝试修改工作目录到D盘 4 加载foreign包 5 通过镜像下载RODBC包 使用命令行下载survival包 查