《ubMed使用方法》PPT课件.ppt

PubMed使用方法 内容纲要 一 PubMed及NCBI相关数据库简介二 PubMed数据范围三 PubMed主页的结构四 PubMed检索方法以及检索结果的处理五 PubMedCentral PubMed及相关数据库介绍 NCBI NationalCenterforBiotechnologyInformation 美国国立生物技术信息中心 NCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一 其成立的原因是为已故的参议院议员ClaudePepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性 因此 在1988年11月4日成立NCBI NCBI是NationalInstitutesofHealth NIH 底下的NationalLibraryofMedicine NLM 的部门之一 由于NLM具有建立与维护生物医学数据库经验 且因它是NIH的单位 因此可执行计算分子生物计划 NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位 NCBI成立的主要任务为 提供生物医学的分析与计算工具 协助研究人员了解生物的语言 DNA在健康与疾病中所扮演的角色发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程 包括建立储存与分析分子生物 生化与遗传学知识的自动系统 促进研究与医学社群使用数据库与软件 协调生物技术信息的传递与管理 执行以计算机为基础的进阶信息分析过程 用以分析生物重要分子的结构与功能 NCBI的组织架构NCBI主要分为三个部门 分别为 ComputationalBiologyBranch CBB InformationEngineeringBranch IEB 与InformationResourcesBranch IRB 各部门分别具有不同的任务 NCBI的组织架构 ComputationalBiologyBranch CBB 处理运算 数学及分子生物 生物与遗传学理论问题的基础与应用研究 包括基因体分析 序列比对 序列搜寻方法 巨分子结构 动力学与交互作用 结构 功能预测等 建立NIH实验室 政府机构 学术单位与产业界之生物学家 化学家 数学家与计算机科学家间的计算分子生物合作研究计划 提供研究分子生物分析工具的咨询与建议 与分子生物社群互动 利用计算与理论方法提高实验研究质量 NCBI的组织架构 InformationEngineeringBranch IEB 进行数据表现与分析的应用研究 包括在分子生物 遗传学与生物化学的计算机储存 管理与检索系统 设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书 包括核酸 蛋白质与结构信息 设计与发展分布式软件系统 提供研究人员本机与远程的计算服务 协调公开序列 遗传 结构 目录信息 建立管理与整合数据库或连结至外部数据库 建立NIH内部与外部学术单位的信息学合作研究计划 提供软件与数据库设计咨询与建议 发展与提倡数据库 数据交换与生物命名的标准 NCBI的组织架构 InformationResourcesBranch IRB 计划 监督与管理NCBI的计算机技术操作 包含用来研究 发展与存取公开数据库的计算机系统 提供NCBI人员与外来使用者技术支持 提供NCBI服务之网络操作指导 规划使用NCBI资源的教育训练与研讨会 计划 发展与管理政府合约与合作协议书 已获得支持NCBI信息功能的设备与服务 作为基因体计划使用者与服务办事处之联络人 执行应用研究与发展 提供技术支持与指导 鉴定使用者需求 管理生物使用社群之问卷调查 以评估NCBI发展的软件使用情形 协调政府其它办事处与生物信息资源 促进NCBI数据储存的发展 NCBI的组织架构 NCBI还有一个跨多学科的基础研究群 组成人员包括计算机科学家 分子生物学家 数学家 生化学家与物理学家 共同致力于计算分子生物的基础与应用研究 他们一起研究利用数学与计算机方法解决分子层面的基本生物医学问题 这些问题包含了基因结构侦测与分析 序列分析 立体结构预测 重复序列类型 Pattern 建立基因体图谱 HIV感染动力学的数学模型 分析序列错误对数据库搜寻的影响 发展数据库搜寻与多重序列比对的新算法 建立无重复的序列数据库 使用数学模型评估序列相似性在统计学上的重要性 建立文章检索的载体 Vector 模型等 除此之外 这些研究人员尚与NIH的研究单位 学术单位的研究实验室与政府机构的研究实验室间维持合作关系 目前仍有多项研究计划正在进行当中 NCBI资源 NCBI目前提供的生物信息资源主要分为生物数据库生物信息工具 NCBI资源 生物数据库生物数据库是一个永久数据的大的组织体 通常结合计算机软件执行更新 查询与存取数据的功能 对于研究人员而言 数据库必须符合 容易取得信息以及只取得回答特殊生物问题的信息两项功能 NCBI的数据库搜寻与存取系统 Entrez 可用来获取单一数据库或许多数据库的整合数据 例如Entrez蛋白质数据库除了可查询蛋白质信息 同时亦可连结到生物分类数据库查询生物分类信息 目前 NCBI提供的公开 OpenAccess 数据库包括如下 Entrez以及BLAST Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列 定位 分类 和结构数据的搜索和检索系统 Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图 Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具 这些数据库包括核酸序列 蛋白序列 大分子结构 全基因组 和通过PubMed检索的MEDLINE Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列 结构 和参考文献的能力 杂志文献通过PubMed获得 PubMed是一个网络搜索界面 可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问 包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章 BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序 还可作为鉴别基因和遗传特点的手段 BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索 NCBI提供的附加的软件工具有 开放阅读框寻觅器 ORFFinder 电子PCR 和序列提交工具 Sequin和BankIt 所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得 NCBI还有E mail服务器 提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法 Entrez可以检索的数据库 Books出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库CancerChromosomes美国国立癌症研究所的MitelmanDatabaseofChromosomeAberrationsinCancer数据库里已经整合好的cytogenetic 临床与文献相关数据ConservedDomainDatabase CDD 蛋白质功能区块保留序列数据库3DDomains 蛋白质功能区块立体结构数据Gene 包含许多物种的基因数据库Genome 包含超过800种物种的基因组数据库GENSAT 小鼠中枢神经系统基因表现图谱GEODatasets 基因表现实验与生物芯片数值结果数据GEOProfiles 基因表现图谱HomoloGene 同源基因批注数据库Journals 期刊文献 包含PubMed MeSH 医学文献索引字符串NCBIWebSite 所有NCBI网页NLMCatalog 美国国立医学图书馆馆藏书目 期刊 视听数据目录Nucleotidesequencedatabase 核酸序列数据库 包含GenBank RefSeq和PDB等三大序列数据库 Entrez可以检索的数据库 OnlineMendelianInheritanceinMan OMIM 人类遗传疾病相关文献数据库PopSet 族群演化分析相关研究资料Proteinsequencedatabase 蛋白质序列数据库 包含Swiss Prot PIR PRF PDB等数据库与从GenBank RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料 PubChemBioAssay 化学成分之生物活性筛选资料PubChemCompound 小分子化学物质结构PubChemSubstance 具生物活性之化学物质筛选数据PubMed 科学文献报导数据库PubMedCentral 科学文献数字全文数据库SiteSearch 可搜寻NCBI的网页与FTPSNP 单点核酸多样性数据库 dbSNP Structure 分子模型数据 MMDB Taxonomy 以核酸或蛋白质为基础的分类学信息UniGene 人类unique基因序列数据库UniSTS unique序列卷标地址数据库 PubMed数据范围 数据类型 期刊论文 综述 以及与其他数据资源链接 特点 免费提供题录和文摘提供与原文的网址链接 部分免费获取 提供检索词自动转换匹配操作简便 快捷 PubMed数据范围 MEDLINE4800余种生物医学期刊 内容涉及医学 护理 牙科 兽医 健康保健系统 前临床医学等学科 这些期刊来源于美国和世界上70多个国家和地区 文献量达1千2百多万条记录 并回溯到1966年 记录中用 indexedforMEDLINE 标记表示 注 截止2006年3月15日PubMed公布的数据 Inprocesscitation提供MEDLINE尚未经规范处理的数据 获MeSH词后 再加入MEDLINE 记录中用 inprocess 标记表示 PublisherSuppliedCitations出版商直接向PubMed提供电子记录包括MEDLINE未收录的部分记录记录中用 PubMed assuppliedbypublisher 标记表示 OldMedline1950 1965年间发表的200多万篇文献没有MeSH字段和摘要记录中用 PubMed OLDMEDLINEforPre1966 标记表示 PubMednotMedlinePubMed收录Medline不收录的文献 记录中用 PubMed 标记表示 PubMed与MEDLINE的区别 收录范围广 MEDLINE收录的部分生命科学相关文章的非医学专业期刊 物理 天文 化学等 收录记录新 在MEDLINE数据标引前的最新题录文献类型全 提供电子原文链接 部分免费 基本检索输入框 特征栏提供辅助检索功能 侧栏提供其他检索如期刊数据库检索 规范词数据库检索 特定文献检索 执行检索 PubMed主页 PubMed基本检索规则 在检索栏中输入 一个或多个检索词 系统默认空格为AND检索 如 placentagrowthoxygengenbacevo著者姓名 姓在前 名首字母在后 如 smithab刊名输全称或MEDLINE认可的标准缩写形式如 clinexpimmunol布尔逻辑运算式 运算符须大写 如 Stem ti ANDneuroscience 多个检索词输入MooreAM撰写的有关接触性皮炎的文章 刊名的输入 字段限定来源出SO 著者检索mooream au 检索提问输入 仅检索有文摘的文献 PubMed基本检索规则 截词检索 treat 强迫短语检索 brca1 不再自动转换匹配和扩展检索 PubMed基本检索规则 自动转换检索词 automatictermmapping 自动对照规范词表 期刊名表 短语 著者名索引 依次寻找转短语寻找转换单词转换单词在上述四个字段寻找转换在所有字段中转换 如 输入stem ti ANDneuroscienceDetails显示 stem ti AND neurosciences TIAB NOTMedline SB OR neurosciences MeSHTerms ORneuroscience TextWord 自动扩展检索系统自动对主题词 副主题词进行扩展检索 如 输入 hypertensiontherapy 系统自动将高血压的药物治疗 饮食疗法 PubMed的辅助检索 Limits 检索限制选择 字段限制 著者 刊名 篇名 滤过 filter原文收藏处 等数据输入时间 默认检索可回溯到1950年 限制选择30天 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