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文档简介

Zakery2016年5月26日 如何在phytozome中找物种同源基因并用DNAman比对序列 首先到phytozome网站上选择你要找的物种 比如水稻Oryzasativav7 JGI Rice 点击BLASTsearch 在targettype中选择proteome 把氨基酸序列复制到BLAST框中 点GO 这是结果 得分越高说明同源性越高 点击第一个前面字母G 得到如图可以看到CDSsequence和Peptideequence 把基因名和CDS序列如图复制到记事本 把txt格式改为SEQ格式 直接更改扩展名 接下来就是用DNAman分析了 选择输入序列 选择序列文件所在位置 注意输入的序列是DNA或者是蛋白质序列 打勾相应的选项 然后一直点击下一步 选项不需要修改 默认就行 选项不需要修改 默认就行 选项不需要修改 默认就行 注意 由于是用了免费的版本 它会在这里加上了一段标记 手工去除它 序列前面一般会加上CREATED FEATURESLCATINQUALIFIERS这一段标记 这是去除后的序列情况 点击这个按钮 出现下拉菜单 保持EMF格式的文件即可 然后用图片查看器打开可以放大缩小而不改变像素 前面软件演示所用的序列比对后做出来的图 注意 由于前面软件自动加了约为几十个bp长度的标记 因此在
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