MS建模疑难问题详解(集百家所长)

精品文档 1欢迎下载 1 MS的Amorphous cell使用出问题 问题 问题 用MS的Amorphous cell建个含水和有机分子的体系 再用 build layer加到金属表面 建不起来 我分子是用高斯优化的 然 后用GV另存为MOL引入MS的 水是直接在MS中画的再minimize得 只 建含200水分子可以建 出如下错误 精品文档 2欢迎下载 答案 选择的力场没有你要建立的盒子的力场参数 可以把缺少力 场参数的原子换成有力场参数的原子 建好盒子后 再换回来 问题 怎么看哪些原子缺力场 用label force type吗 我看了全 分配的有力场啊 我那分子就CNHO原子会有缺力场的 精品文档 3欢迎下载 回答 MS画有机分子 水 分配compass力场 AC建盒子就行了 没 有必要用高斯 问 因为我文章前面用高斯算了参数 也就是找有机分子的吸附位 点 模拟时用MS剑的话 优化分子会和高斯优化的分子有结构差异 没什么说服力 所以模拟时也想用相同的结构就只能导入高斯优化 好的结构了 答 如果下一步要使用量子力学研究 值得这么做 另外 如果你 下一步要build layer的话 建议建cell而不confined layer 问 对我下一步是要用build layer 把金属表面 有机分子和水溶 液 水结合起来 再动力学研究有机分子在金属表面的吸附 用 COnfined layer文献上这么用的 但是用periodic还是键不起来 另外用用量化我只算有机分子的参数 不是建好后算 用MS建的 periodic结构导入GV中键输入文件 无法识别的 我用没有优化的 结构可以建AMORphous cell用优化结果建就出错 但以前的分子用 优化结果是可以建的 包含的原子类型也相同啊 错误说不清楚力 精品文档 4欢迎下载 场类型 那为什么没优化之前又可以建呢 包含的原子又没变 只 是结构变了 牛 我居然把N与五元杂环的partial double bond人为的拉长 点 原始结构是单键 优化结果变为了partial double bond可能是 共轭原因 皆可以建呢 用periodic cell和confined layer均可 这是为什么呢 跟力场分配有什么关联吗 不拉长键 只将partial double bond改为single bond也可以 建 但单改其他地方就不行 出同样的错 说明建不起来跟这个键 有关 但是在高斯里优化的4个YES 频率全为正 结构为平面结构 应该没什么问题啊 答 证明ms不能自动分配相应的原子力场参数 手动查看一下 如 果有手动指定可以用MS中Dmol3做量化 2 怎么在MS中建立一个64水的盒子 问 怎么在MS中建立一个64水的盒子 答 先画好一个水分子 点sketch atom 下拉菜单中选择O原子 再点adjust hydrigen 再点clean 可用Forcite模块中的 geometry optimization优化 再在amorphous cell中construct中 先激活你所优化好的水分子图 点add加入64个水分子 再点 construct就可以了 3 MS中的castep模块金属表面水分子模型的建立 问 我现在用的是MS中的castep模块 我算的是Pt 111 面的反应 想在真空层中加上水 溶剂化 保证水的密度是0 86g cm3 怎么做 精品文档 5欢迎下载 啊 答 Amorphous cell 模块建立水模型 再用adsorption模块将水层 添加到Pt的表面就可以了 4 综合建模问题 大家知道 模拟中难的就是建模 其实模型建好了 怎么算只是 怎么选择参数的原因 希望大家分享下MS中建模的过程 如果能够 附带图画就更好 本版在于分子模拟 那就只是限定MS建模分子模 拟的结构吧 介观模拟和量化模拟的结构先不考虑 像表面活性剂 与油混合的盒子 层状硅酸盐 多孔硅 介孔碳 MOF COF 分子筛 层状MnO2等等 比如说 对于考察某个晶体的110面 可以使用Build surface cleave surface 110 然后是Build symmetry supercell 选择多少层 然后定义多少层为固定状态 就得到了晶 体110面的结构 然后可以研究吸附 催化 能带等结构 建 立聚合物的结构 可以使用Build build polymer build homopolymer 选择重复单元 然后再Modules Amorphrous cell construction add 调整聚合物链的数目 开 始的时候 把密度调小点 这样可以更好的建成盒子 然后点击 construct 建立好的结构还需要分子动力学能量最小化才能使用 表面活性剂的盒子貌似也是这么建立的 但是层状硅酸盐 某些很复杂的结构 不光需要以上 还需要 一些特别细致的操作 所以期望大家多多讨论 精品文档 6欢迎下载 5 关于画晶体结构 大家用ICSD数据画晶体时 要注意Add Atom的顺序 加原子的 先后顺序不一样 会导致不同的晶体周期结构 MS的这种建模不确 定性令人头疼 所以要在Add Atom上多试几种顺序 make P1 要慎用 再用Morphology 作晶体预测时 不能为了修 改晶体结构把对称性改为P1 这和CASTEP 有着本质的区别 如果这 样做了 那么预测出的晶体都是立方柱结构 6 关于晶体参杂 Make P1 修改参杂原子 注意SuperCell的使用以及晶胞原子分数 的确定是比较矛盾的 要好好斟酌 注意布里渊区的选定及合适的K 点采样 最好做了 纯晶体的Geometry Optimize的收敛性测定及误差评估后 再参杂 补充 建模时加入杂原子的方法 方法一 用鼠标点上将要被取代得原子 点上后原子颜色将变成黄 色 在 窗口的右边属性栏中 将会显示这个原子的相关属性 并告诉你这 个原子的元素 种类 比方是Al 吧 然后点这个元素种类Al 将出现一个元素周 期表 选择 你要掺杂得原子 确定就可以了 方法二 建立完没有掺杂的晶胞后 选supercell 然后再选择要替换 的原子 进 精品文档 7欢迎下载 行掺杂 如果不把晶胞的对称性改为supercell就不能改变其中的一 个原子 而是由于对称性把同一元素的所以原子改变了 7 水合物晶胞问题 问 我就是想在 MS 中建甲烷水合物的模型 这都不行吗 都好几天 了头痛 我查到 I 型水合物的晶胞参数 但是按我的步骤体系中的 原子数不对 和文献不一样 我是按文献说的先确定氧原子的位置 按参数添加是 440 个 你是怎么添加的 另外我添加完氧原子后 氢原子是按自动加氢生成的 你也是一步步添加的 而且你的氧原 子是 368 个但是氢原子是 1472 个 他们应该是 2 倍关系 构成水分 子呀 你先告诉我氧原子是不是这样加的 答 具体区别我也不太清楚 你最好照着相关文献逐个添加原子 不要自动加 H 我以前也看过甲烷水合物相关文献