梅里埃质谱建库规则ppt课件.ppt

数据库及算法的构建思路 裴子建2016年1月19日 1 梅里埃VitekMS数据库构建的独特概念 基于种群 基于菌株 以种群代表的种属可发现种属特异性的特点需要许多参考菌株 以个别菌株代表的种属快速构建数据库不需代表典型菌株 2 3 质数据库构建思路 明显 稳定数据库 1046菌种13 790以上分离株 数据库里的菌株 29 873以上图谱平均每个菌种有18菌株平均每个菌种有40个图谱 1 500菌种9 620分离株 数据库里的菌株 18 808图谱平均每个菌种有8菌株平均每个菌种有16个图谱 VITEKMSIVD56菌种 25菌株25菌种 100菌株金黄色酿脓葡萄球菌 Saureus 328株大肠埃希氏菌 Ecoli 475株白念珠菌 Calbicans 133株肺炎链球菌 Spneumoniae 306株 4 5 VITEK MSIVD临床数据库与算法AdvancedSpectraClassifier 6 专家图谱鉴别器 ASC 分析原理权重矩阵分析ASC的使用 建立数据库鉴定样本的图谱特点 没有图谱比较软件里没有内建图谱 只有分析蛋白矩阵 重量计算时间更快 14 7 每一个专家图谱鉴别器包含两个部分菌种特定权重矩阵菌种特定的分析功能 计算分析样本与权重矩阵的相似百分比 专家图谱鉴别器 ASC 8 菌株库建立原理质量区间分布 顶峰 12345678910 129812991300 区间 12345678910 S1S2S3 S1S2S3 12345678910 显示 未显示 9 菌株库权重矩阵发展 12345678910 1300 Spneumoniae 306isolates 12345678910 1300 Ecoli 475isolates 1234 306 1234 475 肺炎链球菌 大肠杆菌 10 S pneumoniae S pneumoniae S aureus C freundii Bin1 Bin2 Bin3 Bin5 Bin4 Bin1300 0 20 0 4 15 3 Spneumoniae 权重矩阵发展 加权每个区间分析 高度种属特异性 15 20 中度种属特异性 3 4 缺乏顶峰 3 4 缺乏顶峰且出现其他种属重要识别顶峰 15 肺炎链球菌 金黄色葡萄球菌 弗劳地枸橼酸盐杆菌 肺炎链球菌 11 区间矩阵发展 VITEKMS系统的权重矩阵合适于更新每一种属的更新专利设计 EP11306609 6 Normalization EP11306610 4 Binning 12 图谱数据分析的流程 原始图谱 进行中的图谱 去除背景干扰 顶峰侦测 顶峰的列表 Kratospre processing bMxalgorithm 套用适合矩阵 Listofpeaks massaligned 分类 Escherichiacoli 99 9 鉴定 单一选择 23 13 使用权重分析样本图谱 原始顶峰 12345678910 129812991300 区间 12345678910 记录顶峰有无 计算权重分数 14 运用权重矩阵执行样本分析 12345678910 1 2 3 4 1 1 0 3 0 6 2 1 0 9 15 16 17 定义阶段 定义阶段将分析结果依据五个参数执行定义分数阈值 最高分数 0 7 可能性阈值 必须 60 可能性限制 必须 最高可能性x0 7 低鉴别力的最高分数为4Scoretolerance mustbe HighestValue 0 7 Probabilitythreshold mustbe 60 Probabilitytolerance mustbe HighestValuex0 7 Maximumnumberoflowdiscrimination 4 26 eliminatesclasseswithlowerscoreorprobability toofarfromthebest 18 定义范例 27 2 1 1 1 1 9 19 28 运用权重矩阵分析 计算所有种属的权重分析分数 转换权重分析至信赖值 导出最正确鉴定结果 从样本上机后全自动分析 结果的生成 20 于Myla软件中显示结果 21 结果简明友好 单一结果 与菌株库单一高级图谱鉴别器吻合低鉴别率 与2 3个高级图谱鉴别器吻合无吻合结果显示 22 权重矩阵的鉴定优势 J Clin Microbiol 2013 51 7 2225 DOI VitekMS的权重矩阵分析可有效帮助区分 具有相似蛋白图谱的菌种 VitekMS可有效的帮助区别肺炎链球菌与缓症链球菌 并且这是只用图谱比对的其他质谱厂家所无法分析的 许多文献已证实 特别是在链球菌的区分上VitekMS具有最好的表现 J Clin Microbiol 50 2863 2867 23 VitekMSV3菌株库更新 1046个菌种 包括882个细菌 164个真菌 913个ASCclasses 756个细菌 157个真菌 242个新的细菌 55个新的真菌 包括 38个分枝杆菌14个诺卡菌55个霉菌 12篇SCI文章 北京协和医院解放军总医院复旦大学附属中山医院安徽医科大学第一附属医院广东医科大学福田医院中国人民解放军乌鲁木齐总医院南京医科大学第一附属医院南京军区南京总医院南方医科大学珠江医院第四军医科大学西京医院香港玛丽医院 24 25 谱库无额外收费 26 样品的图谱 数据库的图谱 完美相配 顶峰没有差距 非完美相配 顶峰间有一点差距 27 Source ASM2012WS 19 June162012 28 提供单选鉴定结适合常规临床使用 一个样本提供10个不同鉴定结果用户要自己选 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 29 真空 机械泵 分子涡轮泵 30 真空 机械泵 分子涡轮泵 31 Sampletarget Ionoptics Lineardetector Laser MALDI TOFMALDI 线性工作原理 Mixmatrix sampleontargetFirelaseratmatrix sampleIonizesample solidtogasphase Accelerate extractionsSeparateionsinanalyzerRecordspectrumatdetector Timeofflight TOF massanalyzer fieldfree 0 20 40 60 80 100 10000 20000 30000 40000 m z vemode M H ions 分辨率 真空飞行管的长度 32 MALDI TOFMALDI 反射工作原理 分辨率 真空飞行管的长度 33 离子从同一点出发 经过相同距离离子具有相同的初始能量由于m z的不同而具有不同的速度离子到达检测器的时间与速度成反比 要点 34 发明了对生物大分子进行确认和结构分析的方法 和 发明了对生物大分子的质谱分析法 美国科学家约翰 芬恩日本科学家田中耕一 35 Fenn博士获得了Nobel化学奖 他发明的革命性技术可以使研究者以前所未有的精确度检测和表征如蛋白质这样的生物大分子 该技术被称为电喷雾电离 electrosprayionization 36 KratosAnalyticalLtdisregisteredinEnglandwithcompanynumber563161 RegisteredOfficesWharfside TraffordWharfRoad Manchester M17