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文档简介

Fst 定义 Fst指数 固定系数 由F统计量演变而来 反映群体等位基因杂合性水平 用于衡量种群分化程度 计算方法 Fst HT HS HT H 杂合度 杂合基因型占的比例 HT种群期望杂合度 把所有亚群当作一个种群 利用Hardy Weinberg预计种群的等位基因频率 计算杂合度 HS亚群预计杂合度 通过每个亚群预计的杂合度计算 假设3个亚群体 Fst计算核心内容是杂合基因型频率 HW直接预测 HT 亚群预测 HS 结果分析 FST取值范围 0 1 最大值为1 表明等位基因在各地方群体中固定 完全分化 最小值为0 意味着不同地方群体遗传结构完全一致 群体间没有分化 Wright建议 实际研究中 FST为0 0 05 群体间遗传分化很小 可以不考虑 FST为0 05 0 15 群体间存在中等程度的遗传分化 FST为0 15 0 25 群体间遗传分化较大 FST为0 25以上 群体间有很大的遗传分化 应用 Fst可用于计算SNP变异位点在不同群体中的分化程度 或固定程度 野生种亚群和栽培种亚群间的Fst可反应位点受人工选择程度 计算步骤如下 1 群定群体数目及群体规模 2 分别计算群体及亚群体中某一位点上的等位基因频率和基因型频率 3 计算种群期望杂合度 HT 和亚群预计杂合度 HS 4 计算Fst 计算软件 数据量小时 可利用EXCEL进行计算 简单快捷方便 核心计算步骤是杂合基因型频率 数据量大时 根据数据类型不同 比如芯片 二代测序等 可选用不同的软件进行计算 推荐软件 Arlequin PopGenome Vcftools等软件计算 我们采用30个野生棉和30个栽培棉两个亚群体进行计算 首先以TM 1为参考基因组进行数据比对和变异检测 然后利用SWET基因家族基因座上的SNP计算Fst 计算软件 Fit 种群的总近交系数Fst群体内基因分化系数Fis种群内近交系数 FIS 1 HI HS FST 1 HS HT FIT 1 HI HT HI为所研究种群的平均观测杂合度 HS为相
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