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DS2 5 使用教程使用教程 小分子小分子 1 画图画图 小分子结构用小分子结构用 chemidraw 画好 画好 另存为另存为 mol 格式 文件名不支持中文 格式 文件名不支持中文 Check 快捷键为快捷键为 V 2 启动启动 DS2 5 打开小分子打开小分子 File open 注意注意 3 Minimization 搜搜 Minimization 单击单击 Tools 中的中的 Minimization 屏幕左侧 屏幕左侧 Tools 栏展开栏展开 Simulate structures Forcefield 选 选 CHARMm 单击单击 Apply Forcefield 单击展开区最下方单击展开区最下方 Minimization 4 准备准备 搜搜 prepare 单击单击 protocols 下的下的 prepare Ligands 屏幕左侧展开屏幕左侧展开 双击屏幕左侧展开区双击屏幕左侧展开区 prepare Ligands 屏幕右下角出现屏幕右下角出现 prepare Ligands 的相关表的相关表 5 Run F5 Job 提示运行结果提示运行结果 双击查报告双击查报告 蛋白质蛋白质 1 蛋白质从蛋白质从 http www rcsb org pdb 下载 或在下载 或在 DS 中用中用 open URL 功能输入功能输入 protein ID 号号 2 打开 同小分子 打开 同小分子 3 去水 选中左任务栏中的去水 选中左任务栏中的 water Delete 4 加加 H 点 点 chemistry 到到 Hydrogens 到到 H Add 5 准备准备 搜搜 prepare 命令 单击命令 单击 Protocols 中的中的 prepare protein 命令区展开 命令区展开 双击双击 prepare protein 单击 单击 Run F5 右下角 右下角 Job 区显示进程 区显示进程 sucess 后可双击看结果后可双击看结果 6 定义活性位点定义活性位点 1 选中配体小分子 如果有 选中配体小分子 如果有 2 搜搜 define 命令命令 3 Tools 中单击中单击 define and edit binding site 下面的下面的 define sphere from selection 7 删除活性位点原有的配体小分子否则无法对接删除活性位点原有的配体小分子否则无法对接 8 对接对接 搜搜 cdocker 命令命令 点点 Protocols 中中 Receptor Ligand Interactions 下面的下面的 Dock Ligands CDOCKER 展开左侧栏展开左侧栏 双击双击 Protocols 中的中的 Dock Ligands CDOCKER 右下侧表中右下侧表中 Input Receptor 选 选 pr
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