生物信息学分析培训班-linux常用命令 (1).docx

Linux常用命令命令：man功能说明：查询命令用法语法：man Example：man ls查询ls命令的用法1.目录和文件管理1.1目录相关1.1.1 mkdir功能说明：建立目录语法：mkdir -p 参数：-p若所要建立目录的上层目录目前尚未建立，则会一并建立上层目录。Example：mkdir testdirmkdir -p newdir/childdir1.1.2 rmdir功能说明：删除（空）目录补充说明：该命令只能删除空目录，若要删除非空目录，请使用rm r dirname语法：rmdir -p 参数：-p删除指定目录后，若该目录的上层目录已变成空目录，则将其一并删除。Example：rmdir testdirrmdir -p childdir1.1.3 ls功能说明：列出目录内容语法：ls -alhtr参数：-a显示目录下所有文件和目录（显示隐藏文件和目录）。-l显示文件/目录详细信息，每行显示一个文件/目录。-h文件大小按K，M，G，来显示（需要加-l参数）。-t用文件和目录的更改时间排序。-r反向排序Example：ls -a dirnamels -lh dirnamels -ltr dirname补充说明：ll并不是linux下的基本命令，实际上是lsl的一个别名（缩写），别名可在/.bashrc中使用alias定义，如alias ll=ls l1.1.4 cd功能说明：切换目录语法：cd Example：cd /path/dirname/特殊例子：cd /转换到根目录cd 转换到家目录（即/home/yourname/）cd ./转换到上一级目录cd -转换到上一次cd前所在的目录1.1.5 pwd功能说明：显示工作目录绝对路径语法：pwdExample：pwd特殊目录的表示：/根目录家目录./当前目录./上一级目录特殊说明：linux下以”.”开头的文件名为隐藏文件，使用ls -a时才会显示1.2文件处理1.2.1 touch功能说明：创建一个空文件或者更改文件修改时间语法：touch Example：touch newfile创建一个名为newfile的空文件1.2.2 cp功能说明：复制文件或目录语法：cp -r 参数：-r/-R将一个目录及目录内所有文件复制到另一个目录Example：cp file1file2将file1复制并重命名为file2cp file1 file2 dirname/将file1，file2复制到一个目录下cp -r dir1 dir2若dir2已存在，dir1复制到dir2下，若不存在，dir1复制并重命名为dir21.2.3 mv功能说明：移动或更名现有的文件或目录。语法：mv Example：mv file1file2将file1重命名为file2mv file1 file2 dirname/将file1，file2移动到dirname/目录下mv dir1 dir2若目录dir2已存在，dir1移动到dir2下，若dir2不存在，dir1移动并重命名为dir21.2.4 rm功能说明：删除目录或文件语法：rm -r 参数：-r/-R删除目录和该目录下的所有文件Example：rm file1 file2 删除file1file2 rm -r dir1 dir2 删除dir1 dir2 目录及目录下所有文件1.2.5 less功能说明：查看文件内容语法：less -SN 参数：-S每行不显示长于屏幕宽度的字符（默认显示在下一行）-N显示行号Example：less -S fileless -SN file补充说明：使用less打开文件后，使用ctrl+u向上翻页，ctrl+d向下翻页，/pattern可以进行向下匹配查找，?pattern可以进行向上匹配查找。使用“q”退出。1.2.6 more功能说明：显示文件内容语法：more Example：more file补充说明：使用more显示文件内容后，使用空格键“space”向下翻页，使用“q”退出1.2.7 head功能说明：显示文件开头部分语法：head -n 参数：-n 显示文件头number行的内容（默认显示头10行）Example：head file显示file文件的头10行的内容head -n 100 file显示file文件头100行的内容1.2.8 tail功能说明：显示文件末尾部分语法：tail -n 参数：-n 显示文件末尾number行的内容（默认显示末尾10行）Example：tail file显示file文件的末尾10行的内容tail -n 100 file显示file文件末尾100行的内容1.2.9 cut功能说明：显示文件每行指定范围的字符语法：cut -cdf 参数：-c num1-num2，显示每行从开头算起第num1到num2的字符-d指定域分割符，默认“t”-f num1-num2，显示每行从开头算起第num1到num2的域Example：cut -c 1-10 file显示文件file每行开头的10个字符cut -f 1-10 file显示文件file每行开头10列（以“t”分割）cut -d “ ” -f 2显示文件file第二列（以空格分割）1.2.10 cat功能说明：将文件连接后显示到标准输出（或使用“”重定向到其他文件）语法：cat -n newfile参数：-n在文件内容前加行号显示Example：cat file将file文件的内容显示到屏幕。cat -n file newfile将file内容加行号后重定向到newfile中。cat file1 file2 newfile将file1和file2的内容重定向到newfile。cat file1 file2 file将file1和file2的内容追加到file文件的末尾。cat filenew word生成file文件并将“new word”添加到文件中。1.2.11 ln功能说明：链接目录或文件语法：ln -s file/dirname参数：-s对目标文件进行符号链接而非硬链接Example：ln -s file1 file2将file1链接为file2（注：file2必须不存在）ln -s file1 file2 dirname/将file1和file2链接到dirname/下1.3压缩解压缩1.3.1 tar功能说明：加入或还原备份文件内的文件语法：tar -fcxzjv 参数：-f必加参数-c创建备份文件-x从备份文件中还原文件-z调用gzip/gunzip来压缩/解压缩文件-j调用bzip2/bunzip2来压缩/解压缩文件-v显示命令执行过程Example：tar -cf newfile.tar file1 file2将file1，file2文件打包到newfile.tartar -xf newfile.tar提取newfile.tar中的文件tar -czvf newfile.tar.gz file1 file2将file1，file2文件打包并调用gzip程序将文件压缩为 newfile.tar.gztar -xzvf newfile.tar.gz将newfile.tar.gz文件解压并提取里边的文件1.3.2 zip功能说明：压缩并生成“.zip”结尾的文件语法：zip -1.9-r 参数：-r将子目录下所有文件和目录一并处理-1.9压缩效率，数值越大，压缩效率越高Example：zip newfile.zip file1 file2将file1，file2进行压缩到newfile.zip内解压方式：使用unzip进行解压，unzip newfile.zip1.3.3 gzip功能说明：压缩并生成“.gz”结尾的文件语法：gzip -1.9-r 参数：-r对目录下的文件进行压缩，但不会对目录进行压缩-1.9压缩效率，数值越大，压缩效率越高（默认6）Example：gzip file将file压缩为file.gz并删除源文件解压方式：使用gunzip进行解压，gunzip file.gz1.3.4 bzip2功能说明：压缩并生成“.bz2”结尾的文件语法：bzip2 Example：bzip2 file将file压缩为file.bz2并删除源文件解压方式：使用bunzip2进行解压，bunzip2file.bz21.4数据统计与处理1.4.1 sort功能说明：将文本文件内容进行排序语法：sort -nkr参数：-n/-g将文件按数值大小从小到大排序（默认按ascii码从小到大排序）-k 按第num列内容对文件排序（默认按第一列）-r反向排序Example：sort file对file文件按第一列内容ascii码值从小到大排序并输出。sort -n -k 3 file对file文件按第3列内容数值大小从小到大排序。sort -nr -k1,2 file对file文件按数值大小反向排序，优先考虑第一列，再考虑第二列1.4.2 uniq功能说明：合并文件中相邻的相同的行语法：uniq -cd outfile参数：-c在每行第一列显示该行重复次数-d仅显示有重复的行Example：uniq -c file合并相同的行，并统计每行重复次数，输出到屏幕uniq -d file outfile合并相同的行，并显示file中有重复出现的行，输出到outfile文件中1.4.3 wc功能说明：统计文件中字节数语法：wc -cwl 参数：-c只统计字节数/Bytes数-w只统计字数（单词数）-l只统计行数Example：wc file显示文件file的字节数，字数，行数wc -l file显示文件file的行数1.4.4 grep功能说明：查找文件中符合条件的行语法：grep -v 参数：-v不匹配，显示文件中不匹配string的行Example：grep world file查找文件中含有“world”的行grep -v world file查找文件中不含有“world”的行1.4.5 awk功能说明：对特定的行中特定的列进行操作语法：awk -F (condition)operate 参数：-F指定列的分割符，可以使任意字符，默认按空白分割Example：awk -F “:” print $1按“：”来分割并打印出第一列awk ($1 100)print $0对第一列大于100的行整行输出awk ($1 100)print $1”t”$2对第一列大于100的行输出第一列和第二列的结果并以“t”分割。awk ($3/world/) x+= $1ENDprint x对第三列匹配“world”的行的第一列求和，全部处理完之后输出结果x的值1.4.6 sed功能说明：文本处理并可对文件进行编辑语法：sed -i command 参数：-i直接在原文件中修改（默认修改后屏幕输出，原文件不变）Example：sed -i s/test/new_word/ file将file文件中的test字符替换为new_wordsed -i /pattern/ s/ test/new_word/ file将file文件中匹配pattern字串的行进行替换操作sed -i /$/ d file将文件file中的空白行删除（d）1.5.1 md5sum功能说明：验证文件传输的完整性语法：md5sum -c 参数：-c校验文件传输后是否完整Example：md5sumfile1对file1文件生成md5值。md5sum file1 newfile对file1文件生成md5值并重定向到newfile中。md5sum -c newfile检验newfile中文件的md5值是否和文件一致。1.5.2 chmod功能说明：设置文件或目录权限语法：chmod -R 参数：-R对目录和目录下所有文件均设置权限详细说明：文件权限分为是否可读(r)、是否可写(w)、是否可执行(x)3种，同时对应档案拥有者(u)、同组成员(g)、其他成员(o)3种。mode分为符号模式和数值模式。符号模式：ugoa +-= rwx数值模式：用1/0表示，则111表示可读可写可执行，000表示不可读不可写不可执行，可读可写可执行分别对应10进制的4,2,1，则5表示可读不可写可执行。Example：chmod u+xg=rx o-rwx file对file文件用户自身增加可执行权限，同组成员权限设置为可读可写，对其他成员移除rwx权限。chmod a-w file对file文件所有成员移除可写权限。chmod -R 750 dirname对dirname目录及其下所有文件权限设置为用户自身可读可写可执行，同组成员可读可执行，其他成员无权限。1.5.3 find功能说明：查找文件语法：find path expression详细说明：path在path路径下进行查找expression查找模式，常用的有-name 按文件名查找（文件名允许通配符）-perm 按文件权限查找-user 按文件所有者查找-group 按文件所在组查找-mtime 按文件更改时间查找，-n表示更改时间距现在n天以内，+n表示距现在n天以外-type 按文件类型查找，l：符号链接文件，f：普通文件，d：目录文件Example：find./ -name file在当前目录及其子目录下查找文件名为file的文件find ./ -name *a -type d寻找文件名以a结尾的目录文件。1.5.4 du功能说明：显示目录或文件的大小语法：du -ash -max-depth= 参数：-a显示目录中个别文件大小-s只显示总计-h以“K”，“M”，“G”为单位显示-max-depth=只显示n层目录以内的文件Example：du -sh ./显示当前目录的大小du -ah -max-depth=1 dir显示dir目录下所有文件大小，不包括下一级目录2进程管理2.1进程查看2.1.1 ps功能说明：显示用户进程语法：ps x -u 参数：-u 显示usr用户的进程（默认显示自身用户进程）Example：ps x2.1.2 top功能说明：显示用户进程（实时）语法：top -bcdu参数：-b批处理模式，可以将top内容重定向到文件中-c显示详细信息-d 刷新时间间隔，n秒刷新一次-u 只显示usr用户的进程Example：toptop -c -u usr2.1.3 jobs功能说明：显示后台任务（当前节点，当前窗口）语法：jobs -l参数：-l显示任务进程IDExample：jobsjobs -l2.2进程控制2.2.1 kill功能说明：删除或控制执行中的进程语法：kill -num -l参数：-num通过num传递一个信号控制进程（默认15，终止进程），常用值如下-9强制删除进程-19暂停一个进程（使之处于T状态）-18继续暂停的进程-l显示信号列表Example：kill 28004终止进程号为28004的进程kill -9 28004强制删除进程号为28004的进程kill -19 28004暂停进程号为28004的进程kill -18 28004继续进程号为28004的进程kill -l显示信号列表2.2.2 fg功能说明：将后台进程转换到前台语法：fg %num参数：%num将编号为num的后台任务转换到前台，num由jobs命令得到。Example：fg将最近的一个