微生物检验细菌的分类与命名.doc

第八章细菌的分类与命名本章考点：1.概述（1）概念（2）分类法2.微生物在生物化学分类中的地位（1）细菌与原核生物界（2）真菌与真菌界（3）病毒与病毒界3.细菌的分类单位、系统和命名（1）细菌分类单位（2）细菌命名（3）细菌分类系统4.细菌的分类方法（1）生理学与生物化学分类法（2）遗传学分类法细菌分类是根据每种细菌各自的特征，并按照它们的亲缘关系分门别类，以不同等级编排成系统。分类有两种：以细菌的形态和生理生化特征为依据的生理生化分类法，包括有传统分类法和数值分类法；用化学分析和核酸分析，以细菌大分子物质（核酸、蛋白质）结构的同源程度进行分类称种系分类或自然分类。一、微生物在生物化学分类中的地位（一）细菌与原核生物界细菌、衣原体、立克次体、螺旋体、放线菌、支原体等归属于原核生物界，其分类等级依次为界、门、纲、目、科、属、种。有时在两个相邻等级间可添加次要的分类单位，如亚门、亚纲、亚属、亚种，科和属之间还可添加族。（二）真菌与真菌界真菌是真核细胞型微生物，归属真菌界，与原核生物具有明显不同（见表5-8-1）。一般医学上有关的真菌主要分属于真菌界的无鞭毛菌门。表5-8-1原核生物和真核生物细胞结构比较原核生物真核生物核无核膜、核仁，只有拟核有核膜、核仁和染色体细胞器无线粒体、细胞器不完整有完整的细胞器和线粒体细胞壁基本成分肽聚糖无肽聚糖细胞分裂二分裂有丝分裂、芽生（三）病毒与病毒界病毒没有典型的细胞结构，无产生能量的酶系统，只能在宿主活细胞内增殖，归属于病毒界。病毒的分类等级依次为科、属、种，有时在科的下面添加亚科。二、细菌的分类单位、系统和命名（一）细菌的分类单位细菌的分类等级（分类单位）和其他生物相同，为界、门、纲、目、科、属、种。临床细菌检验常用的分类单位是科、属、种。种是细菌分类的基本单位。形态学和生理学性状相同的细菌群体构成一个菌种；性状相近、关系密切的若干菌种组成属；相近的属归为科，依次类推。在两个相邻等级之间可添加次要的分类单位，如亚门、亚纲、亚属、亚种等。同一菌种不同来源的细菌称该菌的不同菌株。它们的性状可以完全相同，也可以有某些差异。具有该种细菌典型特征的菌株称为该菌的标准菌株，在细菌的分类、鉴定和命名时都以标准菌株为依据，标准菌株也可作为质量控制的标准。（二）细菌的命名国际上一个细菌种的科学命名采用拉丁文双命名法，由两个拉丁字组成，前一字为属名，用名词，首字母大写；后一字为种名，用形容词，首字母小写，印刷时用斜体字。中文译名则是以种名放在前面，属名放在后面。例如：Mycobacterium tuberculosis（结核分枝杆菌），Salmonella typhi（伤寒沙门菌）等。有时某些常见的细菌也可用习惯通用的俗名，如Tubercle bacillus（结核杆菌）、Typhoid bacillus（伤寒杆菌）等。（三）细菌的分类系统细菌分类系统有多种，为了便于文献资料的相互比较、分析和交流，目前国际上普遍采用伯杰分类系统。也有采用CDC（美国疾病预防和控制中心）分类系统。包括有细菌的鉴定以及细菌分类资料。三、细菌的分类方法（一）生理学与生物化学分类法细菌的形态，染色以及细菌的特殊结构是最早和最基本的分类依据；而细菌的生理生化特征一直作为分类的主要依据。目前，以生理生化学作细菌分类的广泛采用方法有两种，即传统分类法和数值分类法。1.传统分类法：传统分类的原则是将生物的基本性质分为主要的和次要的（主次原则），然后将主次顺序一级一级地往下分，直至最小区分。按细胞形态、革兰染色性、鞭毛及代谢特点作为较高一级分类依据。科、属、种水平的分类主要依靠生化特性和抗原结构。2.数值分类法：数值分类法集数字、电子、信息及自动化分析技术于一体，将细菌的一些基本性质视为同等重要（等重要原则），采用标准化、成品化和配套生化反应试剂条，检测细菌的数十个生理生化特性。每个细菌都能产生一套阴阳性结果，然后转换成数字，通过电子计算机进行复杂计算，比较每一株与其他类同株，测定其相似度。根据相似度，区分细菌的种群，并确定各种细菌的亲缘关系。（二）遗传学分类法遗传学分类是以细菌的核酸、蛋白质等在组成的同源程度分类。目前较为稳定的应用遗传学的细菌分类方法有下列几种：1.DNA G + C mol测定。同一种细菌的G + C mol相当稳定，不受菌龄、培养条件和其他外界因素影响，亲缘关系越接近的细菌，G + C mol越接近。2.核酸同源值测定。G + C mol相同，并不一定是同一种细菌，不能反应碱基的序列。3.核糖体RNA碱基序列测定。rRNA的序列比较保守。本章练习题：细菌分类的基本单位是A.纲B.目C.科D.属E.种答疑编号500735080101正确答案E目前国际上普遍采用的分类系统是A.伯杰B.CDCC.传统D.数值E.遗传学答疑编号500735080102正确答案A 临床细菌检验常用的分类单位是A.纲B.目C.科D.属E.种答疑编号500735080103正确答案CDE第九章微生物学检验概述本章考点：1.临床微生物学检验的目的与要求2.标本采集与运送3.微生物学检查4.血清学诊断5.临床微生物实验室安全措施和质量保证6.动物试验7.免疫检测技术8.发光分析技术9.鲎试验10.分子生物学在病原微生物中的应用临床微生物工作的第一步就是要正确、规范地采集和运送标本，然后根据微生物学检验的特点和临床要求进行初步诊断和确定诊断。（结合临床作出病原学诊断）临床细菌实验室的主要工作是从临床标本中分离出病原菌并进行准确鉴定，同时指导临床合理应用药物，为临床诊断、治疗、预后和流行病学调查以及医院内感染的监控提供可靠的依据。 一、临床微生物学检验的目的和要求（一）临床微生物学检验的目的1.为临床感染性疾病的诊断提供病原学依据。2.为临床感染性疾病的治疗提供参考用药的信息。3.为医院感染提供病原微生物及其耐药性动态信息。4.改进或更新临床微生物学检验的方法。（二）临床微生物学检验的要求1.快速、准确地提出检验报告。2.检验人员必须有较丰富的微生物学基础知识和熟练、正确的操作技能，必须养成有菌观点和无菌操作的习惯。3.临床微生物学检验必须进行全面质量控制，并参加和接受质量控制考核。4.重视实验室消毒灭菌工作。（三）诊断试验的选择原则1.选择有鉴定价值的试验：要对两种细菌进行鉴定，须选择一项两种菌呈现绝然不同结果的试验，即一种菌呈现阳性（阳性反应的菌株阳性率须大于90），另一种菌为阴性（阴性反应的菌株阳性率应小于10），这项试验才有鉴定价值。否则，就没有鉴定价值。2.选择简易、快速、方便的试验：鉴定一种细菌可能有多种特异的方法，没有必要逐一进行试验，只选择其中一或两种达到目的即可，多选无意义。选择操作简便、快速的方法。选用复合培养基，一次操作可同时看几个生化反应，如克氏双糖铁（KIA），动力靛基质脲酶（MIU）等。3.综合考虑试验的敏感性和特异性：试验敏感性越高，假阴性结果就越少。特异性越高，假阳性结果越少。试验的敏感性和特异性是相互联系的，试验的敏感性增加，会使特异性下降，反之亦然。二、标本的采集和运送标本质量的好坏直接影响诊断结果的正误，不当的标本可导致假阴性、假阳性结果的出现，因此在标本采集、送检、保存等各个环节都要规范操作，严格控制，是确保实验结果准确可靠的前提。（一）标本采集的一般原则1.早期采集：采集时间最好是病程早期、急性期或症状典型时，而且必须在使用抗生素或其他抗菌药物之前采集。2.无菌采集：采集的标本应无外源性污染。在采集血液、脑脊液、胸腔积液、关节液等无菌标本时，应注意对局部及周围皮肤的消毒，严格进行无菌操作；对于与外界相通的腔道，如窦道标本应由窦道底部取活组织检查，而不应从窦道口取标本，以免受皮肤表面正常菌群的污染，造成混淆和误诊；对于从正常菌群寄生部位（如口腔）采集的标本，应明确检查的目的菌，在进行分离培养时，采用特殊选择性培养基。采集的标本均应盛于无菌容器内，盛标本的容器须先经高压灭菌、煮沸、干热等物理方法灭菌，或用一次性无菌容器，而不能用消毒剂或酸类处理。3.根据目的菌的特性用不同的方法采集：厌氧菌、需氧或兼性厌氧菌，以及L型菌采用的方法不同。4.采集适量标本：采集量不应过少，而且要有代表性，同时有些标本还要注意在不同时间采集不同部位标本。5.安全采集：采集标本时不仅要防止皮肤和黏膜正常菌群对标本的污染。同时也要注意安全，防止传播和自身感染。（二）标本的处理一些对环境敏感的细菌如脑膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌和流感嗜血杆菌等应保温并立即送检，而其他所有的标本采集后最好在2h之内送到实验室。若不能及时送检，标本应置于一定环境中保存，如尸检组织、支气管洗液、心包液、痰、尿等标本应保存在4环境中。脑脊液、滑膜液等则要在25保存。一般情况下，用于细菌培养的标本保存时间不应超过24h。厌氧性标本应放在专门的运送瓶或试管内运送，有时可直接用抽取标本的注射器送。三、微生物学检查临床微生物学实验室接到标本后应立即进行微生物学检验。主要包括直接镜检、检测特异性抗原或病原体成分、进行分离培养和鉴定、体外药敏试验等，各种检查方法的比较见表5-9-1。表5-9-1微生物学检查方法、判断和速度方法鉴定类型速度直接镜检初步诊断510min免疫荧光（直接法）快速诊断12h乳胶凝集快速诊断1530min对流免疫电泳快速诊断2h气-液相色谱鉴定1.52hDNA探针快速诊断、鉴定13天PCR快速诊断数小时微量鉴定系统鉴定36h常规法确定诊断数天或以上（一）直接镜检1.初步诊断；2.指导进一步检出步骤和鉴定方法的选择；3.评价标本的质量。（二）快速诊断快速检测病原体成分主要是指特异性抗原和核酸检测。特异性抗原检测包括免疫荧光技术、胶乳凝集试验、酶免疫技术、对流免疫电泳、化学发光免疫测定等。（免疫学检验技术）核酸检测包括核酸探针杂交、PCR技术。（分子生物学检验技术）其他快速检测法还有气-液相色谱法、化学发光、生物发光测定法和基因或蛋白微型阵列芯片技术等。（三）直接药敏试验鉴定结果快，但结果不明确，故分离出纯培养物后应再作体外药物敏感试验。（四）常规检验1.分离培养：通常由正常无菌部位采取的标本接种血平板，置于空气或含510CO2的气缸中培养，大部分细菌可于2448h生长良好。若原始培养为阴性，但据镜检结果和临床信息提示可能有病原菌存在，则应再采集大量标本，离心浓缩或溶解离心法处理，取沉淀接种营养丰富的需氧或厌氧培养基来培养。对于存在正常菌群部位采集的标本，分离时应采用选择培养基以利于病原菌生长，也可加某些抗生素抑制污染菌的生长。对于某些感染标本中发现的细菌，如尿路感染的尿液中检出大肠埃希菌，可能是病原菌，也可能是污染菌或正常菌群，其临床意义的确定有赖于定量培养法。2.鉴定：分离出的细菌一般应经过细菌形态、菌落特点、生化反应、血清学试验、动物接种等鉴定。目前尚有某些微量鉴定系统，其鉴定快速、简便，值得推广。如用于鉴定肠杆菌科的20E，鉴定非发酵菌的20NE及鉴定厌氧菌的20A等。3.体外纯菌药物敏感性试验：常用方法包括抑菌试验、杀菌试验、联合药敏试验和检测细菌产生的抗生素灭活酶等。（五）报告直接镜检要求2h报告，说明标本是否合格，发现微生物情况和特点；初步鉴定和直接药敏结果于24h或次晨报告，报告可能的病原菌和直接药敏结果；最后鉴定和细菌药敏结果一般不超过3天，还规定除血培养外，所有送检标本必须在24h内预报。四、其他检测技术（一）免疫检测技术微生物学中常用的免疫检测技术包括凝集反应、沉淀反应、补体结合试验、免疫荧光技术、酶免疫测定及皮肤反应等。（二）发光分析技术发光分析技术是依赖酶或化学反应释放能量引起发光物质（如鲁米诺、荧光素等）发光的检测方法。具有操作简便、快速、敏感度高、无污染特点。根据发光原理，主要分为生物及化学发光两种方法。（三）鲎试验（检测内毒素）鲎变形细胞溶解物