DNA分子标记ppt课件

DNA分子标记 1 50 随机扩增RAPD ISSR 单核苷酸突变检验SNP限制性酶切RFLP PCR RFLP TRFP 2 50 RAPD RAPDrandomamplifiedpolymorphicDNAWilliamsetal 1990原理 随机扩增引物 任意序列的10个碱基的寡核苷酸片段模板 未知序列的基因组DNA 3 50 4 50 RAPD 实验流程DNA提取PCR扩增产物检测数据记录 5 50 RAPD 很难判断带的有无 背景影响严重 带的亮度差异很大 凝胶分辨率 6 50 RAPD 7 50 RAPD 阴性对照出带 阳性对照where 8 50 RAPD 反应体系BufferMg2 dNTPDNA聚合酶引物DNAH2O Mg2 浓度较高核酸外切酶活性较低单引物 序列短纯度 浓度纯度 9 50 RAPD 反应条件94 36 72 引物退火温度太低循环次数 10 50 RAPD 阴性对照阳性对照可重复性 11 50 RAPD 数据记录0 1矩阵显性标记 12 50 RAPD 缺陷可重复性低显性标记 13 50 RAPD RAPDrandomamplifiedpolymorphicDNA10碱基Williamsetal 1990AP PCRarbitraryprimerPCR20 30碱基Welshetal 1990DAFDNAamplificationfingerprinting5 8个碱基Caetano Anollesetal 1991 14 50 随机扩增RAPD ISSR 单核苷酸突变检验SNP限制性酶切RFLP PCR RFLP TRFP 15 50 ISSR ISSRinter simplesequencerepeatZietkiewiczetal 1994原理 随机扩增引物 20bp左右5 BDB ACA 5 3 16 50 17 50 ISSR 50mMofKCl 1 5mMofMgCl2 0 25mMofdNTPs 2 formamide 0 2 Mofprimer 0 5mMofspermidine 0 8UofTaqDNApolymeraseenzyme BangloreGenei India and20ngofDNAper25 lreactionInitialdenaturationfor5minat94 C eachcyclecomprised1 mindenaturationat94 C 45sannealingat49 C 2 minextensionat72 Cwithafinalextensionfor5minat72 Cattheendof45cycles Mostofthepatternswithextremelygoodpolymorphismandusefulinformationwereoftenaccompaniedwithabackgroundsmear Toreducethissmear 2 formamidewasusedinthereaction Allthepatternsgeneratedwererepeatedatleastthreetimesinordertoobtainreproducibledata Joshietal 2000TheorApplGenet100 1311 18 50 ISSR 19 50 ISSR 可重复性高于RAPD随机扩增显性标记 20 50 SNP SNPsinglenucleotidepolymorphisms5 GGATCAGTACTGACTCAG 3 5 GGATCAGTAATGACTCAG 3 21 50 SNP SNP变异来源转换transition一种嘧啶置换另一种嘧啶C T一种嘌呤置换另一种嘌呤A G颠换transversion嘌呤与嘧啶互换 C A A T等缺失 插入 22 50 SNP的检测方法 23 50 SNP检测 SNaPshot 24 50 SNP检测 SNaPshot 单引物扩增 25 50 多重PCR multiplexprimersextensionarrays SNP检测 SNaPshot 26 50 SNP检测 突变错配扩增检验 180bp 210bp 共显性标记 27 50 SNP 优点特异性的共显性基因有功能意义缺点引物设计困难 28 50 显性与共显性 180bp 210bp RAPD显性 SNP共显性 29 50 花柱卷曲性的适应意义 AAControl Cutaa AA AA Aa 共显性标记的应用 30 50 显性标记的应用 种群遗传多样性和遗传结构 31 50 随机扩增与特异性扩增 可重复性 数据的可靠性 32 50 随机扩增RAPD ISSR 单核苷酸突变检验SNP限制性酶切RFLP PCR RFLP TRFP 33 50 RFLP RLFPrestrictionfragmentlengthpolymorphism原理限制性内切酶消化获得的DNA片段大小的变异 780bp 470bp 310bp 34 50 RFLP研究的发展 基因组DNA 酶切对象 PCR产物 末端荧光标记的PCR产物 RFLP PCR RFLP TRFP 35 50 RFLP 实验流程DNA提取限制性内切酶消化电泳分离放射自显影检测 36 50 RFLP 限制性内切酶的选择已经分离鉴定了数千种近千种已用于商业流通 37 50 38 50 RFLP 放射自显影检测为什么要采用放射自显影检测 Southern杂交探针 39 50 RFLPpatternsinP densata 40 50 RFLP 显性标记or共显性标记 41 50 PCR RFLP 实验流程DNA提取目的片段扩增 1 3kb 30kb 限制性内切酶消化电泳分离EB染色或银染 42 50 PCR RFLP 目的片段扩增长度Barnes1994PNAS来源nrDNA cpDNA ormtDNA酶切位点 43 50 PCR RFLP 44 50 Geetal 2001 Genome44 1136 1142 IdentificationofricegenomesbyPCR RFLPofAdhgenes 45 50 TRFPTerminalrestrictionfragmentpatterns 实验流程DNA提取目的片段扩增 1 3kb 30kb 引物末端荧光标记 FAM限制性内切酶消化毛细管电泳分离测序仪自动检测分析 46 50 TRFP 47 50 Ordereddatavs Unordereddata Ordereddata 能够从现有基因型或者haplotype 多位点基因型 推测祖先型的数据cpDNAPCR RFLP S1 S2 S3 48 50 Ordereddatavs Unordereddata OrdereddataDNAsequencesdata S1 5 GGATCATGTCTGACAGCTACTGGTAATG 3 S2 5 GGATTATGTCTGACAGCTACTGGTAATG 3 S3 5 GGATTATGTCTG