关联分析相关软件演示

DEMOofrelatedsoftwareinassociationanalysis 张学海xuehai85 2010 5 18 Relatedsoftware PowermarkerStructure2 2SPAGeDiTASSEL2 0 Moreinformation PowermarkerStructure2 2SPAGeDiTASSEL2 0 SSR带型记录 第一种读带方式 以0 1统计 相同迁移率位置上 有带记为1 无带记为0 适合于NTSYS powermarker等软件第二种读带方式 ofPowermarker 材料名称或编号 群体类型 引物名称 标记基因型 中间用 隔开 缺样用 表示 演示 ofStructure STRUCTRE软件原理 应用STRUCTRE软件 Pritchard2000 是对群体进行基于数学模型的类群划分 并计算材料相应的Q值 第i材料其基因组变异源于第k群体的概率 分析的大致理念是 首先假定样本存在K个等位变异频率特征类型数 即服从Hardy Weinberger平衡的亚群 这里K可以是未知的 每一类群标记位点由一套等位变异频率表征 将样本中各材料归到 或然率用Bayesian方法估计 第k个亚群 使得该亚群群体内位点频率都遵循同一个Hardy Weinberg平衡 structure Createanewproject1 Projectinformation2 Informationofinputdataset3 FormatofinputdatasetSetupparametersResults 演示 K值确定 L K L K L K 1 L K L K 1 L K K m L K s L K K m L K 1 2L K L K 1 s L K 注 s L K 为标准差 K值确定方法具体请参考原文献 G EVANNO S REGNAUTandJ GOUDET DetectingthenumberofclustersofindividualsusingthesoftwareSTRUCTURE asimulationstudy J MolecularEcology 2005 14 2611 2620 Distruct 柱形图绘制 参见distruct软件包 将文中的相应部分替换为自己的相应数据即可 ofSPAGeDi 群体大小 标记数目 亚群数目 二倍体 用于定位基因型的最大字符数 空间坐标 参数选择及结果处理 spagedi参数选择问题 第一步 1kinshipcoefficient第二步 4Jackkniefoverloci第三步 3Reportmatriceswithpairwisespatialdistancesandgeneticcoefficients第四步 3mutilocusestimates生成的结果需做如下处理 将生成的txt文件用excel打开 然后将矩阵数据部分复制到一excel中 对于小于0的数据用0代替 对角线上的空着的用1代替 最后对整个矩阵乘以2即可 此时可用于tassel分析 演示 ofTassel GenotypicdataPhenotypicdataPopulationstructuredataKinshipdata Genotypicdata Phenotypicdata Populationstructure OutputStructure Kinship OutputSpageDi TASSEL 演示 软件使用中需注意问题 1 powermarker算出后为何不显示聚类图 需要安装MEGAV4 0分子进化遗传分析软件2 STRUCTURE为何都是按正常操作进行却不能运行 重新加载工程即可 勿须重新建立工程3 TASSLE软件无法启动 TASSLEneedjava1 5 软件使用中需注意问题 4 标记分析时需注意那些问题 a allelicsize b needCK5 多少标记估计群体结构 Q 及kinship K 合适 ForQ 1000singlenucleotidepolymorphismsor100simplesequencerepeatsformaize ForK aminimumofseveralhundredSNPsspreadoverthewholegenomeisrecommended 6 缺失数据如何表示 TASSLE Fortraitdataandpopulationstructure use 999 formissingForSNPdata use N ForSSRdata use Kinshipdoesnotallowformissingvalues Struct