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关联分析方法,汪樊2010-01-29HUST-HGRC-GENEID,AssociationStudyMethod,Index,SNP相关概念统计推断关联分析常用术语及其计算方法,SNP,定义definition分类classification资源web：Google、NCBI、UCSC、HapMapWikipediaetcsoftware：Haploview、SNPbrowser、PLINKSAS、SPSSetc,数据获得,SNP分型Genotyping数据整理DataAcquiring,分型方法,验证方法,质控体系QC,核对,按照分析软件制作格式,从GENEID中调出临床资料,统计推断,建立零假设H0：SNP与疾病不相关建立备则假设H1：SNP与疾病相关检测统计量,质量性状例如CAD、AF、Strokeetc采用Personchi-squaretest，FisherExacttest,数量性状例如BMI、lipidBloodPressureetc采用regressionanalysis或ANOVA方差分析,根据统计量大小以及相应自由度，求得P值P值反映了零假设成立概率，运用小概率法原理，p0.05，即认为零假设不成立，继而接受备则假设,相关计算概念,StatisticalPower统计效率检测，样本大小是否足够检测Hardy-Weinbergdisequilibriumtest哈迪-温伯格不平衡检测，用于检测样本是否来自于随机婚配人群Observationalpvalue观测性P值,初步得出SNP是否与疾病相关,Adjustmentpvalue对环境混淆危险因素进行调整后的p值Oddsratio相对优势比，衡量风险等位基因的效应大小AssocationCorrection针对关联分析中样本多重比较及数据顺序问题，对p值进行矫正,StatisticalPower,分析软件可采用，powerandsamplesize,1990/PowerSampleSize,Hardy-WeinbergDisequilibriumTest,HW主要运用Personchi-square思想，通过比较观察值和理论预测值的分布，如果p0.05，表明原假设成立，样本来自一个随机婚配的群体，反之，则不成立，样本不随机，不能用于关联分析这里面要注意的是，HW检验针对的是群体，所以一般在case群体、对照群体和总群体中都来检测p值，一般来说case群体不一定能通过HW检验，如果不通过，没关系分析软件以PLINK为主，SPSS和EXCLE都可以计算,质量性状关联分析,2*3基因型统计表,2*2等位基因统计表,列联表主要运用Personchi-square思想，通过比较观察值和理论预测值的分布，如果pplinkHWpvalueplink-filefilename-hardy-outfilenameObservationalpvalueOR95%CIplink-filefilename-assoc-ci0.95-outfileanmeModelanalysisplink-filefilename-model(-cell0)-outfilename,SPSS,软件介绍数据管理数据操作descriptivestatisticsMutlivara