ChemSketch教程. ppt课件

主讲人：谭燕平万谦陈明,ChemSketch软件应用,ChemSketch简介ACD/ChemSketch是高级化学发展有限公司(ACD)开发的用于化学结构式绘制软件包，该软件包可单独使用或与其他软件共同使用。该软件的主要功能包括：结构模式：用于化学结构式的绘制绘图模式：用于图片及文字的处理分子性质模式：用于计算分子的一些基本性质，主要包括以下几个方面：分子量及元素百分比含量折射率、摩尔折射率及摩尔体积等张比容、表面张力及密度介电常数及极化率单一同位素质量,标称分子量和平均分子质量除了以上主要功能外，ChemSketch还包括3DViewer，用于观察所绘制分子的三维结构。CNMRDB和HNMRDB可用于预测和查看所绘制化学结构式的碳、氢核磁谱图，并与所带相关数据库相联，进行检索比对处理。,ChemSketch内置的元素同期表可以查看元素的基本信息和核磁数据。有机分子结构字典只有商业版本才能使用，输入分子名称（系统命名或商品名）可得到其化学结构式。化学文件夹（ChemFolder）可方便用户建立自己的试剂与化学反应数据库。GC和LC模拟器（GCSimulatorandLCSimulator）可以模拟所绘制化学结构的气相和液相色谱。LogD和LogP用于计算所绘制结构的醇水（辛醇水）分配系数，其中LogD适用于酸碱性物质，LogP适用于中性物质。Name模块用来对所绘制的结构按IUPAC规则命名。SolDB模块可用来计算所绘制结构在不同pH条件下的溶解度。SpecManager用于处理各种谱图，包括核磁、质谱、紫外、红外等。SpectrumDataBases提供了各种谱图的数据库，供检索查询之用。XNMR提供了对含P、F、N同位素化合物的核磁预测功能。pKa模块可对所绘制的结构进行酸碱解离常数的预测计算功能。和其它的Windows软件一样，ChemSketch也具有页面设置、打印设置、输出模式、输入模式、页眉页脚设置等功能。这里主要介绍如何利用该软件绘制化学结构式并对所绘制结构的基本化学性质进行预测和计算。,一绘制简单结构,1使用常用画图当程序开始时，常用画图工具是默认的。在这种模式下，您可以很容易地画直链和分支结构，并用元素周期表中的原子取代所画的原子。单击CH4以增加一个CH3基团，并以标准键长连接。再双击同一个碳原子，画出,画图模式窗口与结构绘制窗口类似。,如果想让分子以某个键为基准改变位置，如让某一键处于垂直状态，可点击工具栏上的按钮，然后点击某一键，即可使分子旋转至该键处理垂直的位置：单击最右边的碳原子，画出重复以上步骤，画出一些结构,2双键和三键所画的结构式中的最后一个单键上再次单击获得双键；,再次在双键上单击获得三键：,3.删除个别原子与撤销如果您加了过多的原子,可以逐一去除原子:点击Delete键单击Undo键。这会将ChemSketch的界面恢复到以前的设置Undo键可以连续点击50次.当您画比较复杂的结构或者物体时,我们建议您养成及时保存文件的习惯。,4聚合物ChemSketch提供了聚合物结构的绘制功能：在结构工具栏上点击Polymers键，出现聚合物面板后就可以进行如下设置的更改了：,通过点击或拖拽来选定产生聚合物的区域。当区域被选择,聚合物出现在工作区:,再次点击Polymers,键就可以离开聚合物绘制模式,5改变原子单击原子工具条下的元素周期表(PeriodicTable)键,打开元素周期表(PeriodicTableofElements):,单击元素周期表中的氟(Fluorine)键,注意现在氟(Fluorine)键出现在原子工具条中。单击最左边的碳(Carbon),用氟原子替代碳原子。,6使用鼠标拖拽绘图在正常画图(DrawNormal)和连续画图(DrawContinuous)两种模式下，您可以从一个原子拖动鼠标到另一个原子，画出单键。如果您从一个空白处开始(或结束)拖动，将在开始处(或结束处)生成一个新的原子。在下面结构中，点击一端的碳原子，拖动鼠标到另一端的碳原子。,点击结构工具栏中“清洁”命令，将使结构中所有的键长与角度平均化，得到如下结构：,Clean命令不仅使键长和角度平均化，令结构看上去更好看，更使该结构符合于化学意义。例如循环结构，它将SP2轨道上的碳原子的键按120度分布，将SP轨道上的碳原子的键按180度分布。当画平面和立体异构体时，Clean命令保持以上特性将键长和角度平均化。,7编辑原子标签和画链工具在原子工具栏中，点击原子标签工具键，然后将鼠标移动到结构中最右端的F原子上。在打开的编辑标签(EditLabel)对话框中，键入(CH2)3PH，再点击插入键(Insert)，画出如下结构。,使用画链工具，通过点击和拖动鼠标，您可以很容易地画出长、短键。点击结构工具栏中画链工具键，将鼠标移动到键头所指的原子上。按下鼠标键，向左拖动。当鼠标离开结构时，自动生成碳链。注意鼠标箭头旁的碳原子数(C#)随着碳原子的增减而变化,8清除屏幕如果您需要清除屏幕，您可以选择以下的一种方式：从文件（File）菜单,选择新建（New）。这将打开一个新的空白文件。在左上方选择创建新页按钮，创建新的一页。在编辑菜单中选择“全选”按钮(SelectAll)，再选择“删除”命令(Delete)。在工具栏中(Generaltoolbar)点击删除（Delete)按钮，点击空白处，再点击结构的任意部分，将其全部删除。,9翻转结构您可以在结构工具栏中通过点击一个键来实现整个结构的旋转和翻转。点击设置水平键然后再点击目标键使其处于水平，结构其它部分将相应转动。用该工具反复点击此键可使结构绕键不断翻转。点击设置垂直键然后点击目标键使其处于垂直，其它部分将相应翻转。点击翻转键然后点击目标键，结构将会绕着被点击的键转动。首先选中整个分子（或基团），点击上下翻转按钮，则选中的结构或基团（若无选中项，则所有已绘结构）将从上部旋转至下部。点击左右翻转使被选结构或基团（若无选中项，则所有已绘结构）将从右方旋转至左方。,二绘制更复杂结构,1使用基团表化学基团表(TableofRadicals)中包括预先画好的氨基酸及其保护基的结构，还有核甘酸及其他常用结构。在参考工具栏(ReferencesToolbar)中点击基团表(TableofRadicals)，显示如下基团：,2使用环节构在右边参考工具栏中选择各种环状结构进行绘图：,3删除和替换原子和基团依次删除每个原子，或一次自动删除所有原子。,替换结构中的原子:先选种目标原子，直接点击被替换的原子即可。,4标定电荷和定义阳离子与阴离子点击原子工具栏中的Increment(+)Charge键的右下角的三角形扩展得到以下各项:,画出一下结构：,5使用立体键要绘制立体键，请在结构工具栏中点击