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文档简介

.,1,SWISS-MODEL同源建模的方法,.,2,SWISS-MODEL同源建模简介,SWISS-MODEL是一个自动化的蛋白质比较建模服务器，该服务器提供用户三种模式可选择：Automaticmode（简捷模式）:用于建模的氨基酸序列或是Swiss-Prot/TrEMBL(/sprot)编目号（accession）可以直接通过web界面提交。服务器会完全自动地为目标序列建立模型。用户可以选择指定模板结构，模板可以来自由PDB数据库（）抽取得到的内建模板库，也可以上传PDB格式的坐标文件。Alignmentmode（联配模式）:这个模式需要多序列联配的结果，序列中至少包括目标序列和模板（最多可输入5条序列）。服务器会基于比对结果建模。用户需要指明哪一条序列作为目标序列，哪一条又作为模板。Projectmode(项目模式):这种模式允许用户提交经过手工优化的请求给服务器。DeepView被用来建立一个项目文件，它包含了模板结构，以及目标序列与模板的联配结果。这个结果也要上传到服务器。这种方式提供对建模过程中细,.,3,SWISS-MODEL网页界面,我们选择简捷模式,.,4,填写正确的邮箱，会有邮件,输入蛋白质序列,.,5,提交以后会出现,在线显示的有的时候速度有点慢，耐心等待,Ps:珍惜劳动成果。这可是等了一个小时的成果,.,6,反馈的结果也可以在myWorkspace中查看，自己的邮箱是用户名，邮件里边有password,.,7,可以把结果保存下来,.,8,.,9,.,10,预测的三维结构,.,11,SWISS-MODEL网页界面,我们再选择联配模式,.,12,.,13,.,14,接着会出现下面的界面,.,15,出现
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