微生物学+绪论+Introduction.ppt

绪论Introduction,1.1Whatarethemicrobeandmicrobiology?1.2Thehistoryofmicrobiology1.3TheimportanceofMicrobiology1.4Importanteventsinthedevelopmentofmicrobiology,第一节微生物与微生物学MicroorganismandMicrobiology,一、微生物（一）概念：微生物是一类形体微小、单细胞或个体较为简单的多细胞，甚至无细胞结构的低等生物的总称。简单地说是人们对肉眼看不见的细小生物的总称。指显微镜下的才可见的生物，它不是一个分类学上的名词。但其中也有少数成员是肉眼可见的，例如近年来发现有的细菌是肉眼可见的，1993年正式确定为细菌的Epulopisciumfishlsoni以及1998年报道的Thiomargaritanamibiensis，均为肉眼可见的细菌。所以上述微生物学的定义是指一般的概念，是历史的沿革，但仍为今天所适用。Thewordmicrobe(microorganism)isusedtodescribeanorganismthatissosmallthat,normally,itcannotbeseenwithouttheuseofamicroscope.Viruses,bacteria,fungi,protozoaandsomealgaeareallincludedinthiscategory.,（二）种类,Microbialworld,Organisms,Infectiousagents,Prokaryotes(unicellular),eukaryotes,viruses,viroids,prions,Eubacteria,Archaea,Algae(unicellularormulticellular,Fungi(unicellularormulticellular,Protozoa(unicellular),Othermulticellularorganisms,（三）微生物的共同特点,个体微小，结构简单代谢活跃，方式多样繁殖快速，容易变异,抗逆性强，休眠期长种类繁多，数量巨大分布广泛，分类级宽,个体微小一般微生物以mm表示其大小（每g细菌的个数可达1010个）病毒用nm表示大小结构简单单细胞简单多细胞无细胞,代谢活跃吸收、转化物质速度极快。发酵乳糖的细菌每小时可分解其自重的100010000倍产朊假丝酵母合成蛋白质的能力较大豆强100倍，较成年公牛强105倍以同等体积计，一个细菌在1小时内所消耗的糖即可相当于人在500年时间内所消耗的粮食。方式多样能利用的有机基质极为广泛，CO2，甚至有毒物质有机化能，无机化能光能好氧呼吸，厌氧呼吸，发酵，（兼性）途径多种多样产物多种多样：蛋白质、多糖、核酸、脂肪、抗生素、维生素、毒素、色素、生物碱，CO2、H2O、H2S、NO2-1、NO31、SO42,繁殖快速大肠杆菌在适宜条件下37oC时的世代时间为18min，每24h可分裂80次，即增殖数为1.2x1024个后代。容易变异微生物的自然变异频率可达10-510-10变异可涉及到任何形状形态构造，代谢途径，生理特性，抗原抗性，产物种类，产物数量如常见的人体病原菌抗药性的提高，常需要提高用药剂量，则是病原菌变异的结果。抗生素生产和其他发酵性生产中利用微生物变异，提高发酵产物产量。最典型的例子是青霉素的发酵生产，最初发酵产物每ml只含20单位左右，而现在已有极大的增加，甚至接近10万单位了。,抗逆性强抗热性：100，250，300抗压性：265atm抗寒性：-12抗酸性：0.5抗碱性：10.7抗干燥性抗缺氧性抗辐射性抗毒物性休眠期长具有特殊的休眠构造：芽孢，孢子，胞囊菌丝体特异结构：菌核，菌索芽孢休眠期可达几年，几百年，上千年甚至报导过30004000年前埃及金字塔中的木乃尹上至今仍有活的病原菌。,种类繁多目前已确定的微生物种类有105以上，每年仍以几百上千的新种在被发现目前所了解的微生物种类仅仅为自然界中的0.1%-1%左右数量巨大每g土壤含几亿个细菌人体肠道内菌体总数达100万亿个左右,约2kg全球海洋中的微生物总重量达280亿吨每g新鲜叶子表面可附生100多万个微生物,分布广泛除了“明火”，火山喷发中心区和人为的无菌环境外，都有微生物的存在，上至几十千米外的高空，下至地表下几百米的深处，海洋上万米的水底层，土壤、水域、空气，动植物和人类体内外，都已分布有各种不同的微生物。分类级宽微生物横跨了生物六界系统中无细胞结构生物病毒界和细胞结构生物中的原核生物界、原生生物界、菌物界（真菌界）除了动物界、植物界外，其余各界都是为微生物而设立的，范围极为宽广。,（四）微生物在生物系统发育中的地位,1969年Whittaker提出五界分类系统：原核生物界：古细菌，真细菌、蓝细菌、放线菌原生生物界：藻类，原生动物真菌界：酵母，霉菌、蘑菇植物界动物界我国学者提出六界系统：病毒界：病毒、亚病毒,（五）、微生物与其他生物的共同点,遗传信息都是以DNA和RNA作为载体，遗传信息表达的规则相同都是以ATP作为能量代谢的载体氨基酸、核苷酸、单糖、脂肪酸的合成途径相同蛋白质、脂肪、核酸和多糖的合成途径相同细胞的化学组成相似,二、微生物学,（一）概念:是研究微生物形态结构、生长繁殖、遗传变异、生理生化等特征以及其在自然界中的分布、作用和与人类及其他生物相互关系的一门学科。通过对各种微生物的研究，达到利用、控制、改造它们，使其为人类造福的目的。,（二）、研究内容1微生物本身形态结构，分类鉴定，生理生化，生长繁殖，遗传变异，生态分布2微生物与微生物和其他生物植物、动物和人类的关系有益、有害、致病3微生物在自然界各种元素生物地球化学循环中的作用利用、转化、固定4微生物在工、农、医、环境保护、食品生产中的应用促进人类可持续发展是一门既有独特的理论体系，又有很强实践性的学科。微生物研究作为一门科学-微生物学，当今的发展无疑是最为活跃、最为迅速、最为辉煌、影响最大的生命科学之一。,（三）微生物学的分支学科以研究微生物本身分：普通微生物学微生物形态学微生物分类学微生物生理学微生物生物化学微生物生态学微生物遗传学细胞微生物学,以研究对象分：细菌学放线菌学真菌学病毒学噬菌体学藻类学支原体学厌氧微生物学原生动物学,以应用方面分：工业微生物学农业微生物学食品微生物学乳品微生物学医学微生物学兽医微生物学抗生素学免疫学土壤微生物学水域微生物学环境微生物学沼气发酵微生物学水产微生物学海洋微生物学分析微生物学实验微生物学发酵微生物学预防微生物学,正在发展的新兴学科：微生物分子生物学微生物化学分类学微生物数值分类学微生物地球化学宇宙微生物学微生物基因组学微生物蛋白质组学微生物分子系统学,Microbiology,Bacteriology,Protozoology,Parasitology,MicrobialMorphology,Mycology,Virology,PhycologyorAlgology,Microbialphysiology,Microbialtaxonomy,Microbialgenetics,Molecularbiology,Microbialecology,第二节微生物学的发展简史Thehistoryofmicrobiology,史前时期人类对微生物的认识与利用微生物学初创时期微生物形态认识时期微生物学奠基时期微生物生理学发展时期微生物学发展时期微生物生物化学发展时期微生物学成熟时期微生物分子生物学发展时期,一、史前时期人类对微生物的认识与利用在17世纪下半叶，荷兰学者吕文虎克（AntonyvanLeeuwenhook）用自制的简易显微镜亲眼观察到细菌个体之前，对于一门学科来说尚没形成。这个时期称为微生物学史前时期。酿酒，制醋，制酱：8000年前我国曲糵酿酒种植豆科植物积肥，压青，沤粪麦曲治病：2500年前用曲治消化道疾病尽管这些还没有上升为微生物学理论，但都是控制和应用微生物生命活动规律的实践活动。,二、微生物形态学发展阶段17世纪80年代，吕文虎克用他自己制造的，可放大160倍的显微镜观察牙垢、雨水、井水以及各种有机质的浸出液，发现到了许多可以活动的“活的小动物”，并发表了这一“自然界的秘密”。这是首次对微生物形态和个体的观察和记载。随后，其他研究者凭借显微镜对于其它微生物类群进行的观察和记载，充实和扩大了人类对微生物类群形态的视野。但是在其后相当长的时间内，对于微生物作用的规律仍一无所知。这个时期也称为微生物学的创始时期。发表了约400篇有关论文,Thediscoveryofmicroorganisms,Thefirstpersontoaccuratelyobserveanddescribemicroorganisms,AntonyvanLeeuwenhock(1632-1723),ThefirstpersontoobserveanddescribemicroorganismswastheamateurmicroscopistAntonyvanleeuwenhoekofDelft,Holland.,Leeuwenkoekmadehissimple,single-lensmicroscopewhichcouldamplifytheobjectbeingviewed50300times.Between16731723,hewroteaseriesofletterstotheRoyalSocietyofLondondescribingthemicrobesheobservedfromthesamplesofrainwater,andhumammouth.,Leeuwenhoeksdrawingsofbacteriafromthehumanmouth.,Adrawingofoneofthemicroscopesshowingthelensa;mountingpinb;andfocusingscrewscandd.,lens,Objectbeingviewed,adjusting,screws,三、微生物生理学发展阶段在19世纪60年代初，法国的巴斯德（LouisPasteur）和德国的柯赫（RobertKoch）等一批杰出的科学家建立了一套独特的微生物研究方法，对微生物的生命活动及其对人类实践和自然界的作用作了初步研究，同时还建立起许多微生物学分支学科，尤其是建立了解决当时实际问题的几门重要应用微生物学科，如医用细菌学、植物病理学、酿造学、土壤微生物学等。可以说PasteurandKoch是微生物学的奠基人。,FinalrefutationofspontaneousgenerationbirthofmicrobiologyasascienceDiscoveryoftheexistenceofanaerobiclifefermentationVaccinesPasteurization,Pasteurscontributions:,LouisPasteurworkinginhislaboratory,LouisPasteur(18221895),Pasteur(1857)demonstratedthatlacticacidfermentationisduetotheactivityofmicroorganisms.,2.Pasteur(1861)conflictoverspontaneousgenerationbirthofmicrobiologyasascience,3.Pasteur(1881)developedanthraxvaccine,4.Pasteurization,Thespontaneousgenerationconflict,Spontaneousgenerationthatlivingorganismscoulddevelopfromnonlivingordecomposingmatter.,Pasteursswanneckflasksusedinhisexperimentsonthespontaneousgenerationofmicroorganisms,Conclusion:Microorganismsarenotspontaneouslygeneratedfrominanimatematter,butareproducedbyothermicroorganisms,RobertKockinhislaboratory,Therecognitionofmicrobialroleindisease,RobertKock(18431910),Themicroorganismsmustbepresentineverycaseofthediseasebutabsentfromhealthyorganisms.Thesuspectedmicroorganismsmustbeisolatedandgrowninapureculture.Thediseasemustresultwhentheisolatedmicroorganismsisinoculatedintoahealthyhost.Thesamemicroorganismsmustbeisolatedagainfromthediseasedhost,Kockspostulates,柯赫的其他贡献：改进了固体培养基的配方，发明了倾皿法进行纯种分离，建立了细菌细胞的染色技术，显微摄影技术和悬滴培养法。,Beijerinckmadefundamentalcontributionstomicrobialecology.HeisolatedAzotobacterandRhizobium.,Thediscoveryofmicrobialeffectsonorganicandinorganicmatter,TheRussianmicrobiologistWinograskydiscoveredthatsoilbacteriacouldoxidizeiron,sulfurandammoniatoobtainenergy,andalsoisolatednitrogenfixingbacteria.,SirAlexanderFlemingdiscoveredtheantibioticpenicillin.Hehadtheinsighttorecognizethesignificanceoftheinhibitionofbacterialgrowthinthevicinityofafungalcontaminantwhenmostotherscientistsprobablywouldhavesimplydiscardedthecontaminatedplates.,AlexanderFleming(1881-1955),英国学者布赫纳（E.Buchner）在1897年研究了磨碎酵母菌的发酵作用，把酵母菌的生命活动和酶化学相联系起来，推动了微生物生理学的发展。同时，其他学者例如俄国学者伊万诺夫斯基(Ivanovski)首先发现了烟草花叶病毒(Tobaccomosaicvirus，TMV)，扩大了微生物的类群范围。,四、微生物分子生物学发展阶段在上一时期的基础上，本世纪初至40年代末微生物学开始进入了酶学和生物化学研究时期，许多酶、辅酶、抗生素以及许多反应的生物化学和生物遗传学都是在这一时期发现和创立的，并在40年代末形成了一门研究微生物基本生命活动规律的综合学科普通微生物学。50年代初，随着电镜技术和其他高技术的出现，对微生物的研究进入到分子生物学的水平。,1953年华特生（J.D.Watson）和克里克（F.H.Crick）发现了细菌基因体脱氧核糖核酸长链的双螺旋构造。1961年加古勃（F.Jacab）和莫诺德（J.Monod）提出了操纵子学说，指出了基因表达的调节机制和其局部变化与基因突变之间的关系，即阐明了遗传信息的传递与表达的关系。1977年，C.Weose等在分析原核生物16SrRNA和真核生物18SrRNA序列的基础上，提出了可将自然界的生命分为细菌、古菌和真核生物三域（domain），揭示了各生物之间的系统发育关系，使微生物学进入到成熟时期。,在这一时期，从基础研究来讲，从三大方面深入到分子水平来研究微生物的生命活动规律：研究微生物大分子的结构和功能，即研究核酸、蛋白质、生物合成、信息传递、膜结构与功能等。在基因和分子水平上研究不同生理类型微生物的各种代谢途径和调控、能量产生和转换，以及严格厌氧和其他极端条件下的代谢活动等。分子水平上研究微生物的形态构建和分化，病毒的装配以及微生物的进化、分类和鉴定等，在基因和分子水平上揭示微生物的系统发育关系。尤其是近年来，应用现代分子生物技术手段，将具有某种特殊功能的基因作出了组成序列图谱，以大肠杆菌等细菌细胞为工具和对象进行了各种各样的基因转移、克隆等等开拓性研究。,在这一时期，在应用方面来讲，开发菌种资源、发酵原料和代谢产物，利用代谢调控机制和固定化细胞、固定化酶发展发酵生产和提高发酵经济的效益，应用遗传工程组建具有特殊功能的“工程菌”，把研究微生物的各种方法和手段应用于动、植物和人类研究的某些领域。这些研究使微生物学研究进入到一个崭新的时期。微生物学已发展成为生命科学领域内发展最快、影响最大的前沿科学，并与人类的生存发展密切相关。,第三节微生物学与人类可持续发展TheImportanceofMicrobiologyinSustainableDevelopment,一、微生物学的发展与人类的医疗保健外科消毒术的建立，探寻人畜病原菌，免疫防治的应用，化学药物治疗，抗生素治疗，生化药物微生物生产中遗传工程和生物工程技术的应用二、微生物学的发展与农业技术进步以菌治虫，以菌治病，以菌治草以菌增肥，以菌促长，以菌作饲料，以菌作药物，以菌作蔬菜以菌产沼气,三、微生物学的发展促进了发酵工业食品和饮料的自然发酵罐头生产与保藏厌氧纯种发酵技术深层液体通气搅拌培养代谢调控理论在发酵工业上的应用微生物生物工程的兴起四、微生物学的发展与生态环境的保护和污染环境的生物修复有机废弃物、废水的生物处理污染环境的微生物修复微生物能源废弃物的资源化再利用,五、微生物学的发展对生物学基础理论研究的巨大贡献解决了生物学上许多重大的争论问题是生物学的三大来源和三大支柱（生物化学，微生物学和遗传学）之一遗传学研究对象的微生物化促进了经典遗传学向分子遗传学的发展微生物是基因工程中供体、载体、工具酶和受体的主要提供者高等生物研究与应用中技术的日益微生物学化微生物学研究中的实验技术与设备向生命科学各领域研究迅速扩散，在方法学上作出贡献,六、当代微生物学的发展趋势当代微生物学的发展趋势，一方面是由于分子生物学新技术不断出现，使得微生物学研究得以迅速向纵深发展，已从细胞水平、酶学水平逐渐进入到基因水平、分子水平和后基因组水平。另一方面是大大拓宽了微生物学的宏观研究领域，与其他生命科学和技术、其他学科交叉、综合形成许多新的学科发展点甚至孕育新的分支学科。,近2030年来，微生物学研究中分子生物技术与方法的运用，已使微生物学迅速丰富着新理论、新发现、新技术和新成果。C.Woese1977年提出并建立了细菌（bacteria）、古菌(archaea)和真核生物（eucarya）并列的生命三域的理论，揭示了古细菌在生物系统发育中的地位，创立了利用分子生物学技术进行在分子和基因水平上进行分类鉴定的理论与技术。,微生物细胞结构与功能、生理生化与遗传学研究的结合，已经进入到基因和分子水平，即在基因和分子水平上研究了微生物分化的基因调控，分子信号物质及其作用机制，生物大分子物质装配成细胞器过程的基因调控，催化各种生理生化反应的酶的基因及其组成、表达和调控，阐明了蛋白质生物合成机制，建立了酶生物合成和活性调节模式，探查了许多核酸序列，构建了100多种微生物的基因核酸序列图谱。如大肠杆菌（Escheriachiacoli）的基因图谱早已绘出，1/3多的基因产物已完成了生化研究，80的代谢途径已有了解，染色体复制模式及调控方式已基本阐明，对许多操纵子的主要特征已有描述，对大肠杆菌细胞高分子的合成已探明，并可以在试管中模拟，即进入了后基因组时期。对固氮酶合成基因及其活性已构建了调节模式，并在基因和分子水平上揭示了根瘤菌豆科植物共生固氮体系中根瘤菌和豆科植物相互识别、共建有效根瘤及其调节。,DNA重组技术的出现为构建具有特殊功能的基因工程菌提供了令人兴奋的成果和良好的前景，已实现了利用基因工程微生物大量生产人工胰岛素、干扰素和生长素等贵重药物，形成了一个崭新的生物技术产业。目前正有许多研究利用DNA重组技术改良和创建微生物新品种。,微生物生态学的研究不仅拓宽了原有的土壤、污水、水域、地矿等环境并进入了宇宙空间和深入到微生物赖以生存的为环境，而且极大地关注了极端环境下的微生物生命活动，阐明了这些极端环境微生物具备的其他生物所没有的性状，形成了一个生命科学中的崭新领域，为生命的起源、进化和系统发育的探索和阐明提供了大量有用的证据，也极大的丰富了自然界微生物种的多样性。微生物作为环境污染物的“清道夫”和污染受损环境的生物修复者，它们对于部分污染物尤其是含芳香环的难降解物的分解和降解，也已从质粒、降解酶基因水平上加以阐明。,微生物学的研究将日益重视微生物特有的生命现象。如极端环境中的生存能力，特异的代谢途径和功能，化能营养、厌氧生活、生物固氮，不放氧光合作用等，对于这些生命过程中物质和能量运动基本规律的阐明将会给人们展示一个诱人的应用前景。由于微生物具有独特和高效的生物转化能力和产生多种多样的有用的代谢产物，为人类的生存和社会的发展进步创造难以估量的财富，因此发展和促进微生物生物技术的应用即微生物产业化，如微生物疫苗、微生物药品制剂、微生物食品、微生物保健品、可降解性微生物制品，等等，将是世界性的生物科学热点，会得到极大的发展。,因此，根据21世纪生命科学的发展趋势和研究热点，在目前已对少数微生物构建遗传物理图谱的基础上，将会全面展开微生物基因组学和后基因组学的研究。微生物基因组的研究必将明显的促进生物信息学的发展和包括比较生物学、分子进化学和分子生态学在内的生物学研究新时代的到来。对具有某种意义的微生物种、菌株进行全基因组的序列分析、功能分析和比较分析，明确其结构、表型、功能和进化等之间的相互关系。阐明微生物与微生物之间、微生物与其他生物之间、微生物与环境因素之间相互作用的分子机理及其控制本质基因机制，将会极大发展微生物分子生态学、环境微生物学、细胞微生物学、微生物资源学的发展。,微生物学的研究技术和方法也将会在吸收其他学科的先进技术的基础上，向自动化、计算机化、定向化和定量化发展，微生物信息学正在孕育中。技术上的重大突破，促使生物科学获得前所未有的高速度发展，开辟斩新的研究领域，进入新的研究深度。使发育分子生物学、神经分子生物学、分子细胞学、分子生理学、分子生态和进化等学科领域的逢勃发展。为改造生物提供强有力的手段，从而使得在分子水平上得新设计、改造和创建新的生物形态和新的生物物种成为可能。基因工程的应用范围可以扩大到食品、化工、环保、采矿、冶炼、材料、能源等众多领域，具有诱人的开发前景。改变已有的基因甚至创造新的物种，这是一项前无古人的崭新工作。,21世纪是生命科学的世纪，生命科学中最活跃的微生物学无疑将有极大的突破性发展，对于推动人类文明的继续进步和人类的可持续生存与发展具有重要影响。,微生物学发展史上的重大事件1,1546Fracastoro提出不可见到生物引起疾病,1676Leeuwenhoek发现了”animalcules”,1765-1776Spallanzani反驳自然发生说,1786Muller提出了第一个细菌分类,1798Jenner介绍了牛痘疫苗,18381839Schwann&Schleiden提出了细胞理论,1857Pasteur证明了乳酸发酵是由微生物引起的,1861Pasteur用曲颈瓶实验证明微生物非自然发生，推翻了争论以久的“自生说”,1864Pasteur建立了巴氏消毒法,18671869Lister创立了消毒外科，并首次成功的进行了石炭酸消毒实验,Miescher发现核酸,18761877Koch证明了炭疽病由炭疽杆菌引起,1881Koch等首创用明胶固体培养基分离细菌，巴斯德制备了炭疽菌苗,1882Koch发现结核杆菌(Mycobacteriumtuberculosis),1883Koch首次发表Koch氏法则。Metchnikoff阐述了吞噬作用。建立高压蒸汽灭菌和革兰氏染色法,1884Pasteur研究狂犬病疫苗成功，开创了免疫学,1887RichardPetri发明了双层培养皿,1889Winogradsky发现硫循环和硝化细菌。Beijerinck首次分离根瘤菌,微生物学发展史上的重大事件2,1890VonBehring制备抗毒素治疗白喉和破伤风,1891Sternberg与巴斯德同时发现了肺炎链球菌,1895Ivanowsky提供烟草花叶病是由病毒引起的证据；Bordet发现互补现象,1896Bchner用无细胞存在的酵母菌抽提液对葡萄糖进行酒精发酵成功,1899Ross证实疟疾病原菌由蚊子传播,19091910Ricketts发现立克次氏体；Ehrlich首次合成治梅毒的化学治疗剂,1928Griffith发现细菌转化,1929Fleming发现青霉素,1935Stanley首次提纯了烟草花叶病毒，并获得了它的“蛋白质结晶”,1943Luria和Delbck用波动实验证明细菌噬菌体的抗性是基因自发突变所致；Chain和Flory形成青霉素工业化生产的工艺,1944