生物医学文献主题标引基础.ppt

生物医学文献主题标引基础,余恩琳汕头大学医学院图书馆elyu,Basicknowledgeofbiomedicalliteraturesubjectindexing,一、基本知识,1.标引（Indexing）的概念：是对文献进行主题分析，从自然语言转换成规范化的检索语言的过程。对文献给予分类号标识的过程，称为分类标引（Classificationindexing）；给予主题词标识的过程，称为主题标引(SubjectIndexing)。-国家标准局GB3860-83文献主题标引规则简言之，标引就是对文献主题分析的结果赋予检索标识的过程。而检索标识，是一种代表文献主题的标记符号。如分类号、主题词、关键词等。2.文献检索标识：外部特征：著者、文献号内容特征：分类号标识主题词标识：关键词（自然标识）单元词、标题词及叙词（人为标识）,3.主题标引的几个基本概念（1）主题词（SubjectHeadings）：也称叙词(Descriptors)，是一些以概念为基础的，经过规范化和优选处理的，具有组配功能，并能显示词间语义关系和动态性的词和词组。是用来揭示文献主题内容，标引和检索文献的一种信息检索语言词汇。主题词主要特点：概念性（concept）:,事物,概念,自然语言,文献信息内容,概念,信息检索语言,注：主题词为实词，指事物的具体层面,规范化（Normalize）:指对自然语言的词形和词义进行限制，使一个词只能表达一个概念，或一个概念只能用一个词来表达，即词和概念是一一对应的关系。通过词表来控制。优选处理（Priority):词表收词有限，不是所有的自然语言词汇都可以作用主题词。通过词频统计确定。组配（Cooperation)语义关系(semanticrelation):指主题词之间的内在联系。主要包括等同关系、等级关系和相关关系动态性（Dynamic)：指主题词表中的词的更新变化。,（2）主题词法（叙词法）是直接以代表事物名称或概念的规范化的名词术语，作为表达文献主题内容的标识符号，并依据这些标识符号的语义和字顺，编排和组织文献检索工具的一种方法。简言之就是利用叙词原理建立检索系统的一种方法。叙词法的基本特征：按文献所论述的事物（即主题）集中文献；用人们日常使用的名词术语经过规范化后直接表达文献所论述的事物；用参照系统等间接显示事物概念之间（即主题之间）的关系；用字顺序列直接提供按事物名称检索文献的途径（即主题检索途径）。,（3）主要主题词（MajorMeSHHeadings,Mjme)对文献核心主题概念的标识。某种实验研究的直接目的和结果；临床疾病的预防、诊断、治疗等主要手段、方法和创新；一篇文献中占篇幅较多的内容等。在MEDLARS-MEDLINE系统中，用加权符号“”表示如：Aspirin/therapeuticuse注：主要主题词对应主题检索中的加权概念,（4）次要主题词（MinorMeSHHeadings,Mime)指对文章论述的次重点概念的标识它们可能是主要标引的组配标引词，为了某种研究目的所提供的载体、条件、方法和手段、治疗学中提到的药物制剂、实验动物类型、人类的性别与年龄组、文献类别、语种等。,（5）组配（Cooperation)按一定规则，用两个或两个以上的主题词（或主题词与副主题词）构成逻辑关系组合来表达一个专指概念的方法。形式：（A）主题词主题词交叉组配病毒性心脏病心肌炎病毒性心肌炎（B）主题词/副主题词限定组配锰/中毒锌/缺乏,4、标引与检索的关系,文献,主题概念,主题分析,规范语,标引过程,课题,主题概念,主题分析,检索过程,检索提问式,词表,检索系统,检索结果,转换,转换,标引是手段检索是目的标引为检索服务,标引和检索关系图，即检索原理图,5、学习文献标引的意义：（1）方便检索，提高检索效率，使查准率与查全率保持合理的水平；（2）了解标引知识，便于专业研究如发表文章标识“中图类号”标识关键词（尽量使用规范化的主题词，提高文章被检索出来的概率，从而提高被引用率）,6.目前常用的几种文献分类法,（1）中国人民大学图书馆图书分类法（2）中国科学院图书馆图书分类法（3）中国图书馆分类法（4）杜威十进分类法（DC）（5）美国国会图书馆图书分类法（LC）（6）美国国立医学图书馆图书分类法（NLMC）,1、中国生物医学文献标引系统中国医学科学院、中国中医研究院联合设计以NLMMEDLARS及汉语主题词表为依托标引依据：MeSH、中医药学主题词表2、医学主题词表（MedicalsubjectHeadings,MeSH）NLM编制，21,000个主题词，83个副主题词（Subheadings)严规范化字顺表，树状结构表（辅表）用途：标引和检索（确保主题标引者和主题检索者在用语上的一致）MeSH对文献作者、读者所使用的自然语言进行规范，主要体现单一性、动态性两个特点,二、主题标引（SubjectIndexing）,单一性：（1）规定概念与主题词的单一对应，即一个主题词只能表达一个概念，决不允许一词多义或一义多词；（2）目的是使讨论同一概念的文献不至于分散，保证检索方便、准确和全面。如：乙酰水杨酸见阿司匹林；KidneyCancer/KidneyTumor/KidneyCarcinomor/Neoplasms,KidneyseeKidneyNeoplasms动态性：指词表的每年增删修订。主题词及副主题词随学科研究的不断深化加以补充和新旧更替,3、医学主题词选词范围（1）器官、组织、细胞A（2）疾病病理学C（3）药物、化学物质、内源性物质和其他物质D（4）操作技术，含诊断、治疗、外科、麻醉、分析E（5）行为医学、心理学及精神病学F（6）有机体：微生物、动植物B（7）生理、生物学G（8）公共卫生保健科学及事业N（9）与医学相关的自然科学H、社会科学I、人文科学K、情报科学等L、工业农业J（10）地理区域Z,4、主题词的基本形式：（1）单个词：Brain、Electrocardiography（2）词组：直接形式：BloodChemicalAnalysis,LungNeoplasms倒置形式：KidneyFailure（字顺表）KidneyFailure,AcuteKidneyFailure,ChronicCardiovascularDiseases（树状结构表）VascularDiseasesHypertensionHypertension,MalignantHypertension,Pregnancy-InducedHypertension,RenalHypertension,Renovascular注：主题词采用倒置形式的主要目的，是使同属某一概念的文献能按字顺相对集中在一起；也方便在检索过程中选词。,免疫和生物因子生物因子生长物质白细胞介素类白细胞介素1白细胞介素2白细胞介素3白细胞介素4白细胞介素5白细胞介素6白细胞介素7白细胞介素8白细胞介素9白细胞介素10白细胞介素11白细胞介素12白细胞介素13白细胞介素14白细胞介素15白细胞介素16白细胞介素17白细胞介素18,BiologicalFactorsIntercellularSignalingPeptidesandProteinsCytokinesInterleukinsInterleukin-1Interleukin-1alphaInterleukin-1betaInterleukin-10Interleukin-11Interleukin-12Interleukin-12Subunitp35Interleukin-12Subunitp40Interleukin-13Interleukin-15Interleukin-16Interleukin-17Interleukin-18Interleukin-2Interleukin-23Interleukin-12Subunitp40Interleukin-23Subunitp19Interleukin-3Interleukin-4Interleukin-5Interleukin-6Interleukin-7Interleukin-8Interleukin-9,（树状结构表）,5、医学主题词表（MeSH)的局限（1）有关中医中药的主题词极少；（2）有些概念不能找到合适的主题词来表达如：药物治疗的量、原发与继发（肿瘤除外）、经常与罕见（3）对某些综合征没有适当的主题词表达，有关反映新技术、新概念的词汇出现仍嫌较晚如SARS（4）地理主题词：美国的地理名词较详，美国以外的国家只有国家名及部分大城市名,6、副主题词（Subheadings）也称限定词（Qualifiers）用于对某个主题词进行限定，将同一主题内容的文献再按照不同的研究侧面作进一步的划分，提高主题词的专指度，以便检索者准确快捷定位自己最关心的文献所在区域；此外还可以扩大词汇量。MeSH词表有83个副主题词，中医药学主题词表有11个副主题词注意：副主题词与主题词相组配使用，但并不是所有的副主题词可以与任何一个主题词随意组配，它有一定的组配限定，而且为适应学科发展，其限定范围及时变更。副主题词常常是事物的通用层面,7、常用副主题词简介（1）Adverseeffects副作用（）用于诊断、治疗、预防或麻醉的药物，化学物质、生物和物理作用物，以及制造的产品在正常用量时引起的不良反应（包括：过敏或特异性反应），也用于诊断、治疗、预防、麻醉、外科手术及其他措施时的副作用或并发症，但不包括禁忌症。例、冷冻疗法的并发症冷冻疗法(CRYOTHERAPY)/副作用例、青霉素引起过敏（Penicilins）,Penicilins/AE或Penicilins/Adverseeffects,（2）Analysis分析（）用于一种物质，其成分或其代谢产物的鉴定或定量测定，注意与/化学、/血液、/尿、/脑脊髓液、/分离与提纯、代谢、/药代动力学等区别例、肝脏的青霉素浓度,青霉素类/分析肝/代谢（3）Biosynthesis生物合成（）用于生物体的活细胞或亚细胞成分的化学物质的形成例、痛风时肝内的氨基酸合成,氨基酸类/生物合成肝/代谢痛风/代谢,（4）Blood血液(BL)（/Urine尿/CerebrospinalFluid脑脊髓液）用于正常或疾病状态血液中的内含物及其分析、检查或变化。不包括血清诊断和血清学，前者用/诊断，后者用/免疫学例、妊娠期中血青霉素G的含量妊娠/血液青霉素G/血液（5）Chemicalsynthesis化学合成（）用于体外分子的化学制备。在生物、细胞或亚细胞领域内形成化学物质时用/生物合成例、青霉素的制备,青霉素类/化学合成,（6）Chemicalinduced化学诱导（）用于人或动物由于化学化合物引起的疾病，综合征、先天性异常或体征。注意用在药物或化学物质名称之后加/副作用、/中毒、/毒性的副主题词作配伍例、与氯喹有关的眼疾病眼疾病/化学诱导氯喹/副作用（7）Complications并发症（）用于疾病同时或随后发生的状态，即同时存在的疾病，并发症或后遗症。注意与/病因学的区别例、眼弓形体病并发的青光眼,眼弓形体病/并发症青光眼/并发症,（8）Contraindications禁忌症（）与药品、化学物质以及生物和物理因素主题词组配，表明在任何疾病或生理状态时可能使这些治疗成为不合适、不需要或不可取，也用于诊断、治疗、预防、麻醉、外科手术或其他操作的禁忌症。注意与/副作用、/中毒、/毒性区别例、孕妇禁用奎宁奎宁/禁忌症妊娠/药物作用（9）Cytology细胞学（）用于单细胞或多细胞生物的正常细胞形态学，注意与/病理学、/超微结构区别例10、胰腺的细胞学胰腺/细胞学,（10）Diagnosis诊断（）用于各种疾病的诊断，包括检查、鉴别诊断及预后，但不包括普查或放射线诊断，前者用/预防和控制，后者用/放射照相术，超声诊断用/超声检查例11、癫痫的脑电描记法诊断癫痫/诊断脑电描记术（11）Diagnositcuse诊断应用（）用于应用化学物质、药物，物理动因来研究某些器官的临床功能或诊断人或动物的疾病。注意与/诊断配伍,（12）Diettherapy饮食疗法（）用于疾病的饮食性或营养性治疗；但不包括维生素和矿物质的补充，后者用/药物疗法例12、消化性溃疡的饮食治疗消化性溃疡/饮食疗法（13）Drugeffects药物作用（）用于药物和化学物质对器官、部位、组织或机体的生理和精神过程作用。注意药物要与/药理学组配配伍例13、青霉素G对心脏的影响青霉素G/药理学心脏/药物作用,（14）Drugtherapy药物疗法（）用于疾病通过投给药物，化学物质及抗生素来治疗或预防疾病，不包括免疫治疗或生物制品治疗，后者用/治疗，注意与/饮食疗法、/放射疗法的区别，可与/治疗应用配伍（15）Etiology病因学（）用于疾病以探讨致病原因，包括微生物、环境和社会因素，起病因作用的个人习惯等，包括致病机理，如果引起疾病的因素是药物，应用/化学诱导可与/并发症配伍,（16）Immunology免疫学（）用于组织、器官、微生物、真菌、病毒和动植物的免疫学研究，包括疾病的免疫方面，但不包括用于诊断、预防或治疗等目的免疫手段，这些应用/诊断、/预防和控制、/治疗等，例14、痛风的抗体形成痛风/免疫学抗体形成例15、痛风的血清学诊断痛风/诊断血清诊断,（17）Metabolism代谢（）用于器官、细胞和亚细胞结构、生物和生物化学变化及代谢。也用于药物或化学物质的合成代谢（由小分子转化成大分子）及分解代谢（即由复杂物质裂解成简单物质）。但/生物合成、/酶学、/分泌、/药代动力学另有专门副主题词例16、精神分裂症时脑的血清素代谢血清素(Serotonin)/代谢脑(Brain)/代谢精神分裂症(Schizophrenia)/代谢,（18）Microbiology微生物学:用于器官、动物、高等植物和疾病的微生物学研究；（）Parasiology/寄生虫学:用于动物、高等植物、器官和疾病的寄生虫因素，不用于诊断中暗示的寄生虫因素；（）Pathogenicity/致病力:用于微生物、病毒、寄生虫对人和动物引致疾病的能力（）例17、从牛的肠道中分离出真菌真菌/分离和提纯肠/微生物学牛/微生物学,(19)Pathology病理学（）用于疾病状态的器官、组织和细胞的结构，注意与/解剖学和组织学、/细胞学、/超微结构区别例18、正常的肝细胞和病理性肝细胞肝/细胞学肝/病理学(20)Pharmacology药理学（）用于药物和投给的化学物质对组织和机体的作用，包括对生理和对生物化学过程的加速抑制及其药理作用机理。例19、新斯的明对呼吸动力的影响,新斯的明/药理学呼吸/药物作用,(21)Physiology生理学（）用于器官、组织、单细胞和多细胞生物的正常功能，也用于内源性生化物质所产生的生理作用。例20、肝脏的功能,肝/生理学(22)Physiopathology病理生理学（）用于疾病状态时器官的功能失常。例21、肝炎时的肝功能,肝炎/病理生理学肝/病理生理学,(23)Poisoning中毒:（）用于人及动物对药物、化学物质和工业原料的中毒，包括急性的、慢性的、偶然的、职业的、自杀的、投药错误的和环境污染所致的各种中毒，注意与/化学诱导配合使用,注意使用先组主题词(如：一氧化碳中毒)例22、服巴比妥酸盐自杀巴比妥酸盐类/中毒自杀例23、阿司匹林中毒引起胃炎阿司匹林/中毒胃炎/化学诱导或阿司匹林/副作用(+)(24)Prevention中西药合并治疗时用“中西医结合疗法”;以气功、推拿等非药物疗法治疗时用相应的副主题词;正骨、刮搓等非药物疗法及中医综合疗法用“中医疗法”。（44）中医疗法（）与疾病、症状、证候主题词组配,指以中医基础理论为指导,用诸如正骨、括搓、割治、括痧、发泡等治疗;但不包括投给中药、针灸、穴位、气功、按摩、中西医结合等疗法,因已有相应的副主题词;该词也用于中医的综合疗法。,8、副主题词的配伍（小结）（1）两种疾病因果关系已经确定（A由B引起）A疾病/病因学B疾病/并发症例27、“血色素病引起的关节疾病”（2）两种疾病合并发生，但未说明因果A疾病/并发症B疾病/并发症例28、“一例隐球菌病并发的糖尿病”（3）用于使用某种药物治疗某种疾病疾病/药物疗法药物/治疗应用如：“秋水仙碱治疗痛风”,（4）某种疾病时，某器官的解剖结构（病理解剖）疾病/病理学器官/病理学（5）由某药物或化学物质引起的某种疾病疾病/化学诱导药物/副作用（6）医疗技术产生的某种疾病，如剖腹产引起膀胱瘘疾病/病因学技术/副作用,（7）某药物或化学物质对某器官的效应器官/药物作用药物/药理学（8）药物或化学物质对病原体作用机理病原体/药物作用药物或化学物质/药理学,9、副主题词的树形扩展结构表（小结）分析（AN）血液（BL）脑脊髓液（CF）分离和提纯（IP）尿（UR）副作用（AE）中毒（PO）毒性（TO）,病因学(ET)化学诱导(CI)并发症(CO)继发性(SC)先天性(CN)胚胎学(EM)遗传学(GE)免疫学(IM)微生学(MI)病毒学(VI)寄生虫学(PS)传播(TM),解剖学和组织学（AH）血液供给（BS）细胞学（CY）病理学（PA）超微结构（UL）胚胎学（EM）畸形（指器官，注意与先天性区别,后者指疾病)(AB)神经支配（IR）,生理学（PH）遗传学（GE）生长和发育（GD）免疫学（IM）代谢（ME）生物合成(BI)血液(BL)脑脊髓液(CF)缺乏(DF)酶学(EN)药代动力学(PK)尿(UR)病理生理学(PP)分泌(SE),组织和管理(OA)经济学(EC)立法和司法(LJ)人力(MA)标准(ST)供应和分配(SD)发展趋势(TD)利用(UT),化学(CH)激动剂AG类似物和衍生物AA拮抗剂和抑制剂AI化学合成CS,诊断病理学放射照相术放射性核素成像超声检查,统计学和数值数据流行病学人种学死亡率供应和分配利用,治疗应用投药和剂量副作用禁忌症中毒,治疗饮食疗法药物疗法护理预防和控制放射疗法康复外科手术移植,药理学投药和剂量副作用中毒毒性激动剂拮抗剂和