openmpi+lsf集群搭建教程

Openmpi+lsf 分布式计算集群搭建教程有问题请联系：1. 配置防火墙正确配置防火墙的过滤规则，否则会阻挡NFS文件系统的正常使用和mpirun任务的远程投递。在这里，考虑到局域网内只有登陆节点可能对外网开放，所以关闭了登陆节点外的所有其他节点的防火墙。相关命令如下：service iptables start|stop|status|restart 或/etc/init.d/iptables start|stop|status|restart 这两种方法，即时生效但重启后复原chkconfigiptableson | off 重启后永久生效2. 配置集群局域网ip和各主机名的映射修改文件etc/hosts，最好保持用户名和主机名一致。相关命令如下：hostname显示主机名，hostname name修改主机名为name，即时生效但重启后还原。3. 配置NFS共享文件系统配置共享文件系统后，尽量把所有软件以及用户家目录都放在里面，会给以后的工作带来极大的方便。首先需要安装portmap和nfs两个套间。可以使用rpm qa | grep nfs(portmap)检查是否安装（用这个命令发现我的主机里好像没有没有安装portmap，但也能用nfs，以后再研究为什么）。在nfs server上启动nfs和portmap服务，配置/etc/exports文件，然后运行exportfs命令。然后在client上也要上启动nfs和portmap服务，然后mount共享目录。提示：可以通过配置/etc/fstab文件来自动挂载共享目录。相关命令如下：/etc/rc.d/init.d/portmap start|stop|status|restart/etc/rc.d/init.d/nfs start|stop|status|restartexportfs ar 每次修改/etc/exports文件后都要运行一下这个命令。showmount -e 0在客户端使用此命令检查NFS SERVER上export出来的目录showmount a一般在NFS SERVER上用，显示已经mount上本机nfs目录的client机器mount -t nfs hostname(orIP):/directory /mount/point在client上挂载共享目录。4. 配置NIS服务添加用户时，若在每台主机上配置用户信息，工作量太大且重复。这个问题可以通过配置一台NIS服务器来解决，所有主机都可以到NIS服务器上查找用户信息。NIS（Network information service）又叫YP（Yellow Pages，电话簿的意思）。server端配置：yum install yp* 安装NIS相关套件yum install xinetd 安装xinetd服务，其中包含有time服务。修改disable=no，然后：service xinetd restartnisdomainname cluster在/etc/sysconfig/network中加入一行NISDOMAIN=cluster配置ypserv.conf 添加三行：/ : * : * : none/ : * : * : none* : * : * : denyservice ypserv restart service yppasswdd restart/usr/lib64/yp/ypinit m 创建数据库，之后要重启ypserv和yppasswddclient端配置：nisdomainname cluster在/etc/sysconfig/network中加入一行NISDOMAIN=cluster配置/etc/yp.conf 添加两行：domain cluster ypserver hostm配置/etc/passwd 添加两行：+:配置/etc/nsswitch.conf passwd: files nis nisplus shadow: files nis nisplus group: files nis nisplus hosts: files nis dns service ypbind restart 5. 配置ssh无密码登陆先确保所有主机的防火墙处于关闭状态，若要主机B无密码登陆主机A，则要配置主机A，在主机A用户家目录中建立.ssh目录，cd进去之后上执行如下：$ssh-keygen -t rsa然后一直回车键，就会按照默认将生成的密钥保存在.ssh/id_rsa文件中。$cp id_rsa.pub authorized_keys这步完成后，正常情况下就可以无密码登录本机了。$scp authorized_keyssummerB:/homename/.ssh 把刚刚产生的authorized_keys文件拷一份到主机B上.$chmod 700 /.ssh $chmod 600 /.ssh/authorized_keys$chmod 600 authorized_keys 进入主机B的.ssh目录，改变authorized_keys文件的许可权限。建立共享目录后：把用户家目录放在共享目录中，这样所有的主机都是在访问同一个目录，在其中建立.ssh后，就不用再把authorized_keys文件拷贝到所有的机器上就能配置成功ssh无密码登陆。在/etc/ssh/ssh_config文件中添加StrictHostKeyChecking no，这样在第一次ssh登陆时，系统不会再提示是否将主机加入到known hosts中。6. 安装并配置openmpi安装openmpi的一半配置如下：./configure CC=icc CXX=icc FC=ifort -prefix=/opt/openmpi/ -enable-stat