生物信息学分析 (作业模板)VIP

生物信息学课程课题名称学本xx专业(XX大学1乳腺癌转移抑制基因BRMS1在巴黎对同族基因CG4400的生物信息学分析)摘要：乳腺癌是西方国家女性中发病率最高、死亡率最高的癌症之一，癌症转移是癌症死亡率最高的最大原因，因此研究与癌症转移相关的基因非常重要。与癌转移相关的基因分为癌转移促进基因和癌转移抑制基因。BRMS1是新发现的乳腺癌抑制基因，由于人和老鼠在研究其分子作用机制方面存在困难，因此用果蝇作为模式动物进行研究。本文通过对CG4400蛋白质序列的生物信息学分析，从果蝇中BRMS1基因的同源性，获得了有关蛋白质结构的一些预测信息，以指导今后的工作。关键词：乳腺癌转移抑制基因BRMS1 CG4400生物信息学分析背景介绍西方国家乳腺癌是女性中发病率和死亡率最高的癌症之一1。在美国，从1970年到现在，人口的乳腺癌死亡率几乎没有变化2。当肿瘤仅限于乳房时，乳腺癌的治愈率超过90%。癌细胞转移的情况下，长期存活率取决于癌细胞扩散的程度和位置。转移到器官和大脑最危险，5年存活率下降到20%以下。癌转移是在转移过程中癌细胞在原发肿瘤的位置扩散，在其他器官形成第二次肿瘤的多阶段过程4。癌症转移是癌症患者的主要死亡原因。癌症的发生和转移是细胞遗传学变化的积累，被广泛接受。因此，找出与肿瘤形成和转移相关的基因，了解其分子机制是必要的，这也成为当今生物学家研究的热点。与乳腺癌转移相关的基因分为两类：ras、MEK1、mta1、proteeinases、adhesion molexis、chemoattractants/recptors、autot axin还有不影响Nm23、e-cadherin、tims、kiss 1、kai 1、MAS pin、mkk4、brms1等原发肿瘤生长，只抑制其转移的基因。这里需要注意的是，转移抑制基因和肿瘤抑制基因的区别，肿瘤抑制基因不仅减缓了原发性肿瘤的生长，还抑制了肿瘤转移5。到目前为止，对癌症转移抑制基因作用的分子机制所知甚少，只有Nm23基因得到了更好的研究。研究表明，NM23与Ras相关蛋白质GTPase Rad交互作用，6，NM23系列的成员NM23H1还控制Rho系列的GTPase7。生物信息学课程挑战2本文主要讨论乳腺癌转移抑制基因breakst metastasis suppressor 1(brm S1)。该基因首先利用差异显示，将具有抑制癌症转移的人类11号染色体的MDA-MB-435细胞与其父母转移力的细胞进行比较，位于人类染色体的11q13.1-q13.2部位，该部位在晚期乳腺癌细胞中经常发生变化。BRMS1的稳定转染大大减少了MDA-MB-435和MDA-MB-231乳腺癌细胞的转移性，不影响肿瘤的发生8。在老鼠的乳腺细胞系及人的黑色素瘤细胞系中，该基因也表现出抑制转移的活性5。迄今进行的研究表明，BRMS1在MDA-MB-435细胞中的表达可以改变细胞之间的间隙连接，使其与正常乳腺细胞9相似。BRMS1与血管生成蛋白1(pbp 1)和msin 3 histone deacetylase complex(hdac)形成复合，抑制某些基因的转录，转录调控是BRMS1抑制癌细胞转移的机制但是BRMS1抑制癌症转移的作用机制还不清楚。BRMS1基因高度保守，氨酸水平下老鼠的BRMS1基因和人类的同源性达95%，提醒苍蝇在研究BRMS1的分子机制时使用经典低等模型动物。过去的研究结果是在人类乳腺癌细胞株或老鼠上进行的，由于伦理等原因，不可能对人进行生物实验，这不是真正意义上的体内检查，结果也与实际有一定的偏差；老鼠的遗传背景比较复杂，考试费用也比较高，所以利用果蝇研究非常保守的基因的作用机理有很多优点，例如传递很多的工具，遗传背景明确，生活周期短，成本低的工具等。对人类乳腺癌转移的研究可以参考果蝇的研究结果。以前苍蝇对肿瘤抑制基因研究和癌症转移抑制基因筛选有用的报道11，12，13。本文的目的是通过生物信息学分析Drosophila中BRMS1基因的同系基，引导今后的研究工作。方法和结果方法和结果首先提交给NCBI(在首次发现人类BRMS1基因的文章中提供)的相应依据是根据cDNA的序列号AF159141从NCBI中检索相应的cDNA序列，如下所示：gi | 9828166 | GB | af 15141.1 | af 15141 homo sapies breakst cancer metastasis-suppressor 1(brm S1)mrna，Completegi | 9828167 | GB | AAG 00075.1 | af 15141 _ 1 breakst cancer metastasis-suppressor 1homo sapiesmpvqppskdtees生物信息学课程挑战4核心产品生产指令分配：(bits)value q9v yi 2cg 4400 proein(LD 14895 p)。127 5e-30q 8 ms 11 re 74901 p . 62 5e-10q 9 vwg 2cg 14220 proein . 62 5e-10q 9 vhg 1cg 8454 proein(re 6605 p)。35 0.060 q9v 385 pnut protein(LD 37170 p)。32 0.39 pnut _ drome peanut protein . 32 0.39 q9v 951cg 9945 protein(at 18160 p)。28 4.3 q9vts 7cg 6793 protenin . 28 4.3 KL 61 _ drome bipolar kine sin krp-130(kine sin-like proein klp 61f)。28 4.3 AAF 47436CG 18214-pa(CG 18214-PC)。28 5.6 q9 w 0 rho family guanine nucleotide exchange factor trio(guanine-28 5.6 q8 IgY 6 re 05346 p)。28 7.3 q9 vua 3cg 3237 protein . 28 7.3 q8 SWR 2 re 18568 p(CG 3237 protein)。28 7.3 q8 imx 3CG 6129-PC . 27 9.5 q9 vcd 1CG 6129-Pb . 27 9.5 q8 IQ 08CG 2808-pa . 27 9.5 q8 ms n3 at 16851 p . 27 9.5 q9 vef 5CG 7379 protein(GH27.9.5结果表明，果蝇中的CG4400基因是BRMS1基因的同族。在Flybase中找到有关CG4400基因的信息，CG4400位于果蝇x染色体的11D1区域，其蛋白质序列为CG4400-PA type=protein，Loc=x 3360 complement(12639007.12639348，12639596.12639840、12639908.12640097)；ID=CG 4400-PA；name=CG 4400-PA；Db _ xref=fl