用ClustalX做多序列比对分析_第1页
用ClustalX做多序列比对分析_第2页
用ClustalX做多序列比对分析_第3页
用ClustalX做多序列比对分析_第4页
用ClustalX做多序列比对分析_第5页
已阅读5页，还剩2页未读， 继续免费阅读

下载本文档

版权说明：本文档由用户提供并上传，收益归属内容提供方，若内容存在侵权，请进行举报或认领

文档简介

用ClustalX做多序列比对分析图示1、打开程序如下图所示：2、Load Sequnce, 载入序列如下图所示：fasta格式的文件关键不在于文件名的后缀是什么，而是在于序列的格式。fasta的格式是：1、第一行以开头，紧接着序列的注释和描述。2、第二行是纯序列atgcg.其他序列再起一行，如此下去就可以了。如：seq1 |this is a exampleatgattggaacttgacgt.seq2 |this is another examplettgagttgaccgtgacgtgag.3、选择序列文件，FASTA格式的如下图所示：4、用文本编辑器察看FASTA序列文件内容，这里用的是记事本，推荐用EditPlus或者Ultraedit如下图所示：5、序列Load进去之后如下图所示：6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可，无须修改比对参数如下图所示：7、点Do Complete Alignment之后弹出的文件对话框，.dnd的是输出的指导树文件，.aln的是序列比对结果，它们都是纯文本文件如下图所示：点“ALIGN”之后开始等待，如果序列不多，很快就可以算完，如果数据很多，可能要等一段时间，这时候可以用眼睛盯着ClustalX的状态栏，那里会有程序运行状态和现在正在比对那两条序列的提示信息，看看可以消磨时间。8、比对结束之后，我们可以看到这个结果如下图所示：9、这时候我们可以发现ClustalX已经生成了.dnd和.aln两个文件，仍然用文本编辑器打开来看，这时.aln文件，这个文件可以用Mega2做进一步的bootstrap进化树分析如下图所示：10、这是.dnd文件（指导树）如下图所
人人文库> 全部分类> 行业资料 > 管理策划

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明，都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等，如果需要附件，请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸，网页内容里面会有图纸预览，若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑，并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容，请与我们联系，我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论