LncRNA全国讲座ppt教学提纲.ppt

长链非编码RNA研究思路,“Learner25(18):1915-27,lncRNA调控方式案例,ncRNA调控,lncRNA反式与顺式调控,lncRNA的反式调控方式,ncRNAPANDA募集转录因子NF-YA，启动细胞凋亡通路,反式调控,Cell2011ncRNA-andPc2Methylation-DependentGeneRelocationbetweenNuclearStructuresMediatesGeneActivationPrograms,lncRNA的顺式调控方式稳定RNA,NatureMedicine2010ExpressionofanoncodingRNAiselevatedinAlzheimersdiseaseanddrivesrapidfeed-forwardregulationof-secretaseexpression早发老年性痴呆病中BACE1-AS高表达导致BACE1mRNA稳定性增高，蛋白积聚，体现了ncRNA的毒性效应,BACE1,BACE1-AS,拷贝数,染色体定位,表达,Science案例分析,其明成功案例,IF:31.027,所涉及的实验技术,实验材料,实验结果,芯片结果聚类图,测序结果散点图,back,Northernblot,lncRNA-DC在免疫细胞中的表达情况,lncRNA-DC在DC/mono细胞群中的表达情况,back,ChIP-Seq与ChIP-PCR结果,back,荧光素酶报告分析，验证转录因子结合区域,荧光素酶报告实验,back,LNC-DC行驶的细胞功能研究,干扰结果,过表达结果,back,小鼠干扰模型,抑制DC细胞分化,back,通过STAT3的RIP实验验证,RIP&RNAPulldown,Lnc-DC与STAT3相互结合,back,进一步验证Pulldown和RIP的结果,细胞定位实验,back,结果表明，lnc-DC的3末端序列（265-417）与STAT3的C端结合（583-770）。STAT3的活化依赖C端Tyr705的磷酸化。,截断突变实验,back,研究结果表明，S3I-201处理的细胞系与RNAi干扰后的细胞系在基因表达差异方面非常相似。,药物干预,思路,高通量检测生物信息分析,表达、定位验证,上游验证,功能验证,下游验证,为何选择HTA2.0联合检测,HTA2.0优势,可变剪切生物信息学分析,HTA2.0可变剪切变得如此简单,AffymetrixTranscriptomeAnalysisConsole2.0(TAC2.0)Software,引物设计,与PCR验证的吻合度,案例,IF:10.143,案例,IF:4,IF:11.139,基因组位置分析生物信息学分析,lncRNA基因组位置关系分析,上游,下游,反义链,正义链,LncRNA基因组结果应用,非编码RNA调控生物信息学分析,共表达网络长链非编码RNA与编码基因互作,Hepatology2011,LncRNA-mRNA相互作用网络应用,通过网络找到调控lncRNA最多的转录因子同时找到能被不同转录因子调控最多的lncRNA使用德国Biobase数据库商业版数据库,lncRNA反式分析TF-lncRNA-network,新视角反馈环路分析,AffymetrixPromoter1.0RArray,AffymetrixHTA2.0,新视角前馈环路分析,蓝色线表示两点之间的关系需要计算,绿色线表示两点之间的关系通过转录因子的预测得到,competingendogenousRNAs(ceRNAs)分析,案例,IF:38.597,深灰色：激活,浅灰色：抑制,案例,IF:7.357,lncRNA相关芯片与分析服务,其明生物值得信赖的合作伙伴,上海其明介绍,硬件平台,软件平台,上海其明优势,施沫全国统一服务电话：40030-40060公司电话211手机：