多基因联合建树图解教程(引用高老师)

多基因共树图形教程(教师原创引用)工具(高老师原创引用)MAFFT(多序列匹配和序列排序)、SequenceMatrix(多源数据合并)、PAUP(同质检查)和Mrbayes(支持源数据集构建)进程1.匹配和排序序列号要一次匹配多个项目并排序序列名称，请在MEGA中打开序列。排序的目的是通过单击MEGA匹配浏览器界面左上角的“Species/Abbrv”导出升序/降序排序、Fasta格式的多序列匹配文件，如上图所示。2.序号合并运行SequenceMatrix，然后从菜单中依次单击import-add sequence，如下图所示。导出过程中，如果系统询问是否将空缺标记为问号，最好选择“全部否”。添加不同基因的多个匹配序列，然后单击菜单栏上方的“Export”，导出nexus文件的合并序列文件。你可以在这里看到不同基因的前后顺序。导出的nexus具有序列长度的id，最好使用软件(如PAUP)进化地格式化序列文件，并将其另存为非interleaved的nexus文件。同质性检查同种检查(Testing for homogeneity)中两种方法的参考脚本：(1)不匹配长度差异检查(in congruence length difference test，ILD test)-是的-是的Begin setCHARSET 01p 1=1-825；CHARSET 02 HC=826-2220；CHARSET 03 vpg=2221-2784；char partition genes=gene 1:1 p 1，gene 2336032hc，gene 333333003 vpgEndBegin PAUPLog file=ildtest.loghom part partition=genes n reps=100/start=stepwise add seq=random n reps=10 savereps=no randomize=add seqeqLog stopEnd-是的-是的(2)同质性检查(Partition homogeneity test，PHT)-是的-是的Begin setschar partition favored=1:1-825，233603826-2220，33369221-2784；EndBegin pauphom part partition=favored n reps=100 search=band b；End-是的-是的仅显示将上述参照文件添加到步骤2中合并的nexus文件末尾的ILD Test检查，如下图所示添加完脚本后，在PAUP中添加脚本，然后打开nexus文件，如下图所示异构性检查完成后，日志文件(* .log)作为检查结果创建在同一目录中。最好不要一起分析这些数据集，因为p值0.01使数据集可组合，并且大大小于不可组合阈值0.05。但是，随后的相关研究表明，即使p值小于0.01，也可以联合分析数据集。4.多基因建淑结合4.1无数据分割：组合数据集被视为一个整体，仅计算整个核苷酸替代模型，操作方法不再说明，如重组单个基因的系统发育。4.2 data spartition(数据分区):组合数据集中每个基因对应的核苷酸替代模型。当前支持分区的软件包括RaxML、Mrbayes、BEAST等。以下是Mrbayes的引用脚本：Begin mrbayesCHARSET 01p 1=1-825；CHARSET 02 HC=826-2220；CHARSET 03 vpg=2221-2784；CHARSET 04CP=2785-3585；partition gene=43360 01 P1，02hc，03 vpg，04cpSet partition=genelset apply to=(1)NST=6 rates=prop inv；lset apply to=(2)NST=6 rates=inv gamma；lset apply to=(3)NST=6 rates=gamma；lset apply to=(4)NST=6 rates=prop inv；PRSP pple tyto=(all)statefreqpr=dirich let(1，1，1)；MCM C