论大豆矮秆突变基因的ssr标记

1论大豆矮秆突变基因的SSR标记摘要高秆大豆9103经EMS诱变处理，获得矮秆突变系9103127。高秆和矮秆亲本的基因组DNA经SSR引物PCR扩增检测，根据电泳条带差异，筛选出差异性引物。经杂交自交后获得F3群体，进行BSA分池，组建高秆群体基因池和矮秆群体基因池，对筛选出来的差异性SSR引物进行进一步验证，获得了与大豆矮秆突变基因连锁的特异性差异引物SATT452，并计算出了可能的连锁距离。关键词大豆，矮秆，突变基因，SSR，SATT452，遗传距离ABSTRACTWITHHIGHSTEMSOYBEAN9103BEINGINDUCEDBYEMS,WEGOTDWARFSTEMMUTANTLINE9103127THEGENOMEDNAOFPARENTALHIGHANDDWARFSTEMSOYBEANWASAMPLIFIEDBYPCRWITHSSRPRIMER,THENSELECTTHESPECIALPRIMERSACCORDINGTOTHERESULTSOFELECTROPHORESISWEGOTF3GENERATIONAFTERHYBRIDIZATIONANDSELFCROSSION,CARRIEDONTHESEPARATIONOFBSAPOOLS,THENCONSTRUCTTHEHIGHSTEMGENEPOOLANDDWARFSTEMGENEPOOLTESTTHESELECTEDSSRPRIMERUSINGTHEGENEPOOLANDCALCULATETHEPOSSIBLELINKAGEDISTANCEKEYWORDSOYBEAN，DWARFSTEM，MUTANTGENE，SSR，SATT452，GENETICALDISTANCE1绪论大豆GLYCINEMAX是一种有重要经济价值的饲料和油料作物。大豆种子中蛋白质与脂肪的含量可分别达40和20。目前，大豆已成为一种重要的国际性经济作物，在美国、巴西、阿根廷、中国和印度等国家广为种G7905。11作物矮杆性状与矮化机制研究111作物矮杆性状G1186广G1053G990G16774，作物的矮G10995性是G6363成G10099G7411作物G7678高G8616G8503G5132G7905G7678G13565G11713的遗传特性。根据G7678高G13565G11713的G12255度，可G4570广G1053的矮秆分成G2334矮秆、矮秆和G7509矮秆3种G12879G3423。矮秆G10433G1053G17902G5132G6363成G10099G7114G7905G7678高度等G1122G6122G1314G1122G2419G8503G5132G7905G7678高度一G2334的矮秆突变系G727G2334矮秆G2029是G6363G7678高G1183G1122矮秆和G8503G5132高度G1055G19400的G12879G3423。作物经G5132G2469G10995矮秆变异，G1306在G13958种G4466G17353中并G19762G1231G1321矮秆变异G18129有G14403G3921的G2045G11004价值，G17902G5132G4570可G2045G11004的矮秆G7460料G12228为G256矮G9316G257。矮秆G2709种的选G13958和G6524广是20G1002G13438G13958种G5049作G7380G1039要的成G13501G1055一。G1306是，目前国G1881G3818G13958种可G2045G11004的矮G9316G2325分G17151G1059，矮秆基因的G2345一G2282G6164引G17227的G9520在G2373G19517性G17246来G17246引G17227G13958种G5049作G13785的重G16282。2112作物的矮化机制G7905物矮G2282是一种重要性G10378，是G4403G5515G4584建G12447遗传G16280G5471G7114G6164G11004的性G10378G1055一。G11752G12362G15932G7138G7905G7678矮G2282是矮秆G1039基因G15932达作G11004的G13479G7536，G2528G7114G1075G2475G2052G1474G20292基因G6122G6245G2058基因的G5445G2721。一G14336G16760为G7905G7678的矮G2282是G11013G1122G14422G19400G19283度G13565G11713G6122G14422G19400G6980G1955G4581的G13479G7536，G1075可能是G1016G13785G1861G2528作G11004的G13479G7536。G11752G12362G2469G10628G14422G19400G19283度与G13466G14002G6980目G2588高度G8503G11468关，G13792与G13466G14002G19283度G7092G7186G14891G11468关性，G15932G7138G14422G19400的G13565G11713可能是G13466G14002G6980目G1955G4581的G13479G7536。矮秆基因对GA3的G2524成有G19471G11873作G11004，G1000在G1314G9213条G1226G991G17837种作G11004增G5390，G1186G13792G4560G14280G7905G7678矮G2282G727G1075可能是G11013G1122存在矮秆基因的G6245G2058基因，该G6245G2058基因在G1314G9213G991不G15932达，因此在G1314G9213条G1226G991才G15932G10628矮G2282。G7905物矮G2282突变总体G990是G11013G1122茎不能G8503G5132伸G19283引G17227的，因此，作物矮G2282应该和激素G1055G19400具有密切的联系。12大豆矮杆突变体121突变性状研究突变在作物G13958种和遗传G11752G12362中具有广泛应G11004价值。在G13958种G990，诱G2469突变已成为各种作物创造G2419始G7460科的G1039要方法G1055一。突变在大豆G13958种中尤为重要，G11013G1122大豆人G5049杂交的效率很G1314，获很大量杂交种很困难，因此给大豆有益特征和性G10378的重组带来很大局限性。在遗传G990，突变G1039要G11004作标志性G10378。目前大豆G990已经获得许多具有G13958种G2045G11004和遗传G11752G12362价值的突变体。大豆突变体是大豆遗传G11752G12362和培G13958G2709种的物质基础，具有优G14403性G10378的突变，如矮秆、抗性等，不仅可以作为种质资G9316直接G11004G1122G2709种的遗传改G14403，G13792G1000，G1075可为分离和克隆G11468关基因提供基础G7460料，因此突变体的诱G4560，筛选鉴定，G4570是功能基因组学G11752G12362的一项重要基础。122矮秆大豆的特征特性（1）株型紧凑收敛，适于高度密植G11752G12362G6363出叶片G17246小，遮荫面积就G17246小G727G2528样，茎与叶片的夹角G17246小，遮荫面积G1075就G17246小，群体G1881的透光性G1075就G17246G3921，有G2045G1122创高产。（2）群体光能利用率高，增产潜力大矮秆、G2334矮秆大豆G7678G3423紧凑适G2524高度密G7905，增加了绿色面积，即光G2524面积和G7380适叶面积系G6980增大，提高了群体光能G2045G11004率，因G13792能G4570更多的光G2524产物分配G2052G13479G4466器官中去，G1186G13792提高产量。G11013G1122矮秆、G2334矮秆大豆G7905G7678较矮，可使消耗G1122茎秆G10995G19283的营养物质G11468对G1955G4581，G1186G13792使雌性器官在G10995G19283G2469G13958过G12255中得G2052较多的养分供应，提高G13479G4466率，G1955G4581瘪荚率和瘪粒率，进G13792提高大豆籽粒产量。（3）植株粗矮、节间短，抗倒伏能力强矮秆大豆G7905G7678较矮G1039要是G11013G1122G14422G19400G19283度G13565G11713造成的，G14422G19400G6980并未G1955G4581，G1186G13792降G1314了G7905G7678的重心位置，G15932G10628出高度的抗倒伏性。3矮秆大豆并G19762G17246矮G17246G3921，G7905G7678过矮会引G17227叶层过G1122郁密，光G2524性能降G1314，G17902风不G14403，病害蔓延，茎叶早衰，G7905G7678过矮G1075不G2045G1122机械G2282收获，一G14336说来，G7905G7678高度以5070厘米为宜。13SSR标记及其应用131微卫星标记新型的分子标记G10995物的基因组中，特别是高等G10995物的基因组中含有大量的重复序列。重复序列又可分为串联重复序列和G6967G5079重复序列。G1866中，串联重复序列是G11013G11468关的重复G2345位G20330位G11468连、成串G6502列G13792成的。目前G2469G10628的串联重复序列G1039要有G1016G12879一G12879是G11013功能基因组成的如RRNA和组蛋白基因G727G2490一G12879是G11013G7092功能的序列组成的。根据重复序列的重复G2345位的G19283度，可G4570串联重复序列分为G2367G7155DNA、G5506G2367G7155DNA、小G2367G7155DNA等。G5506G2367G7155DNA又G2495G12628G2345重复序列，G6363的是基因组中G1101316G1022G7692G14539G18252组成的基本G2345位重复多G8437G7512成的一G8585DNA，广泛分G5079G1122基因组的不G2528位置，G19283度一G14336在200BP以G991。G11752G12362G15932G7138，G5506G2367G7155在G11507G7692G10995物的基因组中的含量G19762G5132G1028G4512，G13792G1000G5132G5132是G19555机分G5079G1122G7692DNA中。G5506G2367G7155中重复G2345位的G6980目存在高度变异，G17837G1135变异G15932G10628为G5506G2367G7155G6980目的G6984G1505性变异G6122重复G2345位序列中的序列有可能不G4448G1852G11468G2528，因G13792造成多G1022位G9869的多G5589性。如G7536能G3827G4570G17837G1135变异G6593G12046出来，就能G2469G10628不G2528的SSR在不G2528的种G10990G14279不G2528G1022体G19400的多G5589性，基G1122G17837一G5831法，人G1216G2469G4649了SSR标G16772。G11013G1122基因组中G7588一特定的G5506G2367G7155的G1403G13776序列G17902G5132G18129是G1457G4444性较G5390的G2345一序列，因G13792可以G4570G5506G2367G7155G1403G13776的DNA片G8585克隆、测序，G9994后根据G5506G2367G7155的G1403G13776序列就可以人G5049G2524成引物进行PCR扩增，G1186G13792G4570G2345G1022G5506G2367G7155位G9869扩增出来。G11013G1122G2345G1022G5506G2367G7155位G9869重复G2345G1815在G6980量G990的变异，G1022体的扩增产物在G19283度G990的变G2282就产G10995G19283度的多G5589性，G17837一多G5589性G12228为G12628G2345序列重复G19283度多G5589性SSLP，G8611一扩增位G9869就G1207G15932了G17837一位G9869的一对等位基因。G11013G1122SSR重复G6980目变G2282很大，G6164以SSR标G16772能G6593G12046G8616RFLP高得多的多G5589性，G17837就是SSR标G16772的G2419理。与G1866G4439分子标G16772G11468G8616，SSR标G16772具有以G991优G98691G6980量G1028G4512，G16218G11434G6984G1022基因组，G6593G12046的多G5589性高G7272具有多等位基因的特性，提供的G1461G5699量大G7273以G4403G5515G4584方G5347遗传，G2588G1861G7186性G7274G8611G1022位G9869G11013G16786计的引物序列G1927定，G1427G1122不G2528的G4466验G4472G11468G1126交G8981G2524作G5332G2469引物。因G13792目前该G6228G7427已广泛G11004G1122遗传G3282G16901的G7512理、目标基因的标定、G6363G13453G3282的G13484G2058等G11752G12362中。G1306应G11487G2052，SSR标G16772的建G12447G20330G1820要对G5506G2367G7155G1403G13776序列进行克隆、测序、人G5049G16786计G2524成引物以G2462标G16772的定位、作G3282等基础性G11752G12362，因G13792G1866G5332G2469G17165G11004G11468G5415高，各G1022G4466验G4472G5529G20047进行G2524作才能G5332G2469更多的标G16772。G11013G1122SSR标G16772具有较大的应G11004价值，G1000种G4658特异性较G5390，目前在一G1135G1039要的G1904作物中SSR标G16772G11752G12362G2474得了很大的进G4649。132大豆中的微卫星标记大豆的基因组G13434为1100MB，G1866中4060是重复序列G708GURLEYETAL1979G709，G17837就G1927定了大豆基因组G11752G12362的困难性。4AKKAYA等G7081992G709G20330G1820对大豆中G5506G2367G7155进行了G11752G12362，证G7138G1866不仅大量存在并G1000具有高度的多G5589性。人G1216G2469G10628在大豆基因组中，G708ATG709N和G708ATTG709NG8616G1375较高，G1284算G861140KB就有一G1022ATNG5506G2367G7155DNA。G17816G1182为G8502，大豆G990已G1856G5332了900多G1022SSR标G16772的引物序列，20G1022连锁群，G1783720G1022连锁群很有可能对应G1122大豆的20对G7591色体。G17902过SSR的G7737G7765作G11004，G2524并后的遗传G3282G16901G990，G19512有443G1022SSR标G16772G3818，G17836有500G1022RFLP，98G1022RAPD，10G1022AFLP，12G1022G2528功G18250G246222G1022G5430G5589性G10378标G16772CREGANETA1。，1999。133微卫星标记的应用（1）构建大豆分子遗传图谱在大豆的遗传G3282G16901建G12447G7114，RFLP是G8616较G5132G11004的一种，G1306是G11013G1122RFLP分子标G16772很G4581有多G11222G1022以G990的等位基因G1000多G6980RFLP标G16772G1315G5460检测G2052多G1022DNA片G8585，使得RFLPG6164G7512建的连锁G3282G5460G5460含G12958不G9177。SSR分子标G16772可克G7393G990G17860RFLP标G16772的不G17287。G20330G1820。G2345G1022位G9869具有多G1022等位基因，G13792G8611一遗传G3423中仅有一G1022等位基因的特G9869。在大豆G990，SSR分子标G16772的多G5589性已经得G2052G1817分证G4466AKKAYAETA1,1992，G7588G1135位G9869具有多达26G1022等位基因。G1866G8437，在引物G16786计与选G6333G7114，仅G1457G11053G18039G1135在G13443系中扩增出一G1022片G8585，G9132G8772G18039G1135扩增出多G1122一G1022片G8585的引物。（2）品种鉴定和种质保存遗传多样性与遗传距离的研究G18331G11004G5567G6475、G12946G11842、可G19764的方法对大豆种质资G9316进行遗传多样性分G7524，G7138G11842G1866G19400的遗传距离，对G1122大豆资G9316的G1817分G2045G11004、遗传学G11752G12362G2462G13958种G4466G17353G3355有重要价值。（3）数量性状基因分析SSR位G9869G19555机G3355G2260分G5079在大豆基因组中，G2045G11004QTLS和SSRS位G9869存在的连锁关系，对G1866基因进行分G7524。（4）分子标记辅助育种G11004分子标G16772G6363G12046重要G1904G14414性G10378，为G13958种提供G7393G2165，是SSRG6228G7427G17828G11004G7380广泛的一G1022G20058G3507。抗G2347方根G13479G13459G15423病，抗G11135G19677根G14116病，抗G9796班病，抗鳞翅目昆G15423，抗涝，抗G18252性土壤，抗铅，亚麻G18252，棕搁G18252等基因的SSR标G16772G3355见报道总G1055，G17828G11004SSRG6228G7427标G16772有重要G2045G11004价值的大豆基因是G5415前G11752G12362热G9869，G1075是G1866G2469G4649方向G1055一。SSRG6228G7427在大豆中应G11004的G9520力巨大，G12628G2282G1866引物G16786计G12255序，寻找更多SSR位G9869，G1817分G2469挥该G6228G7427优G9869，探索新的应G11004G20058G3507，是未来G11752G12362的G1039要G1231G2165。G2528G7114G1075应注意G2052G4439的进步给G5332拓大豆新的分子标G16772，如SNPSINGLENUCLEOTIDEPOLYMORPHISMS奠定了坚G4466的G10990础。2材料与方法21实验材料高杆大豆9103经烷G2282剂EMS诱变处理，多G1207选G13958出矮秆突变体，经种G7905G13443G2282后，得G2052稳定遗传的矮杆突变系，定名为9103127。9103127G19512矮G2282G3818，G1866G4439性G10378与G2419亲本91035G11468G2528，G11013亲本9103与突变系910312杂交G2462后G1207自交得G2052F2、F3群体。22实验方法本G4466验的G4466验G8981G12255可G11004G991G3282来G15932G12046221基因组DNA的提取在田G19400高矮秆亲本G2462F3衍G10995系群体各G7678系G1881G19555机选G6333等量的叶片。参照SDS方法G708TAI等,1990G709提G2474亲本G2462群体基因组DNA。1、G247405G叶片，液氮中G11752成粉末，加入G2052含1ML65预热的SDS提G2474液100MMTRISHCLG708PH80G709，50MMEDTAG708PH80G709，500MMNACL，2SDS，PVPK30001G，巯基乙醇2L临G11004前加入的离心管中。65G1457G92132030MIN2、加入1/5体积的5M醋G18252钾G708PH70G709混G2260，冰浴20MIN以G9903、4，12000RPM，离心10MIN，移G2474G990G9177，加入等体积的苯酚氯仿异戊醇G70825241G709，混G2260抽提4、4，8000RPM，离心10MIN，移出G990G9177，加入2/3体积的异丙醇，2030MIN，沉淀DNA5、4，4000RPM，离心5MIN，弃G990G9177，沉淀G1100480的乙醇浸洗后，吹干6、溶解G1122100LTE10MMTRISHCLG708PH80G709,1MMEDTA中，G4448G1852溶解后，加入等体积的苯酚氯仿异戊醇G70825241G709，混G2260抽提7、4，12000RPM，离心10MIN，吸G2474G990G9177，加入等体积的氯仿，抽提8、4，12000RPM，离心5MIN，吸G2474G990G9177，加入1/3体积的10MNH4AC混G2260，加入2G1505体积的G7092水乙醇，混G22605MIN，2030MIN以G9909、4，4000RPM，离心3MIN，弃G990G9177，70乙醇浸洗23G8437，吹干G6122冷冻干燥10、适量的TE溶解，20G1457存待G11004。6222BSA分池G1186高杆9103、矮秆突变系9103127G1016G1022F3衍G10995系群体中，依据目标性G10378G15932G3423的差异，G4570G7678系分成G1016组，高秆群体G1861118G1022G2345G7678，矮秆群体111G1022G2345G7678，G1186G1016G1022亲本G708高杆、矮秆G709的群体基因组DNA中，G1231G247420份DNA，G8611G7678G24745L50NG/L等量混G2524G5430成G11468对的DNA近等基因池G708高秆基因池和矮秆突变体基因池G709223微卫星或SSR标记分析按照SOYBASE网址G990提供的大豆G5506G2367G7155序列G2524成引物，G11013G990海G10995G5049G2524成。PCR反应体系G2462扩增条G1226G1039要参照CREGAN等G7081994G709报道的方法稍加改进。大豆SSR扩增的PCR反应体系为25L。50NG大豆基因组DNA，25L10BUFFER50MMKCL，10MMTRISHCLPH90，01TRITONX100，15MMMGCL2，08M/LSSR引物G7085端和3端G709，07MM/LDNTP，25UTAQ聚G2524G18250，超G13443水补齐。扩增的反应条G1226为预变性945MIN，94变性1MIN，4654复性1MIN，72延伸1MIN，35G8437循环后，7210MIN，反应在BIOMETRAG3423PCR仪G990进行，PCR产物加1G1505体积的加样缓冲液G7089甲酰胺，10MMOL/LEDTA，0025二甲苯菁G709，25L94变性5MIN后置G1122冰G990。PCR产物G7084L/LINEG709进行标准测序胶分离。224聚丙烯酰胺变性凝胶和琼脂糖凝胶电泳8聚丙烯酰胺变性凝胶50MLG7087M/L尿素，1TBE，25甲酰胺，200L20过硫G18252铵，50LTEMEDG709电G7509缓冲液为1TBE，在DYY10CG3423电泳仪以80W的功率预电泳30分后，G9869样，G1016小G7114后，G4570凝胶G11004G5567速银G7591法分G7524G13479G7536。琼脂糖凝胶系统扩增体系与聚丙烯酰胺变性凝胶扩增体系一G14280，G1306扩增产物不G11004变性处理，G2474扩增样G270915L在30琼脂糖凝胶G708含溴G2282乙锭G709在35V/CM电压G991电泳分离，在琼脂糖凝胶成像系统G991观察G16772录并统计分G7524。聚丙烯酰胺变性凝胶的制备（PREPARATIONOFTHEGEL）G7081G709玻璃板的G9177洗玻璃板洗干G1940，G1889G11004G18214G12946G6842一G17953，G7250干。G1997G2487玻璃G9046G11107水G11801烷,不带G1997G2487的玻璃板G9046亲G2524G11801烷。G7250干G7082G709电泳G8145组G16025，G7083G709胶的配置80PAA150ML10A2A0A3A4200LTEMED50LG17817速G6683G2260G7084G709G9760胶G6238胶G8851G9760胶G2487G9760进去，G19462G8502出G10628G8680G8885。待胶G8981G2172G2052G5225G18108，在G20042G18108G6566入G7815子，切G5536G8680G8885。7聚G2524G1016小G7114以G990。G7085G709电泳G708RUNNINGTHEGELG709扩增后的样G2709加入2LLOADINGBUFFER,混G2524，95变性5MIN后G12447G2063G17728移G2052冰中G17817速冷G2376后，G9869样。G9177G19512G8680G8885后，加入3L样G2709，80WG5670功率电泳G14279G12544一条LOADINGBUFFER带G14279胶板的G2490一前G8851。G7082HG709。G7086G709银G7591G7186色3、结果分析31矮秆突变体9103127基因组DNA的多态性检测根据大豆G6980据G5223中已G1856G5079的序列，G1861G2524成了433对SSR引物，引物基本G16218G11434了大豆的G1852基因组，G5191G3355G8611G1022连锁群近22G1022标G16772G5243位。G11013G1122G7114G19400关系，G6117G6227G6297了筛选G1866中6对引物G708SATT180，SAT_084，SATT185，SATT172，SATT045，SATT452G709的G1231G2165。G11004G178376对引物对矮秆突变体9103127G2462G1866亲本9103的基因组DNA进行多G5589性PCR检测分G7524，扩增产物在30的琼脂糖凝胶G990分离。G17837G1857对引物G3355能扩增出条带，G1866中SATT180和SATT452有G7138G7186的差异。G708G3282一G709A6A5A8A9A10SSRA11A7A12A13A149103A16A15A17A18A19A209103127A22A21A23A24A25A26A27A28A2930A30A31A32A33A34A35A36A37A38HA39A40A41A429103A43DA39A40A44A45A46A47A489103127A38A49A50A51A52A53A54A55A56A57A5832矮秆突变体9103127的BSA分池PCR检测结果G11004筛选出的可能的差异引物SATT180和SATT452对高秆9103和矮秆突变体9103127的BSA分池基因组DNA进行多G5589性分G7524。扩增产物在30的琼脂糖凝胶G990分离，G13479G7536G2469G10628，SATT180G15932G10628为G7092差异，G13792SATT452在BSA分池的G1016基因组DNAG1055G19400G1185G2588G10628多G5589性G708G3282二G709，G15932G7138SATT452与矮秆突变基因G1055G19400可能存在连锁关系。8A6A59A8SATT180A16SATT452A60BSAA61A62A60A22A21A23A63A64A26A27A28A2930A30A31A32A33A34A35A36A37A38HA39A40A41A429103A65A66A30BSAA67A43DA39A40A44A45A46A47A489103127A65A66A30BSAA67A38A68A69A51A52A53A54A55A56A57A5833群体分析G4570在BSA分池G990具有多G5589性差异的引物SATT452在矮秆突变体F3群体进行分离分G7524，G13479G7536见G708G3282G989，G159321G709。G1186分离G8616G1375的G13479G7536来分G7524，SATT452G17837G1022基因G5243在矮秆突变体F3G1207的重组率为670，在F3群体中，矮秆突变体带G3423G1972G1058接近亲本9103127矮秆突变体，说G7138矮秆突变基因为G19556性基因，亲本9103127为G19556性G13443G2524矮秆突变体，G15932G7138该矮秆突变是G2475一G1022G1039效基因G6523G2058的。HDHA63A8SATT452A12A15A17A18A19A209103127A70F3A71A72A73A74A20A75A60PCRA76A77A26A27A7860A79A80A81A82A4A19A23A83A1,HA89103A84A85A13A14A86D9103127A15A17A18A19A20A87A881A8A11A7SATT452A12A15A17A18A19A89A90A74A20A75A60A63A64A26A27A11A7A91A92A93A94A95HA96A97DA96A97A98A99A96RCMSATT4521137988670674引物SATT452的G16826G13466资料见G1593229A882A100A101A102A15A85A18A19A89A90A103A104A60SSRA11A7SATT452SSRLOCUSLINKAGEGROUPLGMOTIFUPPERPRIMERSEQUENCE53LOWERPRIMERSEQUENCE53SATT452EATT12GCGGTCGCTGCGTTCAATATGCGCCCAATTATCATGGTAGA4讨论目前国G1881在大豆矮秆突变体G20058G3507G6164G1582的G5049作不多，G1039要G2419因是G8821有G2524适的G7460料，G11013G1122矮秆突变性G10378是一G1022多基因性G10378，G1866中又有G1039效和G5506效基因G1055分，G6164以，如G7