PubMed使用攻略医学生必备PPT课件

1、PUBMEDPUBMED数据库数据库 一、PubMedPubMed简介简介 二、检索途径和方法二、检索途径和方法 三、检索结果处理 四、其他辅助检索四、其他辅助检索 主要内容主要内容 五、免费获取全文五、免费获取全文 一、一、PubMed简介 1.PubMed基本情况 2.PubMed的由来 3.PubMed3.PubMed的数据范围的数据范围 4.PubMed4.PubMed的特点的特点 5.PubMed5.PubMed主页主页 一、一、PubMedPubMed简介简介 1.PubMed基本情况 PubMed是美国是美国NLM所属的国家生物技术信息中心（所属的国家生物技术信息中心（NCBI）

2、开发的一个以开发的一个以Web方式向用户提供服务的方式向用户提供服务的 生物医学文献检索系统，是继生物医学文献检索系统，是继MEDLINE数据库国际联机检索和光盘检索之后推出的一种数据库国际联机检索和光盘检索之后推出的一种网络免费网络免费检索方检索方 式。式。 |包括包括2,1002,100多万篇来自多万篇来自MEDLINEMEDLINE和其他生命和其他生命 科学期刊的生物医学文献科学期刊的生物医学文献 |最早可回溯到最早可回溯到19481948年年 |提供部分全文和其他相关资源的链接提供部分全文和其他相关资源的链接 一、一、PubMedPubMed简介简介 一、PubMed简介 2.PubM

3、ed2.PubMed的由来的由来 创刊创刊:最早可以追溯到最早可以追溯到1879年美国年美国NLM编译出版的医学编译出版的医学 文献检索刊物医学索引文献检索刊物医学索引（Index Medicus, IM）。）。 1964年年:为了实现为了实现IM的自动化编辑出版，的自动化编辑出版，NLM开发了开发了“医学文献分析医学文献分析 与检索系统与检索系统”（Medical Literature Analysis and Retrieval System, 简称简称MEDLARS）. 目前目前MEDLARS已拥有已拥有40多个数据库，其中最重要、最大、且发展最多个数据库，其中最重要、最大、且发展最 早

4、的为早的为MEDLINE(MEDLARS ON LINE) 生物医学数据库生物医学数据库 1971年年: MEDLINE正式建成联机数据库，并通过正式建成联机数据库，并通过MEDLARS开展国际联机检索服务。开展国际联机检索服务。 自自MEDLINE投入联机检索服务以来，一直成为投入联机检索服务以来，一直成为MEDLARS最大的使用频率最高的数据库。最大的使用频率最高的数据库。 19831983年：随着光盘技术的发展，年：随着光盘技术的发展，MEDLINEMEDLINE 光盘数据库建成，并得到了广泛的应用。光盘数据库建成，并得到了广泛的应用。 19971997年年9 9月月2626日日， ME

5、DLINEMEDLINE网络版开通，网络版开通， 取名取名PubMedPubMed，并向全球免费开放。，并向全球免费开放。 很多医务工作者宁可在每次检索时都花上成倍的时间，却不愿花上几很多医务工作者宁可在每次检索时都花上成倍的时间，却不愿花上几 个小时去认真研究一下个小时去认真研究一下PubMedPubMed。 君欲善其事，必先利其器君欲善其事，必先利其器 ，PubMedPubMed就好就好 像一把功能强大的枪，你决不能仅仅满足于知道扣动扳机就可以发射子弹，像一把功能强大的枪，你决不能仅仅满足于知道扣动扳机就可以发射子弹， 更重要的是，你要知道如何利用准星瞄准，更重要的是，你要知道如何利用准星

6、瞄准，如何把这把枪的功能发挥到及如何把这把枪的功能发挥到及 至。至。 一、PubMed简介 一、PubMed简介 出版商提供的书目信息出版商提供的书目信息 PreMedline MEDLINE 与与NCBI其它数据库的链接其它数据库的链接 3.PubMed3.PubMed的数据范围的数据范围 3.1 MEDLINE基本情况基本情况 出版：美国国家医学图书馆（出版：美国国家医学图书馆（National Library of Medicine, NLM）。）。 印刷版印刷版 1879 联机版联机版 1971 光盘版光盘版 1983 网络版网络版 1997 MEDLINE数据库简介 收录范围：收录收

7、录范围：收录7538种（种（2009.10.11） 权威期刊，包含权威期刊，包含50种语言，涉及种语言，涉及70多个国家多个国家 （其中中国（其中中国48种），约种），约40万篇万篇/年，已经累计年，已经累计 2100余万篇。内容涉及生物医学各个领域；余万篇。内容涉及生物医学各个领域； 85%原文为英语。原文为英语。 回溯年代：回溯年代：1948年至今年至今 每条记录标有每条记录标有indexed for MEDLIEN标记标记 内容涵盖三种重要的纸本医学文献检索工具：内容涵盖三种重要的纸本医学文献检索工具： Index Medicus Index to dental Literature I

8、nternational Nursing Index 学科范围：学科范围： 基础生命科学基础生命科学临床生命科学临床生命科学 生物科学生物科学 解剖学解剖学 组织学组织学化学与药物化学与药物 心理学心理学社会医学社会医学 农业农业 医技设备学医技设备学 医技工业学医技工业学 医学信息学医学信息学 使用词表：使用词表：MeSH（医学主题词表）（医学主题词表） 3.2 PreMEDLINE 是一种由是一种由正在加工处理正在加工处理中中的文献记录组成的数据库，这些新记录的文献记录组成的数据库，这些新记录 还未被标引，暂时存放在还未被标引，暂时存放在PreMEDLINE数据库中。每天更新，经过标引数据

9、库中。每天更新，经过标引 （增加主题词、文献类型、数据库存取号等字段）以后转入（增加主题词、文献类型、数据库存取号等字段）以后转入Medline，一一 旦记录被转入到旦记录被转入到Medline数据库，就被从数据库，就被从PreMEDLINE数据库中删除。数据库中删除。每每 条记录标有条记录标有in Process标记。标记。 Pre-Medline 最新信息最新信息 Medline New Data Collect PubMed Process P u b M e d 一周以后一周以后 （Publisher-Supplied CitationPublisher-Supplied Citati

10、on） 出版商直接向出版商直接向PubMed提供的非提供的非 Medline收录的电子刊物，每条记录标有收录的电子刊物，每条记录标有 as supplied by publishers标记。标记。 （如：（如：Science或或Nature中的地质学文献中的地质学文献 等）。等）。 3.3出版商提供的书目信息出版商提供的书目信息 标记不同，其数据来源亦不同标记不同，其数据来源亦不同 3.4与NCBI其它数据库的链接 NucleotideNucleotide：DNADNA序列数据库序列数据库 ProteinProtein：蛋白质序列数据库蛋白质序列数据库 GenomeGenome：基因组序列数据

11、库基因组序列数据库 StructureStructure：分子结构模型数据库分子结构模型数据库 OMIMOMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库人类孟德尔遗传学在线数据库 PMC: PubMedPMC: PubMed中心，免费全文期刊检索中心，免费全文期刊检索 与与NCBI其它数据库的链接其它数据库的链接 3.3.特点特点 |收录生物医学权威期刊最多收录生物医学权威期刊最多 世界上世界上7070多个国家的多个国家的70007000多种权威期刊多种权威期刊 |多种检索方法，多条检索途径多种检索方法，多条检索途径 |时效性极强时效性极强( (每周更新每周更新) ) |回溯年代久远（回溯年代久远（194

12、81948年至今）年至今） |利用利用MeSHMeSH作为转换词表，标引质量高作为转换词表，标引质量高 |部分文献可以免费获取全文部分文献可以免费获取全文 |检全率、检准率高检全率、检准率高 BACK PubMed简介简介 4、PubMed主页主页 网址：网址： http:/www. 高级检索高级检索 简介简介 基本检索基本检索 PubMed简介 PubMed comprises more than 21 million citations for biomedical literature from MEDLINE, life science journals, an

13、d online books. Citations may include links to full- text content from PubMed Central and publisher web sites. 一、PubMedPubMed简介简介 二、检索途径和方法二、检索途径和方法 三、检索结果处理 四、其他辅助检索四、其他辅助检索 主要内容主要内容 五五、免费获取全文、免费获取全文 1.基本检索 MeSHMeSH转换表（词语检索及自转换表（词语检索及自 动词语匹配）动词语匹配） 期刊转换表期刊转换表 短语表短语表 作者姓名索引作者姓名索引 逻辑运算符检索逻辑运算符检索 Pubm

14、edPubmed基本检索实例基本检索实例 例一例一 “肝癌和肝炎的关系肝癌和肝炎的关系” “liver cancer liver cancer ” 和和 “hepatitishepatitis” 第一步第一步 选择关键词选择关键词 输入检索框输入检索框 liver cancer hepatitis liver cancer hepatitis 1.基本检索 检索前，选择需查询检索前，选择需查询 数据库。数据库。 下拉菜单中显示下拉菜单中显示 Entrez系统提供的所系统提供的所 有数据库，可任意选有数据库，可任意选 择进行检索。择进行检索。 可看到该检索词下命中的可看到该检索词下命中的 所有文

15、章、综述及免费全所有文章、综述及免费全 文文 Combined Functional Genome Survey of Therapeutic Targets for Hepatocellular Carcinoma. Satow R, Shitashige M, Kanai Y, Takeshita F, Ojima H, Jigami T, Honda K, Kosuge T, Ochiya T, Hirohashi S, Yamada T. Clin Cancer Res. 2010 Apr 13. Epub ahead of printPMID: 20388846 PubMed - a

16、s supplied by publisherRelated citations 这条记录包含几个字段这条记录包含几个字段? ? 文摘格式文摘格式 注意检索词的使用 |截词检索 当检索词结尾不确定时,可用 * 替代 |精确检索 用双引号“ ”将要检索的多个词限定为一 个词进行检索 截词检索和截词检索和 字段限定检索字段限定检索 例如：输入例如：输入cell*ti可以查出可以查出 标题中含标题中含cell、cells、 celliferous、cellophane和和 cellular等词的文献。等词的文献。 “ ”将短语做为不可分割的整体进行将短语做为不可分割的整体进行 检索。检索。 如：如：

17、“oxygen free radicals” 注意：注意：“ ”必须为英文半角状态下输必须为英文半角状态下输 入入 2.高级检索 高级检索界面下可进行多种检索条件的限定。同时可 显示检索历史，允许使用检索史序号进行组配检索。 检索框检索框 预览预览 检索史检索史 限定检索限定检索 30个字 段 可选择作者、刊名、出可选择作者、刊名、出 版日期等多个项目进行版日期等多个项目进行 任意组合检索任意组合检索 。 如果输入框不够，可点如果输入框不够，可点 击击“Add More Fields” 添加添加 限定检索限定检索 字段限定检索字段限定检索 高级检索限定检索 设定 |只搜索包含摘要、全文或免费全

18、文的文献 |在特定的年龄组、性别组、人类或动物学范围内搜索 |只搜索某语种出版的文献或特定的文章类型 |只搜索PubMed数据库的某一子数据库 |只在某一特定的字段中搜索，缺省是所有字段 Eg.检索2002年以来发表 在Nature杂志上关于糖 尿病（diabetes）的英 文文献，要求能获得免 费全文 限制检索案例 检索框输入检索词检索框输入检索词 对应字段名称填写对应字段名称填写 期刊名称和时间范围期刊名称和时间范围 限定只链接到可免费获取限定只链接到可免费获取 的全文的全文 限定语种为英文限定语种为英文 最后点击检索输入框后的最后点击检索输入框后的Search 13篇。大大减篇。大大减

19、少了文献数量少了文献数量 高级检索高级检索检索史（检索史（ Search History Search History ） |当至少运行一次检索后，即可使用History |检索史中显示的是你前面所做的查询方案和查 询结果（检索序号、检索式、检索时间和检索 结果数量） 注注:1:1、检索史中最多可保留、检索史中最多可保留100100个检索式，超过个检索式，超过100100个时将自动删除最早的个时将自动删除最早的 检索式。检索式。 2 2、系统在休止状态对检索式的保留时间为、系统在休止状态对检索式的保留时间为8 8小时，小时，8 8小时后检索式自动消小时后检索式自动消 失。失。 详细检索策略（详

20、细检索策略（DetailsDetails） 主要用于描述所输入检索式的 详细检索过程，即系统将用户所输 入的检索词自动转换为哪些词（如 MeSH词等），并使用什么样的句法 （检索规则）来进行检索。同时也 包含了任何的错误信息。 系统将输入的检索词与系统将输入的检索词与MeSH 转换表进行对照转换表进行对照,自动按照转自动按照转 换后的检索式进行组配和检索换后的检索式进行组配和检索. 3、主题检索 主题词检索主题词检索 3、主题检索 单篇单篇/多篇引文匹配多篇引文匹配 临床咨询临床咨询 专题咨询专题咨询 主题词检索主题词检索 期刊检索期刊检索 临床实验临床实验 外部链接外部链接 3、主题词检索（

21、MeSH Database） l主题词数据库（主题词数据库（MeSH Database） l在在“MeSH Database”检索提问框内输入检索词后系统将检索提问框内输入检索词后系统将 自动主题词表进行匹配检索，有的非主题词将转换为主题词，自动主题词表进行匹配检索，有的非主题词将转换为主题词， 可浏览主题词的定义、浏览树状结构并进行选择，并能提供可可浏览主题词的定义、浏览树状结构并进行选择，并能提供可 供组配的副主题词进行检索，还提供是否只针对主要主题词检供组配的副主题词进行检索，还提供是否只针对主要主题词检 索及是否进行扩展检索等功能索及是否进行扩展检索等功能 MeSH Database：

22、 例：从主题途径查找例：从主题途径查找 FK506 FK506副作用和肾移植的文献副作用和肾移植的文献 FK506 主题词轮排主题词轮排 提示相关词提示相关词 主题词轮排表主题词轮排表 主题词细节屏主题词细节屏 主题词词义注释主题词词义注释 主题词细节屏主题词细节屏 副主题词选择副主题词选择 主题词词义注释主题词词义注释 不扩展检索不扩展检索 加权检索加权检索 曾用词曾用词 药理作用药理作用 树状结构树状结构 曾用词曾用词 入口词入口词 树状结构树状结构 药理作用药理作用 选择发送方式选择发送方式 Search Box with AND Search Box with OR Search Bo

23、x with NOT search box 题录格式界面题录格式界面 逻辑组配（逻辑组配（#4 and #6） 一、PubMedPubMed简介简介 二、检索途径和方法二、检索途径和方法 三、检索结果处理 四、其他辅助检索四、其他辅助检索 主要内容主要内容 五、免费获取全文五、免费获取全文 三、检索结果处理三、检索结果处理 | 1、检索结果的显示与标记 | 2、检索结果的保存及定购 检索结果显示检索结果显示 默认为题录格式默认为题录格式 每页显示每页显示20条记录条记录 结果显示格式结果显示格式 每页显示记录数每页显示记录数 结果排序方式结果排序方式 纯文本方式显纯文本方式显 示示 纯文本显示

24、记录纯文本显示记录 文摘显示格式文摘显示格式 MEDLINE格式格式 可链接到可链接到SpringerLink数据库数据库 获取全文获取全文 ，但是是收费的但是是收费的 可链接到可链接到PubMed中心获中心获 取免费全文取免费全文 全文链接图标全文链接图标 选择选择“File”，可，可 完成将记录保存完成将记录保存 为文件；为文件； 选择选择 “clipboard”， 可将记录保存在可将记录保存在 剪贴板；剪贴板； 选择选择“E-mail”, 可以通过邮件发可以通过邮件发 送记录送记录 剪切板静止状态下剪切板静止状态下 最长保存最长保存8小时，小时， 最多可以保存最多可以保存500条条 记录

25、记录 以邮件方式以邮件方式 发送记录发送记录 填写邮箱地址填写邮箱地址 一、PubMedPubMed简介简介 二、检索途径和方法二、检索途径和方法 三、检索结果处理 四、其他辅助检索四、其他辅助检索 主要内容主要内容 五、免费获取全文五、免费获取全文 四、其他辅助检索 PubMed Service |期刊数据库(Journal Database) |单篇引文匹配器（Single Citation Matcher） |多篇引文匹配器（Batch Citation Matcher） |临床咨询（Clinical Queries） |我的NCBI （My NCBI ） Journal Databas

26、e (Journal Database (期刊数据库) ) Journal Database (期刊数据库) lJournal Database (期刊数据库期刊数据库) l 可输入刊名全称、缩写或国际标准期刊号（可输入刊名全称、缩写或国际标准期刊号（ISSN) 检索特定期刊的编目信息；检索特定期刊的编目信息； l 可通过可通过 links to full-text websites 链接进入链接进入 所有与所有与PubMed建立链接的生物医学期刊列表；建立链接的生物医学期刊列表； 检索： PubMed中收录关于高血压(hypertension) 的期刊有哪些？ 单篇引文匹配器 单篇引文匹配器

27、 输入刊名、日期、卷、输入刊名、日期、卷、 期、页码、作者、题目期、页码、作者、题目 中的一项或多项内容进中的一项或多项内容进 行检索，系统返回文献行检索，系统返回文献 记录结果记录结果 单篇引文匹配器 例： 引文匹配器（Single Citation Matcher） nursing， 2008，38（12）：61 Clinical QueriesClinical Queries（临床咨询） Clinical Queries（临床咨询） 应用应用Clinical Queries（临床提问）检索循证医（临床提问）检索循证医 学文献：学文献： 1、列有临床医生常用的类目，如、列有临床医生常用的类

28、目，如therapy（治疗）、（治疗）、Diagnosis（诊断）、（诊断）、 etiology（病因）和（病因）和prognosis（预后）（预后） 2、可以用来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统评价、可以用来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统评价、Mete 分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等 Clinical QueriesClinical Queries（临床咨询） 检索有关检索有关“高血压治疗高血压治疗” 文献文献 Clinical QueriesClinical Queries（

29、临床咨询） 检索有关检索有关 “高血压合高血压合 并糖尿病的并糖尿病的 诊断诊断” 一、PubMedPubMed简介简介 二、检索途径和方法二、检索途径和方法 三、检索结果处理 四、其他辅助检索四、其他辅助检索 主要内容主要内容 五、免费获取全文五、免费获取全文 五、免费获取原文（五、免费获取原文（Open AccessOpen Access） 在在PubMed有约有约5%的期刊的期刊 ，可以免费浏，可以免费浏 览到全文。览到全文。 （1 1）通过自由词直接查找全文通过自由词直接查找全文 （2 2）通过期刊列表查找全文通过期刊列表查找全文 Full text 格式格式 PDF 格式格式 Advanced search January 19, 2011 华 中 科 技