lammps初学者in文件中文解析

1、Lammps 初学者 in 文件中文解析1）初始化Units ：electron)Units 命令是用来设定模拟的原子类型。Units style （ lammps 现在提供的有 style=LJ 、 real 、 metal 、 si、cgLJ 是硬球模型Real 是真实的原子模型Metal 是金属原子模型Si 是硅（半导体）原子模型CgsElectron 是电子模型Dimension ：Dimension 命令是用来定义模拟的维度，默认情况为三维。Dimension N （ N=2， 3）Boundary ：Boundary 命令是用来设定模拟的边界条件。Boundary x y z （x

2、，y，z=p， s，f，m 四种类型中的一种或者两种）P 是周期性边界条件S 是自由边界条件（但是具有收缩性）F 是固定边界条件M 是具有最小值的自由边界条件（但是具有收缩性）参考资料Atom-style ：Atom-style 定义了模拟体系中的原子属性。Delete-atoms ：Pair-style ：Pair-style 定义了相互作用力场类型，即势函数。（2）原子定义1、Read-data/read-restart ：Read-data 或 read-restart 为从 data 或 restart 文件中读取内容来定义原子。2、Lattice ：lattice 是用来原子类型构建

3、模型晶格结构。Lattice style scale keyword values.Style 表示点阵类型，点阵类型有none、sc、bcc、fcc、hcp、 diamond、sq、sq2、hex、custom。Scale 表示构建的点阵类型的单位长度Keyword 表示后面可以追加 0 个或者多个关键字，关键字有origin 、 orient 、 spacing、a1、 a2、 a3、 basis。各关键字意思为：Region：Create-box ：参考资料Create-box 命令用于在 region box 命令指定的区域内创建一个模拟的盒子Create_box N region-I

4、DN 为使用该原子类型进行模拟Region-ID 为使用区域的 ID 使用模拟域Create-atoms ：Create-atoms 用于在所创建的模拟的盒子中填充某种原子。Create_atoms type style args keyword values .（3）设定：力场系数Pair-coeff ：模拟参数NeighborNeighbor 是定义Neighbor skin styleSkin 为Style 可取 bin 、 nsq、 multiNeighbor-modify ：Group：Timestep ：Timestep 是定义模拟的时间步长。Timestep dt参考资料Dt 为

5、时间步长（时间单位），默认为 1psReset-timestep ：FixFix 为定义对部分原子或者对系综的操作。/doc/fix.htmlFix ID group-ID style argsID= 指定的操作名称编号（如 1、2、3 .）Group-ID= 制定操作范围的原子（如 all ）Style= 操作内容，如何操作Args= 相关操作内容的相关操作参数Fix-nvt ：恒定 N（原子数量）、V（体积）、 T（温度）对时间积分Fix-npt ：恒定 N、P、T 对时间积分Unfix ：Compute/compute-modify ：输出选

6、项Thermo ：Thermo 命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。Thermo N每隔 N 个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者 log 文件Thermo_style ：Thermo_style 命令主要是用来说明采样的内容，即输出到屏幕或者 LOG 文件中的内容（ /doc/thermo_style.html ）参考资料Thermo_style style argsStyle=one 、 multi 、 customArgs= 特定的参数列表One args=noneMulti args=noneCustom args=list of

7、 attributesPossible attributes=step 、 elaosed、 elaplong 、 dt、 cpu、tpcpu、 spcpu、Atoms 、 temp、 press、 pe、 ke、 otatal 、 enthalpy 、Evdwl 、 ecoul 、 epair、 ebond、 eangle、 edihed、 eimp、Emol、 elong 、 etail 、Vol 、 lx、ly、lz、xlo 、xhi、ylo 、yhi、zlo 、zhi、Xy、xz、 yz、 xlat 、 ylat 、 zlat、Pxx、 pyy 、 pzz 、 pxy 、 pyz 、

8、pxz 、Fmax、 fnorm 、Cella 、 cellb 、 cellc 、 cellalpha 、 cellbeta 、 cellgamma 、c_ID 、 c_IDI 、c_IDIJ 、f_ID 、 f_IDI 、 f_IDIJ 、V_nameDump：Dump 命令主要是用来输出计算后单个原子的相关信息的。Dump ID group-ID style N file argsID ：自己给这个 dump 命令定义的一个代号（自定义）参考资料group )group-ID ：那些信息需要被输出的原子群（预先定义好Style：类型N：每经过多少时间步输出信息File ：输出名称Args

9、：相关参数（每个类型不同）Restart ：4）运行Run：Minimize ：例一units metal # 单位为 lammps 中的 metel 类型 boundary p p p # 周期性边界条件 atom_style atomic # 原子模式 lattice fcc 3.61 # Cu 的晶格常数 3.61 region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z 各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小 create_box 1 box # 将上述区域指定为模拟的盒子 create_atoms 1 box # 将原子按晶格填满盒子 pair_style eam #

10、 选取 Cu 的 EAM 势作为模型 pair_coeff * * Cu_u3.eam # EAM 势文件名称 run 0 # 运行 0 步，仅为启动 lammps 的热力学数据计算 variable E equal pe # 定义变量 E 为系统总势能 variable N equal atoms # 定义变量 N 为系统总原子数print the number of atoms & system energy now are $N $E # 打印信息 create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 #在 该位置插入一个原子参考资料 min_style sd # 能

11、量最小化模式， sdminimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 # 能量最小化参数， 指数越大最小化程度越深 print interstitial introduced, minimized: $N atoms, energy is $Efix 1 all nvt 100 100 100 drag 0.2 # nvt 系综，原子数、体积和温度保持不 变;T=100Ktimestep 0.005 # 步长 0.005fsrun 1000 # 运行 1000 步print nvt performed, temperature up: $N atoms, total ene

12、rgy is $Efix 1 all nvt 100 0.0001 100 drag 0.2 # nvt 系综，温度由 100K 到 0.0001K run 1000 # 运行 1000 步print nvt performed, temperature down: $N atoms, total energy is $E compute 3 all pe/atom # 计算每个原子的势能compute 4 all ke/atom # 计算每个原子的动能compute 5 all coord/atom 3.0 # 计算每个原子的近邻原子数dump 1 all custom 1 dump.ato

13、m id xs ys zs c_3 c_4 c_5 #将 信息写入 dump.atom min_style sdminimize 1.0e-12 1.0e-12 10000 10000 # 再次能量最小化print the final state: $N atoms, total energy is $E # 打印信息例二boundary p s s# 边界条件，拉伸方向是周期性，其余是自由边界； 如果是薄膜拉伸则是两个周期性， 块体则是三个周 期性units metal# 单位制定义为metal#原子类型自动atom_style atomic参考资料neighbor 2.0 bin neig

14、h_modifydelay 1 check yes#create geometry lattice fcc 3.61 格常数 3.61A region box block 0 30 0 3 0 3 30，宽和高是 3 create_box 1 box create_atoms 1 box mass 1 63.546 是 63.546# potentials pair_style eam pair_coef * * Cu_u3.eam#define groupsregion1 block INF 1 INF INF INF INF1 的区域group left #定义此区域里的原子叫 left#

15、截断半径相关的东西# 邻近原子列表更新速度# 定义晶胞为 fcc ，晶#定义一个长方体区域叫 box，长#创建了这样一个 box#在 box 里创建了一种原子#定义这种原子的质量region 2 block 29 INF INF INF INF INF叫 2 的区域group right region 2 定义此区域里的原子叫 right groupboundary union left rightright = boundarygroup mobile subtract all left# 定义势函数是 EAM#势所需要的参数在此文件里# 定义了一个叫region 1#定义了一个#定义 le

16、ft+# 定义mobile= all - left参考资料# initialvelocities# 设置velocity left set 0.0 0.0 0.0 原子初速度为 0 thermo_style custom step temp etotal press v_pressx v_pressy v_pressz vol dump 1 all atom 1000 dump.tensile # 输出结果到 dump.tensilecomputep all pressure thermo_temp variable pressx equal c_p1 的意思是 p 里第一个值 variabl

17、e pressy equal c_p2 的意思是 p 里第二个值 variable pressz equal c_p3 的意思是 p 里第三个值# 计算应力，计算结果记为 p#定义变量 pressx=c_p1,c_p1# 定义变量 pressy=c_p2,c_p2# 定义变量 pressz=c_p3,c_p3minimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000# 驰豫fix 1 left setforce 0.0 NULL NULL#固定左边的原子fix 2 all npt 1.0 1.0 1.0 aniso 0.0 0.0 NULL NULL NULL NULL 10.0 dra

18、g 1.0thermo 1000 # 每 1000 步输出一次结果timestep0.002 #时间步长 0.002psrun 10000 #运行 10000 步unfix2参考资料fix 3 all nve fix 4 all temp/rescale 100 1.0 1.0 5 1.0#设置沿 x 方向拉伸，应变率#计算每个原子上#将 s 里第一个值求和，计# 定义变量 stressa=fix 5 all deform 1000 x erate 0.002 units box 为 0.002(1/ps)computes all stress/atom的应力，计算结果记为 scomputestrea all reduce su