最新：分子分型在医院感染控制中的作用文档资料

1、1分子分型（分子流行病学研究）分子分型（分子流行病学研究）从核酸分子水平上分析医院感染的发生、发展规律及机理，从核酸分子水平上分析医院感染的发生、发展规律及机理，更加准确有效地进行医院感染管理控制，已成为当前国际医更加准确有效地进行医院感染管理控制，已成为当前国际医院感染管理研究中的重要方向。院感染管理研究中的重要方向。 从患者分离株到病区周围环境株的比较分析；从患者分离株到病区周围环境株的比较分析； 从外源性感染到内源性感染从外源性感染到内源性感染 从某一医院的医院感染暴发到大范围甚至世界从某一医院的医院感染暴发到大范围甚至世界范围的感染菌株流行变迁；范围的感染菌株流行变迁；基因多态性分析技

2、术已成为医院感染监测控基因多态性分析技术已成为医院感染监测控制的制的高水平研究领域。高水平研究领域。2微生物室在医院感染中的作用微生物室在医院感染中的作用accurately identifying nosocomial pathogensdetecting unexpected antimicrobial-drug resistancepfaller ma et al. the clinical microbiology laboratory and infection control: emerging pathogens, antimicrobial resistance, and ne

3、w technology. clin infect dis 1997;25:858-70. 鉴定鉴定特殊耐药菌的特殊耐药菌的检出检出流行病学分型流行病学分型3rea(限制性酶切限制性酶切)ribotyping (核糖体分核糖体分型型)分子分型分子分型基因分型基因分型分子流行病学分子流行病学研究研究41、脉冲场凝胶电泳、脉冲场凝胶电泳(pfge)5消化、释放出消化、释放出dnadnapfgepfge原理原理6enzyme酶切酶切pfgepfge原理原理约约5 52020个、长度个、长度1010800800kbkb的大片段的大片段dnadna7tenover fc.et al.j clin mic

4、robiol,1995;33(9):22332239 8脉冲电泳脉冲电泳pfge原理原理9原理：原理：dnadna常规凝胶电泳常规凝胶电泳脉冲场凝胶电泳脉冲场凝胶电泳10pfgepfge原理原理染色、拍照染色、拍照1112pfgepfge结果判读结果判读目测法：目测法： 按美国疾病控制和预防中心按美国疾病控制和预防中心( (cdc)tenovercdc)tenover等人推荐的方等人推荐的方法判读。法判读。 图谱完全相同的定为图谱完全相同的定为一个型一个型，彼此之间相差一个带的定，彼此之间相差一个带的定为同一型的为同一型的不同亚型不同亚型，相差，相差2 23 3个带的认为个带的认为亲缘关系密亲

5、缘关系密切切，相差，相差4 46 6个带的认为个带的认为可能相关可能相关，条带相差，条带相差7 7个以上的个以上的认为认为无亲缘关系无亲缘关系。并随机地选择不同的字母如。并随机地选择不同的字母如a a、b b、c c、d d等的字母顺序分型。等的字母顺序分型。 聚类分析聚类分析 计算机输入计算机输入spssspss，做树状图做树状图13pfge同源性分析同源性分析dice (opt:1.50%) (tol 1.5%-1.5%) (h0.0% s0.0%) 0.0%-100.0%pfge - xbai1008060pfge - xbaipcr testingtempcrshvpcrctxpcro

6、xapcr.eex.0042eex.0044eex.0045eex.0038eex.0038eex.0038eex.001314pfge特点：特点：dna原位提取法，减少了断裂原位提取法，减少了断裂利用细菌全基因组信息利用细菌全基因组信息细菌分型金标准细菌分型金标准152、rapd（随机扩增（随机扩增dna多态性）多态性）19901990年年williamswilliams：rapdrapdwelshwelsh：ap-pcrap-pcr本质上相同本质上相同 引物：引物： “短短” ” 、“单一单一” ” 和和“非特异性非特异性”，一般，一般9 91010bpbp 扩增条件：扩增条件：“非严格性

7、非严格性” 退火温度一般较低退火温度一般较低,25,253535 16eshwar mahenthiralingam.et al.j clin microbiol,1996;34(5):11291135 17neshwar mahenthiralingam18neshwar mahenthiralingam19分子分型在医院感染控制中分子分型在医院感染控制中的作用的作用20special issue new technology for detecting multidrug-resistant pathogens in the clinical microbiology laboratory

8、lance r. peterson* and gary a. noskin*northwestern memorial hospital and northwestern university medical school, chicago, illinois, usaeid, 2001, 7: 30621northwestern memorial hospital, chicago700-bed, university-affiliated medical center出院：出院：39,000/年年急诊：急诊：56,000例例/年年门诊量：门诊量：260,000/年年 22分型确认后及干预效

9、果分型确认后及干预效果p=0.002lr petersonet al, eid, 2001, 7: 3065.7923指标指标the total number of nosocomial infections per 1,000 patient days每千住院日医院感染每千住院日医院感染数数the number of patients with nosocomial infections per 100 patient discharges 每每100出院病人医院感染病人数出院病人医院感染病人数 (percentage of patients with nosocomial infectio

10、n)（医院感染病人百分比）医院感染病人百分比） 24感染控制工作小组成员：感染控制工作小组成员：we formed a permanent, integrated infection control and prevention program that fully incorporates hacek dm et al. am j clin pathol 1999;111:647-54. infection control personnel, infectious disease personnel, pharmacy personnel, clinical microbiology pe

11、rsonnel into a single working group to minimize hospital infections. 感染控制感染控制感染性疾病感染性疾病药学药学临床微生物临床微生物25资料收集方法（资料收集方法（methods for data collection）：）：review of microbiology reports review of patients medical records, direct observation of medical and nursing practice, active surveillance of rectal cul

12、tures of patients in nursing units for high-risk patients, evaluation of suspected nosocomial infections reported by health-care providers. 查阅微生物报告查阅微生物报告查阅病史记录查阅病史记录对医护人员操作的直接对医护人员操作的直接观察观察高危病人直肠培养的动高危病人直肠培养的动态连续观察态连续观察对上报的可疑医院感染对上报的可疑医院感染的评估鉴定的评估鉴定 由三位专职感染控制人员对资料进行汇总分析，并制由三位专职感染控制人员对资料进行汇总分析，并制定出相

13、应控制措施，并在医院感染控制和预防部门主管的指定出相应控制措施，并在医院感染控制和预防部门主管的指导下实施。导下实施。26two interventions：a molecular typing laboratory a weekly planning meeting infection control diagnostic medical microbiology (molecular epidemiology) pharmacy and infectious diseases两个主要的干预措施：两个主要的干预措施：分子分型分子分型周会周会包括以下方面的代表：包括以下方面的代表：感染控制感染

14、控制微生物诊断（分子微生物诊断（分子流行病学）流行病学）药学药学感染性疾病感染性疾病27周会内容：周会内容：医院感染动向（短医院感染动向（短期、长期）期、长期）感染控制专职人员感染控制专职人员和微生物实验室的和微生物实验室的工作工作决定需要做的调整决定需要做的调整需分型的病原体与需分型的病原体与主管讨论决定主管讨论决定weekly meetings： the ongoing short- and long-term trends in nosocomial infections within the center activities of the infection control prof

15、essionals and microbiology laboratory personnel; any needed changes were determined. the organizational structure for selecting microbes for typing was shared by the medical directors of infection control and clinical microbiology28需基因分型的微生物：需基因分型的微生物：routinely genomically typed：vreperiodic routine

16、typing： fluoroquinolone-resistant p. aeruginosa, methicillin-resistant staphylococcus aureus (mrsa), enterobacter cloacae, clostridium difficile additional organisms for typing：selected through surveillance of microbiology culture reports discussed at the weekly meeting. 常规基因分型：常规基因分型：vre周期性分型：周期性分型

17、：氟喹诺酮耐药的铜绿氟喹诺酮耐药的铜绿mrsa阴沟肠杆菌阴沟肠杆菌难辨梭菌难辨梭菌其他：根据微生物报告其他：根据微生物报告并在周会上讨论后决定并在周会上讨论后决定需基因分型的病原体需基因分型的病原体29实验方法实验方法restriction of genomic dna with conventional electrophoresisdna限制性酶切限制性酶切30基因分型相关费用基因分型相关费用the cost of equipment, remodeling, reagent and other supplies, salaries and benefits for three techn

18、ologists, plus all the institutional assessments (e.g., full-cost basis) required to operate a hospital laboratory. 仪器配制及维修、实仪器配制及维修、实验室改造等；验室改造等；试剂及其他消耗品试剂及其他消耗品三位实验员的薪水三位实验员的薪水所有的评估分析（如所有的评估分析（如full-cost basis ）需）需要动用全院系统要动用全院系统分析方法：分析方法：t t检验检验成本成本-效益分析（效益分析（analysis of cost data）31结果：结果：1、vreini

19、tial impetus: serious nosocomial problem-vres emergencemolecular typing results: a pattern of numerous “mini” patient-to-patient outbreaks of distinct clones rather than the spread of a single persisting strain 1、vre最初调查：最初调查：vre医医院感染严重院感染严重分型结果提示：分型结果提示： 多型别、小规模多型别、小规模（mini）病人间流病人间流行行 而不是一个型别的而不是一个

20、型别的流行流行32genomic typing: patient-to-patient transmission; nosocomial outbreak; little evidence of horizontal spread using this information, we determined what intervention was likely to control an apparent outbreak (20).结果：结果：基因分型：可将可能的医院基因分型：可将可能的医院感染分组：感染分组：病人之间交叉感染病人之间交叉感染(high conality, 90%)感染爆发

21、感染爆发(moderate clonality, 35%-75%) 无水平传播无水平传播(90%likelypatient-to-patient transmissionmoderate clonality, 35%-75%possiblynosocomial outbreakclonality, 1,400 fewer patients acquired infections during this time,averting more than 50 expected deaths even with endemic vre, most of our outbreaks involve t

22、hree or fewer patients (19).医院感染：医院感染：3.3%3.3%下降下降至至2.6%(2.6%(全国医院感染全国医院感染率：率：4.4%-5%4.4%-5%) ) 减少减少1,4001,400的病人感的病人感染染死亡：减少了死亡：减少了5050vrevre：涉及的病人也比涉及的病人也比其他医院少其他医院少42成本成本the mean number of patients with nosocomial infections decreased by 283 per year, a reduction of more than 1,100 inpatient days

23、. the costs avoided by using this calculation averaged more than $2,150,000/year, based on 1999 dollars. 医院感染患者数量平医院感染患者数量平均每年下降均每年下降 283，住，住院天数下降超过院天数下降超过1100天天因此节省的费用平均因此节省的费用平均每年超过每年超过$2,150,000（与与1999年相比）年相比）43representatives now meet together for 45 minutes each weekfor microbiology, opening th

24、e typing laboratory totaled $180,050. by the fifth year, costs in the laboratory section were stable. the cost for the laboratory, includng three medical technologists, is $400,000 yearly. virtually all these costs are borne by the hospital.小组聚会逐渐转为每小组聚会逐渐转为每周开会，周开会，45min，讨讨论论微生物室成立分子分微生物室成立分子分型实验室（

25、设备及人型实验室（设备及人员）的费用为员）的费用为$180,050. 每年分子分型相关支每年分子分型相关支出为出为$400,000 医院承担医院承担44while such a grant program would cost up to $2 billion each year if all u.s. hospitals participated, the projected reduction in cost of treating nosocomial infections could reach over five times that amount.a savings of $5.0

26、0 for each dollar spent. 假设：美国所有医假设：美国所有医院院进行基因分型相关进行基因分型相关费用达到费用达到20亿美元亿美元节省下来的治疗医节省下来的治疗医院感染的费用将超院感染的费用将超过过5倍（倍（100亿）！亿）！每使用每使用1美元节省美元节省5美元美元45typing time: within 1 week 48 hours. lack of clonality: suggests other reasons for the apparent outbreak, antimicrobial-agent use pressure, failure of appr

27、opriate nursing-care practices, or simply random variation in the number of infections. early knowledge of whether microbial clonality is present or absent focuses the scope of an investigation and facilitates appropriate intervention.时间：时间：1周，周，48h 如没有流行相关线索，如没有流行相关线索，可能是其他原因：可能是其他原因： 抗生素压力抗生素压力, 护理操作不当（非感护理操作不当（非感染相关）染相关）, 仅仅是感染数量的随仅仅是感染数量的随机变化机变化早发现、及早确定调早发现、及早确定调查范围、采取合适的查范围、采取合适的干预措施干预措施46cost of rapid detection using the po