琼脂糖凝胶电泳PPT课件

1、 不同大小和构象的核酸分子电荷密度大致相同，在自由泳动时，各核酸分子的迁移率区别很小，难以分开。但采用适当浓度的凝胶介质作为电泳支持物，发挥分子筛的功能，使得分子大小和构象不同的核 酸分子泳动率产生较大的差别，则可达到分离的目的。 DNA片段在凝胶上移动的距离在一定范围内是分子质量的函数，分子质量越大，移动越缓慢。因此，利用琼脂糖凝胶电泳相对于标准DNA的移动度，可测定DNA片段的相对分子质量。第1页/共12页琼脂糖凝胶浓度与DNA分子的有效分离范围胶浓度（） 线性DNA分子大小（kb）0.3 5600.6 1200.7 0.8100.9 0.571.2 0.461.5 0.242.0 0.1

2、3第2页/共12页二、仪器设备及材料1、电泳装置：包括电泳槽（多采用水平方式）、 胶床和梳子三部分组成。2、稳压电泳仪：电压可变范围0300600V， 电流可变范围0250500mA。3、紫外线检测仪：可产生254、302、366nm 3个 波段紫外线，并配备防护眼镜和5mm厚的黑色 有机玻璃防护板。4、照相机：5、微波炉：6、其它：三角烧瓶、量筒、胶带纸、一次性手套等。第3页/共12页三、主要试剂1、琼脂糖：根据需要用电泳缓冲液配成不同浓度。 本实验配制 2 Agrose： 2g Agrose 100ml 0.5TBE EB少许（终浓度0.5g/ml）2、电泳缓冲液： 常用的缓冲液有TBE、

3、TAE和TPE三种。本实验选用TBE，先配制5TBE 贮存液：54g Tris碱27.5g 硼酸20ml 0.5mol/L EDTA (pH 8.0)（或4.65g EDTA）加dd H2O至1000ml。用时稀释为0.5TBE。调pH至8.2第4页/共12页3、6上样缓冲液： 4贮存 0.25% 溴酚蓝 0.25% 二甲苯青FF 30 甘油水溶液4、10mg/ml 溴化乙锭（EB）：贮存液 在100ml水中加入1g 溴化乙锭，磁力搅拌数小时确保其完全溶解，棕色瓶室温保存。第5页/共12页v 溴化乙锭（EB）染色原理： 溴化乙锭是一种荧光染料，其分子可以嵌入到核酸的碱基对之间，在紫外线的激发下

4、，发出橙色荧光。这是因为：在紫外线照射时，核酸吸收波长为254nm的紫外线并将能量传递给溴化乙锭；同时嵌入在核酸碱基间的溴化乙锭吸收302nm和366nm波长的紫外线，来自两方面的能量最终激发出波长为590nm的红橙色可见荧光。第6页/共12页v 溴化乙锭用于核酸染色的优点：染色操作简单，一般在凝胶中加入终浓度0.5g/ml的EB即可，在电泳过程中随时可以观察核酸的泳动。也可在电泳结束后，将凝胶浸泡在EB里30分钟即可。EB染色不会引起核酸的断裂，其它染料做不到这 一点。EB染色灵敏度较高，可以检测出10ng的DNA样品。v 溴化乙锭缺点： EB是一种强诱变剂，并有中度毒性。注意：操作中务必带

5、上防护用手套。如不慎皮肤与溶液接触，应立即用清水彻底冲洗。含溴化乙锭的溶液使用后应进行净化处理，使其 致诱变活性下降为原来的1/200左右，方可丢弃。第7页/共12页四、电泳操作步骤2、胶床准备：取出洗净并晒干的胶床和梳子，在胶床未封闭的两端贴上胶布或胶带纸，形成约58mm的挡墙。将梳子垂直插入到胶床的小凹槽内，梳齿底端和床面有1mm的间隙。将胶床放在调整好的水平台上。1、凝胶准备：用0.5TBE配制2琼脂糖凝胶。 称2g琼脂糖置三角瓶中，加100ml 0.5TBE； 微波炉加热大约1分钟，熔化琼脂糖；熔化的琼脂糖自然冷却到6070时，加入EB 0.5g/ml，并轻轻混匀。第8页/共12页3、

6、铺胶：将冷却致60的凝胶倒入准备好的胶床内，凝胶厚度35mm。4、室温下静置1小时左右，凝胶固化。撕去胶床两端的胶带纸，将带凝胶的胶床置于电泳槽中，并使样品孔位于电场负极。5、向电泳槽中加入0.5TBE电泳缓冲液，以越过凝胶表面12mm为宜。6、轻轻拔出固定在凝胶中的梳子。 原梳齿处 (样品孔) 即被缓冲液充满，如发现有气泡，应设法去除。7、样品准备：向核酸样品中加入约为样品体积1/6的上样缓冲液，用加样器轻轻混匀。第9页/共12页8、上样：用加样器吸取样品，轻轻的加入到凝胶的样品孔中。加样量一般1030l。9、盖上电泳槽，接通电源，开始电泳。开始电泳前，再次确认凝胶样品孔处于电场的负极。电泳条件：电压15v/cm；时间1小时左右。10、电泳结束后，切断电源，取出凝胶。11、电泳结果分析：紫外检测仪直接观察电源条带；摄影记录；凝胶成像分析系统处理。第10页/共12页五、注意事项：1、凝胶浓度选择根据样品DNA分子大小而定，所以电泳前应对DNA片段大小有粗略的估计。2、用胶带纸封闭胶床两端时，要确保严密，以免灌胶时有胶液漏出。3、用微波炉熔化琼脂糖时，应控制好时间，以免突然产生气泡，使琼脂糖溢出来。4、凝胶冷却至60左右，立即铺胶，以防凝固。5、上样前检查样品孔内是否有气泡，并设法排除。6、上样时，