常见限制性内切酶识别序列

1、常见限制性内切酶识别序列（酶切位点）（BamHI 、EcoRI、HindIII 、Ndel、Xhol 等）Time : 2009-10-22 PM 15:38Author:bioerHits:7681 times在分子克隆实验中，限制性内切酶是必不可少的工具酶。无论是构建克隆载体还是表达载体，要根据载体选择合适的内切酶（当然，使用T载就不必考虑了）。先将引物设计好，然后添加酶切识别序列到引物5'端。常用的内切酶比如BamHI、EcoRI、HindIII 、NdeI、XhoI等可能你都已经记住了它们的识别序列，不过 为了保险起见，还是得查证一下。下面是一些常用的II型内切酶的识别序列，仅

2、供参考。先介绍一下什么是II型内切酶吧。The Type II restrictio n systems typically con tai n in dividual restrictio n en zymes and modificatio n en zymes en coded by separate gen es. The Type II restricti on en zymes typically recog nize specific DNA seque nces and cleave at con sta nt positi ons at or close to that se

3、que nee to produce 5-phosphates and 3-hydroxyls. Usually they require Mg 2+ ions as a cofactor, although some have more exotic requireme nts. The methyltra nsferases usually recog nize the same seque nee although some are more promiscuous. Three types of DNA methyltra nsferases have bee n found as p

4、art of Type II R-M systems formi ng either C5-methylcytos ine, N4-methylcytos ine or N6-methylade nine.酶类型识别序列TypeIIrestrictio nApaI5'GGGCCAC 3'en zymeTypeIIrestrictio n5' GAGATCC 3'BamHIen zymeTypeIIrestrictio nBglII5' AAGATCT 3'en zymeTypeIIrestrictio nEcoRI5' GAAATTC 3

5、'en zymeTypeIIrestrictio nHin dIIIen zyme5' AAAGCTT 3'TypeIIrestrictio nKp nlen zyme5' GGTAC9 3'TypeIIrestrictio nNcoIen zyme5' C9ATGG 3'TypeIIrestrictio nNdeIen zyme5' CAATATG 3'TypeIIrestrictio nNheIen zyme5' GACTAGC 3'TypeIIrestrictio nNotIen zyme5'

6、 GCAGGCCGC 3'TypeIIrestrictio nSacIen zyme5' GAGCTAC 3'TypeIIrestrictio nSalIen zyme5' GATCGAC 3'TypeIIrestrictio nSphIen zyme5' GCATGAC 3'TypeIIrestrictio nXbaIen zyme5' TACTAGA 3'TypeIIrestrictio nXhoIen zyme5' CATCGAG 3'要查找更多内切酶的识别序列，你还可以选择下面几种方法：1. 查你所

7、使用的内切酶的公司的目录或者网站；2. 用软件如：Primer Premier5.0 或Bioedit等，这些软件均提供了内切 酶识别序列的信息；3. 推荐到 NEB 的 REBASE 数据库去查(网址：)当你设计好引物，添加上了内切 酶识别序列，下一步或许是添加保护碱基了，可以参考：NEB公司网站提供的关于设计PCR引物保护碱基参考表下载(也可见图片)XmalCC匚CGGGG800CCC匚匚GGG需G102S75CCCCCCGGGGGG1250>90TCC匚匚匚匚GGGGGGA14>90>90双酶切 buffer 的选择（MBI、罗氏、NEB、Promega 、Takara ）再给大家推荐一种新的不需要连接反应的分子克隆方法，优点包括: 设计引物不必考虑选择什么酶切位点； 不必考虑保护碱基的问题； 不必每次都选择合适的酶来酶切质粒制备载体； 而且不需要DNA连接酶； 假阳性几率