微生物多样性研究中测序原始数据及其处理方式(精编版)_第1页
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文档简介

1、微生物多样性研究中测序原始数据及其处理方式展开全文1. 原始 数据的解释及相关概念原始数据的概念：a. 测序仪完成测序后生产的测序文件，经过单样品拆分后，获得的单样品测序文件。b.或者 测序仪测序完成后， 由测序仪直接拆分的单样品测序 文件。 我们常常称之为 “ rawdata ”原始数据展示 (illumina 测序平台、 fastq 格式文件 ):fastq 格式文件： 基于文本的， 保存生物序列 （通常是核酸序列） 和其质量信息的标准格式， 其实质是一种数据存储格式，其序列以及质量都是使用一个 ascii 字符标示，最初有sanger 公司开发， 目的是将 fasta 序列和质量数据放在

2、一起， 目前已经成为高通量测序结果的事实标准。对于 fastq 格式文件内容相关解释：1）第一行以 “ ”开头， 由文件识别标志和读段名 （id）组成；2）第二行为碱基序列；3）第三行以 “ + ”开头，也是由文件识别标志和读段名（ id）组成，其 id 可以省略，但 “ + 能省略；4）第四行是第二行中的序列内容每个碱基所对应的测序质量值。2. 数据质控高通量测序下机的原始数据 raw reads 中存在一些低质量数 据、接头以及 barcode 序列等，为消除其对后续分析准确性 产生的影响，在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。数据质控的概念：将原始数据通过系列步骤（或

3、同时进行）质量控制筛选的过程。质控筛选后的数据，我们常常称之为 “cleandata，”也称之为 “可以进行后续分析的序列 ”。因各服务商提供的质控标准会略有不同，但大体包含（但不限于）如下几方面：1）通过 index 提取序列，并作测序质量控制，质量达不到设置要求的去除，将序列与样本对应；2）通过 overlap 完成拼接，去除 index 序列， overlap 长度 和错配要达到设置的要求，拼接不上的舍弃；3）拼接完成且长度达不到设定要求的舍弃。？问题： cleandata （可用于分析的序列）跟最终参与分析的序列数量相等吗？我们将在 otu 聚类环节给出答案。3. 原始数据的重要性原始数据一切数据分析的根本。分析过程文件、结果文件可以丢失，原始数据在，分析结果可以重现；原始数据一旦丢失，分析结果则不可重现；原始数据应及时索取或保存。获取方式1 ）服务商提供：硬盘、网盘、 u 盘、邮件等数据载体

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