PCR引物设计及PrimerPremier使用介绍学习教案

1、会计学1PCR引物设计引物设计(shj)及及PrimerPremier使用使用介绍介绍第一页，共42页。第1页/共41页第二页，共42页。第2页/共41页第三页，共42页。第3页/共41页第四页，共42页。第4页/共41页第五页，共42页。第5页/共41页第六页，共42页。第6页/共41页第七页，共42页。第7页/共41页第八页，共42页。第8页/共41页第九页，共42页。第9页/共41页第十页，共42页。第10页/共41页第十一页，共42页。第11页/共41页第十二页，共42页。第12页/共41页第十三页，共42页。第13页/共41页第十四页，共42页。第14页/共41页第十五页，共42页。

2、第15页/共41页第十六页，共42页。第16页/共41页第十七页，共42页。第17页/共41页第十八页，共42页。Preimer Premier 启动(qdng)界面第18页/共41页第十九页，共42页。Sequence nameOriginal sequenceUse these two button to translate the DNA seq to a protein seq or a protein seq to a DAN seq 8种密码子偏好(pin ho)Choose a function 第19页/共41页第二十页，共42页。First you can design th

3、e primer manuallySense strand or anti-sense strandUseful information of the primer第20页/共41页第二十一页，共42页。引物类型(lixng)搜索(su su)模式5引物位置范围3引物位置范围产物大小范围引物长度第21页/共41页第二十二页，共42页。28对引物引物分值100分为(fn wi)满分每对引物的信息(xnx)双击选中一对引物第22页/共41页第二十三页，共42页。回到主窗口(chungku)引物及产物(chnw)信息是否出现hairpin,dimer,false priming and cross

4、dimer第23页/共41页第二十四页，共42页。一对理想的引物应当(yngdng)不存在任何一种上述结构，因此最好的情况是最下面的分析栏没有But 第24页/共41页第二十五页，共42页。第25页/共41页第二十六页，共42页。Edit primer hereAnalysis the edit resultAccept the edit result Return to the main window第26页/共41页第二十七页，共42页。任务(rn wu)用绿色荧光蛋白(GFP)标记蛋白NR1举例说明第27页/共41页第二十八页，共42页。SPBamHINR1Plasmid 1:Plasm

5、id 2GFP第28页/共41页第二十九页，共42页。SPBamHI(GGATCC)NR1-1aGFP第29页/共41页第三十页，共42页。 121 ggggctccta gagaacccgg gggcgcttga ccgcgcgcgg gcggcccgcg ggtcgtacat 181 cgcgaggtcg tcgcactcgc gcaacccaga gccaggcccg ctgtgcccgg agctcatgag 241 caccatgcac ctgctgacat tcgccctgct tttttcctgc tccttcgcc c gcgcggatcc 301 cgaccccaag atc

6、gtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgtt 361 ccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgc 421 cacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct 481 catctctagc caggtctacg ctatcctagt tagccacccg cctactccca acgaccactt 541 cactcccacc cctgtctcct acacagctgg c

7、ttctacaga atccctgtcc tgggactgac 601 tacccgaatg tccatctact ctgacaagag tatccacctg agtttccttc gcacggtgcc 661 gccctactcc caccagtcca gcgtctggtt tgagatgatg cgagtctaca actggaacca 721 catcatcctg ctggtcagcg acgaccacga gggacgggca gcgcagaagc gcttggagac 781 gttgctggag gaacgggagt ccaaggcaga gaaggtgctg cagtttgacc

8、 caggaaccaa NR1的编码序列(4000bp)红色(hngs)为信号肽, 蓝色为BamHI酶切位点, 下划线标出酶切位点的阅读框 第30页/共41页第三十一页，共42页。ATGGTGAGCAAG GGCGAGGAGC TGTTCACCGG GGTGGTGCCC ATCCTGGTCG AGCTGGACGG CGACGTAAAC GGCCACAAGT TCAGCGTGTC CGGCGAGGGC GAGGGCGATG CCACCTACGG CAAGCTGACC CTGAAGTTCA TCTGCACCAC CGGCAAGCTG CCCGTGCCCT GGCCCACCCT CGTGACCACC

9、 TTCGGCTACG GCCTGCAGTG CTTCGCCCGC TACCCCGACC ACATGAAGCA GCACGACTTC TTCAAGTCCG CCATGCCCGA AGGCTACGTC CAGGAGCGCA CCATCTTCTT CAAGGACGAC GGCAACTACA AGACCCGCGC CGAGGTGAAG TTCGAGGGCG ACACCCTGGT GAACCGCATC GAGCTGAAGG GCATCGACTT CAAGGAGGAC GGCAACATCC TGGGGCACAA GCTGGAGTAC AACTACAACA GCCACAACGT CTATATCATG GC

10、CGACAAGC AGAAGAACGG CATCAAGGTG AACTTCAAGA TCCGCCACAA CATCGAGGAC GGCAGCGTGC AGCTCGCCGA CCACTACCAG CAGAACACCC CCATCGGCGA CGGCCCCGTG CTGCTGCCTAC CAGTCCGCCC TGAGCAAAGA CCCCAACGAG AAGCGCGATC ACATGGTCCT GCTGGAGTTC GTGACCGCCG CCGGGATCAC TCTCGGCATG GACGAGCTGT ACAAGTAAGFP序列(xli)(700bp)第31页/共41页第三十二页，共42页。第32

11、页/共41页第三十三页，共42页。5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA 3 3 TACCACTCGTTCCCGCTCCTCGAGAGCCGTACCTGCTCGACATGTTCATT 5GFP序列(xli)5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA 3 3 TACCACTCGTTCCCGCTCCTCGCGTACCTGCTCGACATGTTCATT 5Primer1: 5ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC.AGAGCCGTACCTGCTCGACATGTTC

12、ATT 5 Primer2Primer1: 5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC.Primer2: 5 TTACTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA.Primer1: 5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC.Primer2: 5 CTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA.第一步：扩增GFP基本(jbn)序列变性(binxng), 引物复性第33页/共41页第三十四页，共42页。Primer1: 5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA.Primer2: 5 CTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA.Primer1: 5 ATGGTGAG

13、CAAGGGCGAGGA （GC:60%,Tm：64）Primer2: 5 CTTGTACAGCTCGTCCATGCC （GC:57%,Tm：66）第34页/共41页第三十五页，共42页。Primer1: 5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA （GC:60%,Tm：64）Primer2: 5 CTTGTACAGCTCGTCCATGCC （GC:57%,Tm：66）BamHI: ggatccPrimer1: 5 ggatccATGGTGAGCAAGGGCGAGGA Primer2: 5 ggatccCTTGTACAGCTCGTCCATGCC 第35页/共41页第三十六页，共42页。第四步

14、：阅读(yud)框atgagcaccatgcacctgctgacattcgccctgcttttttcctgctccttcgcc cgc gcg gat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgccacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct.Primer1: 5 ggatccATGGTGAG

15、CAAGGGCGAGGANR1序列(xli)：Primer1: 5 ggatccTATGGTGAGCAAGGGCGAGGA第36页/共41页第三十七页，共42页。atgagcaccatgcacctgctgacattcgccctgcttttttcctgctccttcgcc cgc gcg gat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgccacttctgtc acccacaa

16、gc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacctNR1序列(xli)：5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA 3 GFP序列(xli)cgc gcg gat ccTATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAG ?ggat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgccacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct插入(ch r)GFP后的组合序列第37页/共41页第三十八页，共42页。Primer2: 5 ggatccCTTGTACAGCTCGTCC