ChemD常用功能使用教程PPT学习教案

1、会计学1ChemD常用功能使用教程常用功能使用教程2Chem3D起始界面第1页/共106页3主界面主界面Chem3D起始界面第2页/共106页4工具栏模型窗口模型类型三维视图ChemDraw切换图标工具栏模型数据窗口扩大（缩小）窗口消息窗口状态栏第3页/共106页5选择轨迹球单键双键三键虚键文本橡皮大小调整第4页/共106页6显示设置第5页/共106页7视频设置模型显示设置立体显示弹出信息配体显示结构显示原子标记原子显示色彩选项第6页/共106页8显示设置属性Model Type线状模型棒状模型球棍模型圆柱键模型比例模型第7页/共106页9带状模型第8页/共106页10View/Setting

2、/Model Dispaly 菜单或菜单或F6键：五种键：五种Wire FrameSticksBall-SticksCylindrical BondsSpace Filling 第9页/共106页11带状模型常用于生物分子第10页/共106页12代表用红蓝两种色彩的立体显示代表用深色显示模型，就是对于模型的部分按观察者的角度不同着色代表显示两个立体结构完全相同的模型代表模拟现实的角度观察模型，使模型更接近真实代表显示模型的时候将后面的部分以阴影形式表示，这样模型的立体感更强。第11页/共106页13第12页/共106页14选择【单键】工具，在模型窗口向右按动圆柱键模型1. 利用键工具建立模型建

3、立3D模型第13页/共106页15线状模型第14页/共106页16棒状模型第15页/共106页17球棍模型第16页/共106页18比例模型第17页/共106页19选择【轨迹球】工具，使分子模型在模型窗口沿X、Y轴旋转 X、Y轴旋转指示第18页/共106页20选择【轨迹球】工具并按“Alt”键，使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转 Z轴旋转指示第19页/共106页21模型结构信息 光标位于原子上，自动显示原子信息第20页/共106页22第21页/共106页23光标位于键上，自动显示键信息模型结构信息 第22页/共106页24模型的进一步信息 显示键长变化显示键角变化显示二面角显示所有没有相邻的原子的距

4、离第23页/共106页25模型的键长数据 第24页/共106页26模型的键长和键角数据 第25页/共106页27乙烯模型中的双键信息 第26页/共106页28键级改动 第27页/共106页29显示氢及孤对电子 第28页/共106页30不显示氢及孤对电子的环己烷原子名称及序数第29页/共106页31选择工具，双击原子，按顺序改变原子序号第30页/共106页32隐藏或显示其它原子隐藏或显示其它原子居中居中移动到移动到色彩调节色彩调节显示元素符号显示元素符号显示元素编号显示元素编号显示实心球显示实心球显示点阵表面显示点阵表面调整键长调整键长破坏键破坏键调整键级调整键级就近结合就近结合添加质心添加质心

5、颠倒颠倒调整矩阵调整矩阵隐藏所选部分隐藏所选部分隐藏非选部分隐藏非选部分显示所有原子显示所有原子显示邻近原子显示邻近原子显示背面显示背面定义基团定义基团第31页/共106页33利用【键】工具建立的结构，键角及键长可能不正常，应【整理结构】第32页/共106页34环己烷的椅式构象第33页/共106页35使用【文本】工具输入结构式2. 利用文本工具建立模型第34页/共106页36按【Enter】自动转化为模型第35页/共106页37括号表示支链第36页/共106页38第37页/共106页39整理结构第38页/共106页40简单优化观察分子变化第39页/共106页414-甲基-2-戊醇模型第40页/

6、共106页42建立1，2-双甲基环戊烷模型第41页/共106页43第42页/共106页44整理结构第43页/共106页45建立Ibuprofen(布洛芬)模型H3CCHCH3CH2CHCOOHCH3第44页/共106页46第45页/共106页47建立十肽菌素模型第46页/共106页48第47页/共106页49建立十二丙氨酸醇分子模型第48页/共106页50第49页/共106页51改变显示方式模型类型窗口：第50页/共106页52设为线状模型第51页/共106页53第52页/共106页54设为带状模型第53页/共106页55a-螺旋模型第54页/共106页56使用子结构建立模型3. 利用子结构建

7、立模型第55页/共106页57子结构模型库第56页/共106页58选择所需的子结构，然后复制第57页/共106页59粘贴复制结果第58页/共106页60在子结构上进行编辑第59页/共106页614. 使用模板建立模型第60页/共106页62第61页/共106页63ChemDraw中画出的分子结构复制粘贴到Chem3D中5. ChemDraw和Chem3D信息转换第62页/共106页64Chem3D中画出的分子模型复制粘贴到ChemDraw中第63页/共106页65计算功能演示计算功能演示第64页/共106页66第65页/共106页67第66页/共106页68第67页/共106页69第68页/共

8、106页70第69页/共106页71第70页/共106页72第71页/共106页73View/Solvent Accessible 菜单菜单甲苯结构甲苯结构 第72页/共106页74第73页/共106页75第74页/共106页76第75页/共106页77第76页/共106页78第77页/共106页79第78页/共106页80(4) 检查结构能量第79页/共106页81模型旋转对位交叉第80页/共106页82总能量计算第81页/共106页83空间位阻能：0.977kcal/mol计算结果第82页/共106页84模型的二面角数据第83页/共106页85数据与模型对应第84页/共106页86显示原子

9、符号及序号第85页/共106页87按动旋转数据相应改变第86页/共106页88(5) 分子轨道(HOMO及LUMO)首先用双键画出乙烯分子第87页/共106页89显示轨道时必须选择第88页/共106页90选择分子轨道第89页/共106页91选择HOMO轨道HOMO轨道显示轨道选项HOMO和LUMO各6个能量随所选轨道不同而不同实心显示（丝网显示圆点显示半透明显示）第90页/共106页92乙烯分子的HOMO轨道第91页/共106页93选择LUMO轨道LUMO轨道显示第92页/共106页94乙烯分子的LUMO轨道第93页/共106页95第94页/共106页96第95页/共106页97第96页/共106页98第97页/共106页99第98页/共106页100第99页/共106页101第100页/共106页102从头算程序：从头算程序：Gamess Gaussian 需另外安装这两个程序。需另外安装这两个程序。半经验或分子力学计算半经验或分子力学计算 Mechanics Mopac (Am1,