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文档简介
1、界面教程1界面介绍是一个专门设计于高斯配套使用的软件, 其主要用途有两个:构建高斯的输入文 件;以图的形式显示高斯计算的结果。 除了可以自己构建输入文件外,还可读入 3D,和晶体数据等诸多格式的文件。 从而使其可以于诸多图形软件连用, 大大拓 宽了使用范围。开启会看到一大一小两个窗口,后面灰色背景的窗口为选择窗口,在里面选择要输入的分子或基团;前面紫色的窗口为绘图窗口,使用鼠标绘制想要绘制的图形。File Edit View CaIculate Results Wmd&ws Help菜单栏?口主要功能是建立,打开,保存和打印当前的文件?口完成对分子的剪贴、拷贝、删除、抓图等素符号、口与
2、显示分子相关的都在这个菜单下,如显示氢原子、键、元 坐标等口直接向提交计算口接收并显示计算后的结果控制窗体,如关闭、恢复等口帮助快速工具栏Carbon Tetrahedral 【左面第一个】选择元素与价键,单击打开会看到一个元素周期表,通过它可以 选择需要绘制的元素以及价态。【左面第二个】环工具,作用与上一个差不多,只是这里提供的都是环状化合物 残基;0 2 bd poo §【左面第三个】提供常用的R基团模板,其中包括乙基、丙基、异丙基、异丁基【左面第四个】 氨基酸残基,使用它可以迅速绘制氨基酸【左面第五个】用户 自定义基团,您可以将常用的基团存放到此处H V /枭|蚓k武 R |
3、*鬣m这条快速编辑栏中从左到右依次是【键调整】【键角调整】|【二面角调整】| 【查询已有结构】|【增加化学键】|【删除化学键】|【翻转原子】|【单个选择】|【框选】|【去除选择】|【全选】这里面的所有选项都可以通过在绘图窗口点击右键得到。3、常用工具栏这两条条工具栏是最常用的,几乎所有软件都有的新建打开等工具教程【2构建分子这里以构建一个 间氟苯乙烷分子并从里递交计算为例来说明。1、开启2、双击Q按钮,选择苯基(第一个),会看到主程序框体中出现苯环在工作窗口单击,可以看到工作窗口也出现了一个苯环。单击左键,可以将主程序框体中的分子或基团加入到工作窗口;按上下左右键,或者左键单击不放移动鼠标,可
4、以调节分子的角度;滚动鼠标滚轮,可以放大缩小分子;按住键,左键单击不放移动鼠标,可以移动分子;当工作窗口内有多个分子时(在构建大的分子时,这种情况很容易出现)用鼠标左键组合,移动想要移动的分子;用鼠标左键组合调节其中一个分子的角度;双击性.图标(或者左键不放),在元素周期表中选择【F】元素,回到工作窗 口在苯的任意一个【H】上单击,使之变成【F】1New双击刑 图标,从链姓库中选择【乙基】(第一个),然后点击间位上的H即可图标,在至此,分子式已经构建完成,存储个人常用分子的功能,双击上的 卜面的对话框中键入相关项目,保存即可。(注:我的程序此项功能不行,用户自定义基团)*g AFr尔3A二,F
5、3« Edk Vww CaJculjv RwwK. Vtfnwri Help查看分子坐标:单击界面的以图标,查看分子的坐标至此,我们保存一下我们构建好的问氟苯乙烷分子,在绘图界面右键单击口 一 一口然后选择保存路径即可。教程【3向提交计算上一讲我们已经构建好了一个问氟苯乙烷分子,现在打开问氟苯乙烷分子。点击界面上的口GaLBsYiew 5,0.8File Edit ViewCalculateResults Windows HelpGaussian Cailculation Setupi Ctrl + GGm”t值n Quick LaunchGaussian CaIculation S
6、cheme| JMI如母|右,|卜父© 学 以R # WI / Builder fr.: Current Jobs,.,Ctrl +J孤鸿留影从对话框中我们可以选择许多参数,下面依次选择一下ausisdazi CalsulatXQEl SetupTiti/Titl« CudEg.卅e>K. kf/3 21 £ £eoH-c«BuecliitilItCh耻*热/加It. 0 LJot Type初七如A | Title Lirh 0 | General | <jue?s UEC | 2二 Sfllrttita | Add- :tap.h
7、r.crgy,士iiLi150aL Keywords. |11SThene:uligfault Schune)【1工作类型:【能量】|【优化】|【频率】|【优化+频率】|【扫描】|【稳定性】|【核磁】,这里我们选择口核磁方法:每种计算模式都提供了若干种方法,这里选择默认值即可题目:这项可以根据自己的项目自行命名【01给检查点文件命名其它选择默认即可 选好后点击口提交至,并保存。(最好存到安装文件所在磁盘)R.Un GauFsian系统会询问是否提交至,选择口,会自动开启并计算,计算时间因硬件配置而 异计算完毕后系统会提示关闭,点击【是】计算完毕后会生成两个文件,的是系统日志,便于查看计算结果0
8、 文件口这里我们选择表面上没什么不同,但这次我们-可以看到刚才的计算总接下来我们又一次看到了刚才绘制的那个分子, 可以预言它的许多性质了,在的主界面点击口 结,点击【】可以看到日志文件。西 G2:M1:V1 - Gaussidn Calculation SummaryTi tie C«rd Kt4niredFile Kane1File Type.cMkChl ciLl&ti an TypeSFCal cnJLffitioii HethodlLrtFB&s i Set.3-31(5Charg*QSpinSingl atToit >1 Energy-405. 375859品&. 11.MS Gf餐di. ent J«rno. ooooooooa. u.rBa.Eimar-p Fr®nDipol- Hao«nt2 2218D«by«Point Gr"o<up孤鸿留影Ok : ¥i tw FileSw餐电ta因为我们刚才选择计算模式是口核磁,所以我们点击口 一一 口,随即我们 看到了很熟悉的核磁图谱,但似乎很乱,因为这是所有元素的核磁谱图,在左下 方【】右方选择【H,即H谱,旁边【】选择【6-31
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